Таким образом, Габсбурги, присоединившие Чехию и Венгрию, еще не располагали прочной опорой даже внутри собственных владений. Централизация нового государственного объединения проходила почти параллельно с централизацией внутри Австрийского эрцгерцогства. Политика Габсбургов в Австрии, Чехии и Венгрии, носила сходный характер и фактически затрагивала общие для сословий этих стран свободы и привилегии. Во всех трех землях основными оппонентами Габсбургов являлись сословия. Это создавало почву для нахождения точек соприкосновения у последних и давало им возможность в дальнейшем совместно действовать.
1526 г. стал точкой отсчета в противостоянии короля и сословий Чехии и Венгрии. Решающее значение для последующих событий имели те условия, на которых первый король из династии Габсбургов занял чешский и венгерский престолы, и та политическая ситуация, которая сопутствовала этому.
Гибель Людовика II (Лайоша II) Ягеллона в битве при Мохаче означала распад чешско-венгерской унии и освобождение сразу двух престолов. На эти две короны немедленно стали претендовать Габсбурги, стремившиеся установить гегемонию своей династии в Европе. Получение чешского и венгерского тронов означало бы крупный успех Габсбургов в этом направлении[27]. Свои планы по отношению к Чешскому и Венгерскому королевствам Габсбурги начали осуществлять задолго до мохачских событий, подписав с Ягеллонами ряд брачных соглашений. На их основании в 1521 г. были заключены браки между королем Людовиком II Ягеллоном и Марией Габсбург (сестрой будущего императора Фердинанда I), а также Фердинандом Габсбургом и Анной Ягеллон — сестрой Людовика II. Эти две партии укрепили позиции Габсбургов в Центральной Европе. А Фердинанд Габсбург стал одним из потенциальных претендентов на чешскую и венгерскую короны.
В 1526 г. Фердинанд Габсбург был избран королем Чехии и Венгрии, настаивая на наследственном праве своей жены — Анны Ягеллон[28]. В Чешском королевстве избрание Фердинанда I прошло более спокойно, чем в Венгрии. Собственно против кандидатуры Фердинанда сословия земель Чешской короны не возражали. Единственный крупный конфликт, возникший на этой почве, был связан с тем, что в избирательном сейме участвовали только чешские сословия; сословия Моравии, Силезии и Лужиц приглашены не были и поэтому не сразу признали избрание Фердинанда Габсбурга. Однако данный факт в дальнейшем сыграл негативную роль, поскольку усугубил уже имевшиеся ранее противоречия между сословиями Чехии, с одной стороны, и Моравии, Силезии и Лужиц — с другой[29].
Уже после избрания Фердинанда I на чешский трон между новым королем и сословиями возникло еще одно разногласие, также имевшее серьезные последствия в будущем. Чешский сейм отрицательно отнесся к перспективе выборов Фердинанда I венгерским королем, ибо для сословий это означало втягивание государства в венгерские проблемы и войны с Османской империей. Сословия королевства в инструкциях послам к Фердинанду Габсбургу прямо писали о том, что они не хотят нести огромные расходы, направленные на борьбу с турками. Поскольку Габсбург все же стал венгерским королем, то отношения Фердинанда I, а также его наследников и чешских сословий омрачались постоянными спорами на сеймах о сборе налогов для турецких войн: Габсбурги требовали денег, а сословия отказывались их собирать[30]. Из-за этого же возникла напряженность между чешскими и венгерскими сословиями, в венграх чехи видели источник всех своих финансовых проблем. Неприятие сословиями Чешского королевства венгров обострилось в начале XVII в., в эпоху восстания Иштвана Бочкаи и нападения его хайдуков на моравские земли, а также во многом повлияло на позицию чехов во время создания Конфедерации 1608–1609 гг.