Модель была построена на Обер-сарваерской верфи в Санкт-Петербурге и спущена на воду летом 1721 года. Испытания прошли не слишком удачно, однако император повелел изготовить полномасштабный образец корабля, что и было сделано уже на Галерном дворе. Поскольку «потаенное огненное судно большого корпуса» отвечало своему названию еще в процессе строительства и о его существовании практически никому не было известно при дворе, чертежи не сохранились (возможно, из-за строжайшей секретности их и вовсе не было), и сейчас трудно реконструировать детали его устройства. Но по описаниям, первое из которых появилось в декабрьском номере «Московского телеграфа» 1825 года, и по квитанциям на строительные материалы в Адмиралтействе можно представить основные принципы работы первой российской субмарины. Так, упоминание об участии бочаров в сборке «Морели» свидетельствует о том, что корпус корабля был подобен бочке (см. раздел «Иллюстрации»).
Функционировало «потаенное судно» так: для погружения вода набиралась в специальную цистерну для балласта, потихоньку вытесняя воздух в отсек, из-за чего давление там повышалось, частично компенсируя разницу с давлением воды. Емкость заполнялась медленно и равномерно благодаря отверстиям толщиной в волос в оловянных «досках». При откачивании воды поршневой помпой лодка должна была подниматься, вместо двигателя в ней были весла, а наблюдать за уровнем воды предлагалось через иллюминаторы.
Но на этом Ефим Прокофьевич не остановился, он подумал и о боевых качествах корабля, которые позволили бы ему участвовать в настоящих сражениях. Мастер предложил установить на лодку шлюзовую камеру, чтобы оттуда могли выходить водолазы в скафандрах из тюленьих кож: «Надлежит сделать на каждого человека из юхотных кож по два камзола с штанами, да на голову по обшитому деревянному бочонку, на котором сделать против глаз окошки и убить скважины свинцом и лошадиными волосами, и сверх того привязано будет для груза к спине по пропорции свинец и песок, и когда оное исправлено будет, то для действия к провертке и зажиганию кораблей сделать надобно инструменты особые».
31 января на проект завели дело № 54 «О строении села Покровского Ефимом (сыном) Прокофьевым потаенного судна модели и об отпуске на строение лесов, разных материалов и припасов», которое также сохранилось в архиве Адмиралтейства. Проект получил название «Морель».
Саму подлодку Ефим Никонов сначала хотел снабдить орудиями, но затем, поразмыслив, решил вооружить «огненными медными трубами». Он попросил выдать ему десять труб и начинить их селитрой и порохом, чтобы они могли действовать по принципу «греческого огня», извергая зажигательную смесь на корабли противника. Судно должно было незаметно подплывать и поджигать их, выставляя трубы на поверхность.
Новый прототип судна, уже в натуральную величину, был построен к осени 1724 года. При спуске на воду весла не могли поддержать его на плаву, оно погрузилось слишком быстро, ударилось днищем о дно и получило течь. Петр приказал починить и доработать подлодку и повелел, чтобы Никонову «никто конфуза в вину не ставил». Плотник с энтузиазмом взялся за дело, но уже 25 января 1725 года царь умер, и изобретатель остался без покровительства. В результате к лету лодка была отремонтирована, но при очередных испытаниях снова дала течь. Последний спуск на воду произошел в 1727 году, но и он закончился неудачей. Никонов понимал, что конструкции требуется серьезная доработка. Однако сам плотник не владел теоретическими знаниями и не умел производить нужные расчеты. Получи он достойное даже по тем временам образование, поддержку ученых, и история российского кораблестроения могла бы повернуться иначе, но Адмиралтейство после смерти Петра было непреклонно. Коллегия предъявила изобретателю обвинения в бесполезной трате строительных материалов, и талантливого самоучку разжаловали до обычного плотника и отправили на Астраханскую верфь. Последний раз его фамилия упомянута в 1735 году, в списке распущенных после закрытия верфи работников. Бросил ли впоследствии Ефим Никонов свои мечты о потайном подводном корабле и зажил ли спокойной семейной жизнью, закончил ли свои дни в каком-нибудь кабаке, проклиная печальную долю, это мы вряд ли когда-нибудь узнаем.
Зато мы точно знаем, что в этом же году заканчивает свое образование в Славяно-греко-латинской академии другой крестьянский сын, который еще покажет всему миру, что выходец из народа может быть не менее способным, чем любой знатный человек, и что начинания Петра I не пропали даром.