Так как верховное командование Макензена придавало большое значение моральной поддержке, которая осуществлялась присутствием одного из мониторов в Сулине, по отношению к приходившим и уходившим туда морским кораблям, представлялось необходимым оставить «Sava» со сторожевым кораблем в Сулине до тех пор, пока несение там службы не смогут взять на себя германо-турецкие морские силы, находившиеся в Черном море. С другой стороны, казалось бы уместным сконцентрировать в Браилове боевую группу, достаточно сильную для предотвращения нападения румын и для сбора сведений на участке Браилов — Сулин.
В силу сказанных соображений, корабли распределили следующим образом: «Sava» и «Wels» — в Сулине, а «Bodrog» — в Рени, для охраны судоходства от румын; «Bosna», «Temes», «Barsch», «Compo» и «Viza» — в Браилове, как боевую группу против Румынии; «Enns» — в Журжево, «Fogas» — в Зимнице, «Koros» — в Корабии, «Csuka» — в Лом-Паланке и «Szamos» — в Калафате, для охраны запасов Центрального транспортного управления и для противодействия переправам противника на участке выше Рущука.
Чтобы иметь примерно равноценную румынским военным кораблям боевую группу, из Журжево в Браилов был вызван на подкрепление «Enns», замененный в месте прежней стоянки «Fogas».
После того, как в болгарских войсках началось разложение, верховное командование Макензена должно было быть подготовлено к нападениям вооруженных банд противника в районе Дуная. Поэтому организовали усиленную охрану границ на Дунае, также как и усиленное наблюдение за пограничными путями сообщения. Было установлено также особое наблюдение за болгарской железнодорожной конечной станцией Рущук и гаванями Систов, Самовит, Лом-Паланка, Видин и Радуевац средствами находившихся между Турну-Северином и Журжево кораблей австро-венгерской Дунайской флотилии. Некоторые германские дунайские сторожевые катера, привлеченные для охраны, были вооружены орудиями или пулеметами, а их команды — винтовками и ручными гранатами.
Число сторожевых катеров на участке Дуная от Калафата до Ольтеницы было увеличено, и усилено наблюдение за болгарским берегом Дуная. Охрану самих берегов сухопутными войсками также существенно усилили.
30 сентября последовал приказ Макензена осуществлять контроль судоходства через стационера в Сулине. Причиной, вызвавшей это распоряжение, стало следующее событие: болгарский пароход «Царь Фердинанд» с возвращающимися германскими пленными из Севастополя должен был войти в Браилов. Одновременный выход из Браилова вниз по течению одного из болгарских миноносцев возбудил опасения «Натеко», что миноносец может заставить пароход войти в болгарскую гавань. «Натеко» удалось добиться у штаба Макензена запрещения выхода болгарского миноносца из Сулина. Проведение этого запрещения в жизнь доверили «Sava», и это мероприятие было развито до масштаба всеобщего контроля. Пароход «Царь Фердинанд» с германскими пленными благополучно пришел в Браилов.
Один из офицеров Дунайской флотилии неотлучно руководил высадкой частей. За введением строгого контроля вскоре последовало распоряжение избегать всего, что могло бы вызвать вступление Болгарии в войну против центральных держав.
Для охраны и прикрытия большого судового состава в Браилове от нападения со стороны реки вход судов ночью был закрыт путем постановки у острова Хичиул сторожевого корабля; дежурный монитор находился в готовности к выходу, стоя на швартовах. Кроме того, германский гарнизон Браилова выставил на позицию ниже города батарею и прожектор.
Дислокация кораблей флотилии на 1 октября была следующая: у Сулина находились «Sava», «Barsch», «Compo», у Рени — «Bodrog»; у Браилова — «Hebe» с командованием Дунайской флотилии, «Bosna», «Wels», «Viza», пароход «Bessarabec» и минное судно «Una» с речным минным отрядом; у Журжево — «Enns»; у Зимницы — «Fogas»; у Корабии — «Koros»; у Лом-Паланки — «Csuka»; у Калафата — «Temes».
Когда события стали развиваться дальше, царь Фердинанд отрекся от престола, и его наследник король Борис объявил демобилизацию болгарской армии, причем должно было быть принято условие беспрепятственного прохода через Болгарию войск Антанты. Австро-венгерские и германские войска были вынуждены уйти обратно. Германским войскам, входившим в состав болгарских армий, приказали сосредоточиться в Малой Валахии; им следовало в Рущуке и Лом-Паланке перейти в оккупированную центральными державами область Румынии. Таким образом, пришлось отказаться от завоеванного с такими большими жертвами Дунайского пути.
