Главной целью выступления было стремление добиться от Фердинанда I отказа от подобных действий. Ничего нового программа не содержала и была по существу консервативной[37]. Сословия объявили мобилизацию войск против короля, что уже было нарушением закона с их стороны. Победа Габсбургов над Шмалькальденским союзом внесла раскол в оппозиционное движение чешских сословий: часть дворянства перешла на сторону Фердинанда I. Вооруженное сопротивление королю оказало лишь население Праги.
Фердинанд I осознавал, что пока он не в состоянии сломить всю оппозицию, поэтому он использовал дифференцированный подход, определяя для сословий меру наказания за их участие в восстании. Кроме того, Габсбурги рассчитывали внести этим раскол в ряды и без того разобщенной чешской оппозиции. Король использовал в своих целях давнюю конфронтацию между дворянством и городами: он помиловал дворянство и наказал третье сословие — наиболее радикальную часть оппозиции. В итоге дворянство приветствовало антигородские санкции Фердинанда I, как средство ослабления своего конкурента[38]. Суровое наказание коснулось всех королевских городов, участвовавших в восстании, но особенно пострадала Прага. В первую очередь, король ослабил города в политическом отношении: они лишались всех своих свобод и привилегий (позже за огромные деньги города могли выкупить у королей свои привилегии). Фердинанд I подчинил все органы городского самоуправления своим представителям — рихтаржам и гетманам. Король ограничил права городских судов и подчинил своей власти апелляционный суд по городским делам. Кроме того, Габсбурги нанесли удар по экономике городов, подорвав еще и этим их политическую самостоятельность. Города были обязаны уплатить Фердинанду I штраф за свое неповиновение, они лишались своих земельных владений, а часть торговых привилегий и налогов также переходили в пользу короля, отныне монарх владел в городах также «правом мертвой руки»[39]. Этим король стремился уменьшить значение третьего сословия как политической силы и исключить бюргерство из политической жизни страны.
Дворянство понесло не такое суровое наказание, пострадали лишь наиболее активные заговорщики. Основным наказанием для восставшего дворянства стала конфискация земельных владений, часть из которых Фердинанд I вернул бывшим владельцам уже на условиях лена[40]. Таким образом король пытался поставить дворянство в зависимость от себя.
На следующем после восстания сейме Фердинанд I предъявил сословиям требования, ограничивающие их права: запрещались сословные союзы, земские чиновники должны были присягать королю и его наследнику, который теперь мог быть коронован еще при жизни короля[41]. Итак, после подавления чешского восстания 1547 г. Фердинанд I смог одновременно ослабить городское сословие и политическую силу дворянства. Победа над сословиями привела к укреплению королевской власти, а единство оппозиции было разрушено. Однако торжество Фердинанда I не означало полную победу Габсбургов над сословиями. Сословия не превратились в послушное орудие монарха, сословная оппозиция, хотя и в раздробленном виде, продолжала существовать, принципы дуалистического управления Чешским королевством пока остались нетронутыми.
Большое значение в политической жизни Чешского королевства имело то обстоятельство, что входившие в его состав земли — собственно Чехия, маркграфство Моравия, Силезия, Нижние и Верхние Лужицы, сохраняли свою автономию. Понятие «земли чешской короны» впервые было сформулировано в середине XIV в. в законодательных актах императора Карла IV Люксембурга. Согласно этим документам, Чешское королевство представляло собой федерацию, в которой каждая из земель имела свой сейм, и во внутренней политике могла проявлять самостоятельность, игнорируя решения сеймов других земель. Но вести независимую внешнюю политику земли чешской короны не могли. Сформировав подобные принципы существования этих владений, Карл IV, используя их внутренние противоречия, стремился усилить центральную власть[42]. Однако в созданной императором федерации земель королевства изначально закладывался принцип нестабильности и децентрализации.