Нередко после похода на Турцию донские казаки возвращались домой не через Керченский пролив, где их поджидал враг, а днепровским путем. А запорожские казаки, наоборот, при необходимости возвращались из похода через Керченский пролив, Азовское море и реки Кальмиус или Миус.
Весной 1637 года донские казаки при поддержке запорожцев осадили Азов. После почти 2-месячной осады они взорвали часть укреплений, ворвались в крепость и в результате кровопролитных боев овладели ею. Вернуть крепость турки решили лишь через четыре года — после успешного завершения войны с Ираном. В начале июня 1641 года более чем 100-тысячное турецко-татарское войско, поддержанное мощным флотом, в котором насчитывалось от 300 до 400 кораблей и судов, блокировало крепость. К этому времени в ней находилось 5,5 тысяч человек, в том числе 800 женщин. Осажденные отвергли предложение турецкого султана о сдаче. Они отбили 24 приступа врага, совершали дерзкие вылазки из крепости, разрушали возведенные противником земляные укрепления и уничтожали его живую силу.
Стойкость и мужество казаков, большие потери вынудили турецкое командование снять осаду крепости. Отстояв Азов, казаки предложили русскому правительству взять его под свою власть. Но так как Россия в то время не была готова к войне, казакам было предписано оставить Азов. Разрушив его укрепления, летом 1642 года они ушли из города.
Во второй половине семнадцатого столетия усилилась борьба между Россией и Швецией за Прибалтику, Финляндию и господство на Балтийском море. В 1656 году началась русско-шведская война. Россия предприняла попытку возвратить земли на побережье Финского залива, захваченные шведами, отобрать у них Лифляндию и выход к Балтийскому морю.
В начале русские войска действовали успению. Ими было взято несколько крепостей на побережье Балтийского моря, осаждена Рига. 22 июля 1656 года произошел морской бой в устье Невы в районе о. Котлин, в результате которого русская гребная флотилия разбила отряд шведских кораблей, захватив 6-пушечную галеру с экипажем. Однако в 1657 году шведы укрепили свои войска и начали контрнаступление. Не имея поддержки с моря, русские стали отступать. Обстановка еще больше осложнилась в связи с возобновлением войны с Польшей. Россия вынуждена была заключить со Швецией Валиесарский договор 1658 года, а через три года — Кардисский, согласно которым все завоевания в войне Россией были утрачены.
Поражение русских войск в Прибалтике и закрытие шведами выхода в Балтийское море заставило русское правительство уделить больше внимания развитию торгового мореходства на Белом и Каспийском морях. Для охраны Судоходства на Каспийском море было решено создать военную флотилию. В ноябре 1667 года для нее был заложен, а в мае 1668 года спущен на воду первый русский военный корабль «Орел». Летом 1669 года двухпалубный трехмачтовый парусник и еще несколько судов прибыли в Астрахань.
В 1688 году Петром I началось строительство «потешного флота» на Переславском (Плещеево) озере. Летом 1692 года на воде находилось несколько десятков судов. Самым крупным был 30-пушечный фрегат «Марс». В августе этого года двадцатилетний царь устроил на озере совместные маневры Переславской флотилии и Бутырского полка.
Летом 1693 года строительство кораблей здесь прекратилось. Все корабельные мастера и плотники были переведены в Архангельск, на Соломбаевскую верфь, на которой 20 мая 1694 года состоялся спуск на воду первого торгового судна «Святой Павел». Вскоре Петр I отправил это судно под русским государственным флагом в Голландию с казенным товаром. Несколько большие, трехпалубные трехмачтовые суда, имевшие от 8 до 34 шестифунтовых орудий, спускались в Архангельск ежегодно.
По-прежнему неспокойно было на юге страны. С 1676 по 1681 годы шла русско-турецкая война, вызванная выступлениями Османской империи против Украины после ее воссоединения с Россией. В победе над Турцией, которая вынуждена была признать воссоединение Левобережной Украины с Россией, большое значение имели объединенные действия русских и украинских войск.
Через пять лет началась новая русско-турецкая война, продолжившая борьбу России против турецкой агрессии, в ходе которой русские войска совершили Крымские походы 1687 и 1689 годов, явившиеся первым крупным наступлением русской армии на Крым. И хотя они не обеспечили выхода России к Черному морю, но отвлекли силы турок и татар от союзников России — Австрии, Венеции, Речи Посполитой, оказав им существенную помощь.