Дунайская флотилия вновь получила оперативное задание сконцентрироваться на фланге нового фронта и обеспечивать переход своих войск через Дунай.
«Bodrog» был отозван из Рени и вышел 11 октября вверх на Рущук. Для наблюдения за нижним участком Дуная у Сулина была введена постоянная смена находившихся в Браилове и Сулине сторожевых кораблей.
Уже «Bodrog» наблюдал у Рени сосредоточение войск румын. В Килийском рукаве Дуная вооружался и погружал мины румынский флот. Казалось, что приготовления румын направлялись больше против Добруджи. В соответствии с этим болгары делали все, что было в их силах для создания и укрепления своих позиций на Дунае. Главное командование, в лице Макензена, учитывая все эти обстоятельства, объявило, что войска центральных держав, в случае вооруженного конфликта между Румынией и Болгарией, на первых порах вмешиваться в боевые действия не будут.
12 октября командование Дунайской флотилии получило следующую телеграмму из штаба Макензена:
«Задачи Дунайской флотилии с 16 октября 1918 г.
1. Обеспечение и наблюдение за судоходством и обеспечение его охраны на участке Браилов — Сулин до принятия на себя охраны морскими силами Средиземноморской дивизии[76].
2. Готовность к заграждению фарватера ниже Браилова по линии прежнего заграждения.
3. Обеспечение румынского берега против действий болгарского берега на участке Браилов — Турну-Северин. Главные пункты переправы для возвращающихся из Болгарии германских войск — Лом-Паланка и Рущук. Переправа войск Антанты считается возможной у Силистрии, Тутракана, Рущука, Систова, Турну-Магуреле, Корабии, Ряхово и Лом-Паланки.
4. Донести о базировании и распределении речных боевых сил флотилии».
Хозяйственные интересы центральных держав должны были отныне отступить перед военными нуждами. Эвакуация всех менее необходимых вспомогательных кораблей и барж Дунайской флотилии из Браилова началась, и для ускорения этого мероприятия у Центрального транспортного управления был запрошен пароход «Achilles».
Главный этап был перенесен из Орсовы в Уйвидек. Дальнейшее оставление дивизиона тральщиков в Сулине казалось нецелесообразным, тем более, что включенные в него моторные катера были существенно необходимы для охраны границ. Поэтому дивизион тральщиков Черного моря распустили и его вспомогательные единицы ушли в Браилов.
Пароход «Bessarabec» не смог бы из-за своей осадки уйти вверх по Дунаю, поэтому он был отослан в Одессу, где ценные плавучие средства и несколько моторных катеров еще ожидали приемки их австро-венгерским морским флотом.
Между тем французские войска медленно оттесняли отступавшие болгарские и германские части и пробивались к Дунаю.
Об отступлении союзных войск из Болгарии, Сербии и Албании генерал-полковник Арц пишет:
«Наша слабая оборонительная линия, расположенная между Нишем и Лесковацем (Leskovac), не могла удержаться против нажима противника. 12 октября Ниш был сдан противнику. Состоявшая из германских дивизий 11-я армия, под командованием генерала Штеубена, отступила на высоты между Алексинацем и Крушевацем, позади западной Моравы, хотя противник еще не нажимал там, но в долине Тимока 2-я сербская армия захватила Зайчар, а французская кавалерийская дивизия проникла за Видин…»
В связи с создавшейся обстановкой командование флотилией было вынуждено перенести базирование вверх по реке с таким расчетом, чтобы корабли не подвергались опасности быть отрезанными. Кроме того, благодаря переносу базирования создавалась еще бесспорно более надежная связь с главной квартирой Макензена. В соответствии с этим, главной базой был избран Турну-Северин. 13 октября вверх по реке вышли «Hebe» и сторожевой корабль «Compo», причем для обеспечения наблюдения за происходящим на обоих берегах, от Рущука они шли только в светлое время дня. «Enns» был вызван из Журжево в Браилов для усиления группы мониторов нижнего течения Дуная. 1-й дивизион мониторов, под командованием капитана 3 ранга Олафа Вульфа, получил приказание выйти из Браилова с тем, чтобы 16 октября прикрывать переправу германских войск у Лом-Паланки. Дивизион состоял из мониторов «Bosna», «Temes», «Enns», сторожевых кораблей «Wels» и «Viza».