События, происходившие во владениях австрийских Габсбургов, не могли оставить равнодушными европейских политиков. Это было связано не только с той ролью, которую австрийские Габсбурги играли на международной арене, но и с тем, что в глазах Европы они являлись «шитом христианского мира перед турецкой угрозой» и, следовательно, стабильность в их владениях была залогом успешной борьбы с Османской империей и безопасности Европы. Каждая из вмешавшихся в события сторон преследовала свои интересы: Ватикан и Испания стремились спасти католицизм от протестантского большинства населения этих земель, а испанские Габсбурги, кроме того, — поддержать авторитет династии любой ценой, германские князья — уменьшить вмешательство Габсбургов в их жизнь, Османская империя — ослабить Габсбургов и расширить сферы своего влияния в Центральной Европе и т. д.
Таким образом, круг проблем, необходимых для полноценного раскрытия изучаемой темы, очень широк и затрагивает как внутреннюю и внешнюю политику, так и международные отношения.
Основным принципом при работе над монографией, как говорилось выше, был комплексный подход к изучению Конфедерации 1608–1609 гг. В результате сделана попытка в равной мере, параллельно и в совокупности, рассмотреть все события и процессы, происходившие в эрцгерцогстве Австрия, королевствах Чехия и Венгрия и относящиеся к истории их союза: положение данных земель и сословий в составе государства Габсбургов; общие и особенные черты в экономическом, социальном, политическом и религиозном развитии этих регионов; конфликты, возникавшие между сословиями и королями, их причины и способы разрешения. Мы стремились показать австрийских Габсбургов как государей не только отдельных королевств, но и всей их центральноевропейской «монархии», в соответствии с чем ими ставились и решались более сложные и масштабные задачи. Комплексный подход предусматривает также попытку воссоздать отношения сторон, причастных к деятельности Конфедераций, между собой и с правящим Домом во всей объемности и сложном переплетении и спроецировать их на более высокий уровень габсбургских владений в целом. Такой подход позволяет взглянуть на Конфедерацию в исторической перспективе судьбы этой монархии и ее эволюции от сословно-представительной к абсолютистской.
При исследовании истории Конфедерации были определены следующие временные рамки: 1606 и 1609 гг. Они шире, чем формальные границы деятельности Конфедерации, так как юридически она была создана только в 1608 г. после подписания двух соглашений — Пожоньского в феврале и Иванчичского в апреле. Однако 1606 год в качестве времени начала исследования взят не случайно. Тогда был подписан Венский мир и, что главное для нашей темы, Гарантийные грамоты сословий Венгрии, Австрии, Чешского королевства, Штирии адресованные друг другу. В это время началось сотрудничество сословий подвластных Габсбургам земель: именно на Венский мир и Гарантийные грамоты ссылались союзники при подписании документов Конфедерации. В 1609 г. закончился активный период деятельности первой Конфедерации: под давлением сословий-союзников эрцгерцог Матиас удовлетворил требования австрийских сословий. К весне 1609 г. австрийцы оставались последними из союзников, кто был не доволен результатами Конфедерации. В то же время для воссоздания полной картины складывания, существования и итогов Конфедерации необходимо обратиться к событиям предшествующих и последующих лет. В связи с тем, что в состав Конфедерации входило не Чешское королевство в целом, а его часть — маркграфство Моравия, а собственно Чехия отказалась от участия в союзе, основное внимание в работе уделено Моравии. По тем же причинам менее подробно рассмотрены чешские события 1609 г.
При исследовании темы были использованы различные типы документов. Среди них юридические — законы, указы, решения сеймов Чешского королевства, австрийских ландтагов и венгерских Государственных собраний; верительные грамоты и инструкции послам; официальная и частная переписка между сословиями и членами правящей семьи Габсбургов и их советниками; доклады и донесения послов; отчеты официальных лиц; дневники участников событий и т. д. Все это как опубликованные, так и архивные материалы.