Нащокин возвращался из Молдавии не только с приятными воспоминаниями о добрых и преданных союзниках, но и вёз личное послание В. Лупы к московскому царю, в котором молдаванин писал: «Где ни услышу де какое дурно к Его царскому Величеству, или што де мне укажет Его царское Величество, и аз де готов ему, государю, головой своей служить.» Основа присоединения Молдавии к России была уже заложена, оставалось лишь ждать момента, когда Россия станет настолько сильной, чтобы быть в состоянии защитить своих союзников.
Не успел Нащокин отдохнуть после своей поездки в Молдавию, как ему снова пришлось собираться в дорогу. Над Москвой сгущались тучи большой войны: на западных границах государства появились признаки совместного выступления Польши и Дании. С Польшей было более-менее ясно, но с какой стати в лагере противников России очутилась Дания, Москве было не совсем понятно. Афанасий Лаврентьев поспешил прибыть на место и приступить к выполнению царского поручения, исходившего теперь уже от Алексея Михайловича.
Времени на раздумье не было – первые польско-датские отряды уже накапливались на восточной окраине Речи Посполитой, и их выступления против России можно было ожидать со дня на день. Если в Молдавии Нащокина выручили православные иерархи, то почему бы не обратиться к ним за помощью и на сей раз? Как известно, в Литовском княжестве, наряду с католической, существовала сильная православная церковь, настроенная весьма дружелюбно к Москве, и Нащокин поехал в Вильно и встретился там с архимандритом Духова монастыря Никодимом. Архимандрит согласился выведать планы Польши и Дании и отправился в Варшаву. Некоторое время спустя в Москву было отправлено «затейливое», то есть шифрованное, письмо, в котором говорилось: «Дания не намерена ссориться с Россией из-за неудавшегося сватовства принца Вольдемара к русской царевне Ирине Михайловне, а поляки в одиночку на нас не нападут – кишка тонка». В Москве перевели дух – одной угорзой стало меньше.
Следующая серьёзная миссия, которая выпала на долю «русского Ришелье»15, была связана с усмирением Псковско-Новгородского бунта, возникшего в 1650 году из-за обычного русского своекорыстия, дикого невежества населения и запоздалых действий властей.
История бунта восходит к Столбовскому договору. По этому грабительскому для России трактату к Швеции вместе с населением отошли некоторые новгородские земли, и когда шведы взялись проводить там политику ассимиляции и принуждать русских принимать лютеранскую веру, то многие из бывших новгородцев стали убегать и укрываться в русских пределах. Согласно этому же договору, Швеция и Россия обязывались всех перебежчиков задерживать и возвращать обратно. У русских не хватило совести депортировать своих соплеменников к шведам, и Москва договорилась со Стокгольмом не выдавать своих братьев шведам, а платить за них денежный и натуральный (зерном и хлебом) выкуп.
Осенью 1650 года случился недород, и цены на хлеб вздорожали. Купец Емельянов, которому московское правительство поручило скупку хлеба на выкуп русских беженцев, под предлогом «соблюдения царской выгоды» и очевидно не без ведома местных властей решил на этом заработать и установил на вывоз хлеба из Пскова монополию. Он просто-напросто запретил продавать хлеб всем другим купцам. Естественно, в городе возникло недовольство, зароптали чёрные люди, возникли слухи, что бояре «сдружились с иноземцами, вывозят зерно за границу и хотят оголодить русскую землю». Кто-то сообщил, что в Псков из Москвы едет швед и везёт деньги для бояр.
И правда: агент шведского правительства Нумменс как раз возвращался через Псков из Москвы домой с двадцатью тысячами рублей, полученными в счёт компенсации за русских перебежчиков. На улицах Пскова раздались крики: «Немец едет! Везёт казну из Москвы!» Когда Нумменс подъехал к Завеличью, где стоял гостиный двор для иноземцев, народ схватил его во «всенародной избе», отнял деньги и посадил под стражу. Потом толпа бросилась к дому Емельянова, но монополист успел скрыться. Тем не менее, в его доме нашли царский указ на откуп зерна, в котором было написано, что «сей указ тайный, и штобы этого указа никто не ведал».
Всё это только подтверждало подозрения народа в том, что дело с откупом не чисто, и псковитяне приняли свои меры. Перво-наперво, они прогнали воеводу Собакина и установили в городе свою власть, после чего отправили в Москву челобитчиков с жалобой. Царь-де выслушает посланцев и рассудит по справедливости. В числе челобитчиков находился Ордын-Нащокин, «случайно» оказавшийся в это время в Пскове.