Взаимодействуя с сухопутной Донской армией, которую возглавлял генерал-фельдмаршал П. П. Ласси, Азовская флотилия приняла участие в освобождении от турок Азова, Лютика, Таганрога, в переброске по морю к Крыму полков Донской армии, в ее снабжении продовольствием, фуражом, водой, снаряжением. На судах Азовской флотилии русские войска переправились через Генический пролив на Арабатскую Стрелку, а через Сиваш — на территорию Крыма.
Историю Азовского флота немыслимо представить без его участия в русско-турецкой войне 1768–1774 гг. Под руководством контр-адмирала А. Н. Сенявина в кратчайшие сроки были построены новые верфи на Дону, на которых сооружались корабли и суда для Азовской флотилии. Главной ее базой, как и в петровскую эпоху, стал Таганрог. С этим временем связано строительство низкосидящих, быстроходных и маневренных «новоизобретенных» кораблей. С мая 1771 г. Азовский флот возглавлял флагманский корабль «Хотин», названный этим именем в честь победы русских войск над турецкой крепостью Хотин.
В июле 1771 г. Азовская флотилия приняла участие в захвате русскими войсками турецких крепостей Еникале и Керчи, после чего российские корабли вышли в Черное море и обеспечивали защиту Крыма от турецкого флота. Наиболее ощутимый удар вражеским эскадрам нанесли отряды Азовской флотилии в 1773 и 1774 годах.
Решительные и смелые действия моряков-азовцев в борьбе с турецким флотом осуществлялись под руководством вице-адмирала А. Н. Сенявина, контр-адмиралов А. Ф. Баранова, В. Я. Чичагова, капитанов Я. Г. Кинсбергена, Я. Ф. Сухотина, Ф. Ф. Ушакова.
С Азовским флотом этого периода связаны имена вице-адмиралов Г. А. Спиридова и Ф. А. Клокачева, генерал-майора П. А. Касливцова, контр-адмирала В. П. Фондезина, лейтенанта Д. Н. Сенявина впоследствии выдающегося русского флотоводца.
Азовская флотилия, возглавляемая Ф. А. Клокачевым, стала основой Черноморского флота, рождение которого относится к маю 1783 г.
Корабли и суда для Азовского, а затем и Черноморского флотов строились как на донских верфях, так в Таганроге и на Рогожкинской верфи, вблизи Азова. Неоценимый вклад в азовское судостроение внесли командир Таганрогского порта капитан 2 ранга П. В. Пустошкин, таганрогский предприниматель Ф. К. Фурсов, корабельные мастера И. Д. Афанасьев и А. С. Катасонов.
Из кораблей, построенных в Таганроге и Рогожкино, особо отличились в сражениях с турецкими силами на Черном море 50-пушечные фрегаты «Царь Константин» и «Федор Стратилат».
С Азовской флотилией в указанные периоды связаны крупномасштабные гидрографические и картографические работы. Наиболее весомый вклад в изучение Нижнего Дона и Азовского моря внесли вице-адмирал К. И. Крюйс, А. Шхонбек, А. Бергман, контр-адмирал П. П. Бредаль, вице-адмирал A. H. Сенявин, капитан 1 ранга П. И. Пущин, младшие морские офицеры Д. Анненков, Г. Корякин, Г. Южаков.
Сотни моряков-азовцев проявили подлинное мужество к героизм при защите Отечества от иностранной интервенции в годы гражданской войны. Созданная в конце апреля 1918 г. небольшая Азовская флотилия вступила в решительную схватку с австро-германскими захватчиками. На ее судах в начале июня этого года на Миусский полуостров был переброшен 8-тысячный Красный десант для участия в разгроме немцев под Ростовом и Таганрогом и изгнания их с территории Донской области.
К сожалению, десант закончился трагедией. Свыше 6 тысяч его участников погибли в боях и в результате массового их расстрела немцами после пленения. Оставшихся в живых десантников флотилия доставила на ейский берег.
В Азовской флотилии периода гражданской войны приобретали опыт морского и воинского мастерства будущие флагманы ВМФ П. И. Смирнов, С. А. Хвицкий, И. К. Кожанов, И. Н. Кадацкий-Руднев.
Героические страницы военно-морской летописи страны пополнили моряки-азовцы в годы Великой Отечественной войны. Возглавляемая контр-адмиралом С. Г. Горшковым, Азовская флотилия бесстрашно защищала Приазовье и морские просторы в период наступления немецко-фашистских войск, вела ожесточенные бои за освобождение от врага Восточного и Северного Приазовья, Тамани и Крыма, дважды участвовала в самых крупных, Керченско-Феодосийской и Керченско-Эльтигенской, десантных операциях. В боях с гитлеровцами азовцы проявили массовый героизм и самоотверженность. Свыше двадцати из них были удостоены звания Героя Советского Союза. Среди награжденных командир бригады бронекатеров П. И. Державин, командир отряда особого назначения Ц. Л. Куников, старшина группы мотористов отряда тендеров Г. П. Буров, рулевой В. Г. Ус, штурман отряда бронекатеров Б. П. Бувин.