В апреле 1998 года президентами стран СНГ Березовский был избран исполнительным секретарем Содружества Независимых Государств. Он занимал эту должность до марта 1999 года.
Березовский принимал активное участие в организации президентской кампании 1999–2000 годов, в результате которой президентом России был избран В. Путин. Сам Березовский был избран депутатом Государственной Думы Федерального собрания Российской Федерации от Карачаево-Черкесского избирательного округа.
В знак несогласия с отступлением нового президента России от курса реформ Бориса Ельцина осенью 2000 года Березовский сложил с себя депутатские полномочия и объявил об уходе в оппозицию.
В 2000 году он учредил «Фонд гражданских свобод».
В 2001 году по инициативе Сергея Юшенкова, Владимира Головлева и Бориса Березовского была образована партия «Либеральная Россия». В 2002 году Березовский опубликовал «Манифест российского либерализма», который лег в основу программы партии. В 2002 году Березовский был избран лидером партии «Либеральная Россия».
Владимир Головлев был убит в августе 2002 года.
Сергей Юшенков был убит в апреле 2003 года.
Постоянное давление силовых структур и правоохранительных органов, административное вмешательство в его деятельность, аресты и высылки коллег и друзей вынудили Березовского уехать из России. Он эмигрировал в Великобританию, где получил политическое убежище. 23 марта 2013 года он был найден мертвым в Лондоне, в доме своей второй жены, с которой был разведен, но где проживал после продажи своего собственного особняка под Лондоном.
Автопортрет, или записки повешенного
Я
Я генетический оптимист. Я всю свою жизнь каждый день прожил так, как хотел. И всегда был дуализм. С одной стороны, я каждый день живу как последний. А с другой стороны, я каждый день живу так, как первый. И всю жизнь получаю от жизни удовольствие. Всю свою жизнь. И мне добавить к этому больше нечего. Я ощущаю себя ровно так. Я счастлив постоянно. Это болезнь, это диагноз. Я счастлив, я постоянно счастлив. Честное слово.
У меня была мечта, которая практически полностью реализована. Я хотел сохранить себя как независимого, самостоятельного и свободного человека. Причем «свободный человек» отнюдь не означает «вольный». В моей системе определений свобода определяется системой внутренних ограничений. Грубо говоря, это Десять заповедей. Свободный человек – это человек, который не нарушает эти десять ограничений, а в их рамках делает все что угодно. Десять заповедей сформулированы так, чтобы каждый мог реализовывать себя в максимальной степени, не мешая при этом другим. Я этого состояния добился и в этом смысле живу в полной гармонии с самим собой.
Я родился достаточно давно. Я почти атавизм, я видел еще Сталина на трибуне в 1952 году, и, конечно, это наложило свой отпечаток даже на разговоры близких. В моем детстве главные слова были «свобода», «равенство», «братство» и дальше некоторые вариации… Мама рассказывала, что, когда я в пять лет тяжело болел (у меня была дифтерия), от высокой температуры я бредил и в бреду звал на помощь Сталина. Вот с чем мы жили в то время.
Биографии отца и матери очень простые. Я бы сказал, страшно простые. Типичная советская судьбинушка, очень средний, реально средний, уровень советской интеллигенции. Я бы мог сказать советско-еврейской, но нет, потому что в доме не было ничего национального, не было никаких особенностей.
Отец родился до революции, мать моложе его на 13 лет. Отец родом из Сибири, из Томска. Мать родом из Самары, оба переехали когда-то в Москву, встретились и поженились в 43-м году. По профессии отец инженер, строил комбинаты по производству стройматериалов, в Самаре одно время был главным инженером, потом перешел на работу в институт, разрабатывавший проекты предприятий керамических изделий. За возведение такого завода в Узбекистане отец получил даже премию Совета министров СССР. Умер он в 1979 году. Мама после школы пошла работать медсестрой, а потом много лет работала лаборантом в Институте педиатрии Академии наук. По-моему, лет тридцать там работала. Мы с мамой практически не расстаемся с того момента, как умер отец.
Папа был очень своеобразный человек. Он очень любил мою мать и всю свою жизнь посвящал только тому, чтобы обеспечивать семью. Была масса вопросов, которые задавали и покойный отец, и мама. Вопросы были совершенно естественными, но была глубокая убежденность в том, что все, делающееся от имени государства и государственными людьми, является абсолютно истинным.