В мае 1776 года, в связи с обострившимися старыми болезнями, А. Н. Сенявин вынужден был оставить флотилию, передав ее контр-адмиралу Ф. А. Клокачеву[81], который ко времени назначения командующим имел большой опыт боевой службы. В 1756–1776 годах он — командир пакетбота, затем фрегата, линейного корабля. Участвовал в Семилетней и русско-турецкой войнах. Командуя линейным кораблем «Европа», отличился в Чесменском сражении 1770 года. С 1772 года он командир эскадр Балтийского флота.
Приняв флотилию, Ф. А. Клокачев горячо взялся за дело. При его непосредственном участии в 1776 году в Таганроге был учрежден Главный порт Азовского моря и Главная таможня с подчинением ей таможень Кагальницкой, Темерницкой и таможенной заставы при Петровской крепости в устье реки Берды.
В 1777 году, по настоятельной просьбе контр-адмирала, в Таганрог из Новопавловска были переведены канатный завод и парусная фабрика, что в значительной мере улучшило оснастку кораблей. 8 мая 1778 года Екатерина II подписала указ об устройстве в Таганроге адмиралтейства и корабельной верфи для постройки не только военных, но и частных коммерческих судов. На эти цели было выделено 167 835 рублей. Под руководством Ф. А. Клокачева реконструкция эллинга на 6 стапелей была проведена в рекордно короткий срок.
В конце семидесятых годов Таганрогская верфь представляла собой крупное по тому времени предприятие, насчитывающее более 800 мастеров и работных людей самых различных специальностей, в том числе свыше 200 плотников и более 100 мастеров мачтового, шлюпочного, весельного и конопатного дела. На ходе судостроительных работ сказывалось то, что значительную их часть (окончательная отделка судна, оснастка, вооружение) приходилось делать далеко на рейде. Это приводило к многочисленным затруднениям, излишним материальным затратам, к потере времени. «Построить — неважность, — говорит один из документов, находящихся в ЦГЛ ВМФ, — но важность переводить через мелководье, вооружать на открытом месте, верст 15 от Таганрога, все на транспортах и мелких судах, затруднительность и медлительность бесконечная и потери в материалах тьма…».
Со временем руководители верфи пришли к заключению, что строить корабли лучше всего серийно. На подобранных в серию кораблях примерно одинакового типа работы проводились с некоторым опережением. Выполнив задание на одном корабле, бригада тут же переходила на другой для выполнения аналогичной работы и т. д. При такой последовательности экономилось время, шла своеобразная специализация бригад, позволявшая повышать качество работ.
В это время многое делается по возрождению крепости. Ее восстановление, так же как и гавани, проводилось по старым фундаментам на основе планировки XVIII века. Как и в крепости петровского периода, строения адмиралтейского ведомства располагались вблизи гавани, военные объекты — вдоль внутреннего периметра крепостного вала. Остальная территория была разбита на кварталы, где размещались городские постройки. Дома купцов и ремесленников строились за крепостной оградой, состоящей, как и прежде, из двух полубастионов и трех бастионов. На плане Таганрога 1779 года, составленном инженер-полковником А. Ригельманом, ведавшим всеми фортификационными работами в Приазовье, эта часть города получила преобладание над крепостью. Она состояла из 19 кварталов, по периметру которых располагалось 109 гражданских строений, а в 16 крепостных кварталах размещались строения адмиралтейского ведомства, дома офицеров со службами, артиллерийский и деловой дворы, машинная, столярная, такелажная, мундирная и парусная мастерские, шлюпочный сарай, кузница, сараи для хранения смолы, секретная мастерская, пристань и на самой оконечности песчаной косы на шесть эллингов — верфь.
В семидесятых — начале восьмидесятых годов со стапелей Таганрогской верфи сошли на воду десятки кораблей и судов. Значительная их часть здесь достраивалась, оснащалась и вооружалась. Многие корабли и суда Азовской флотилии прошли на верфи капитальный и текущий ремонт. Таганрогским судостроителям обязаны своим появлением на Азовском и Черном морях линейный 74-пушечный корабль «Пергун», фрегаты «Первый», «Второй», «Крым», «Победа», «Поспешный», плоскодонные «новоизобретенные» корабли «Азов», «Корой», «Модой», «Журжа», «Таганрог», «Хотин», 3-мачтовые суда «Волик», «Морей», палубные боты «Елан», «Карабут», «Курьер», «Миюс», шхуна «Измаил» и многие другие.
Турция и некоторые западно-европейские страны с тревогой следили за ростом и становлением Азовской флотилии, за подготовкой кораблей и судов для Черноморского флота. Их не устраивал рост морского могущества России, расширение торгового мореплавания, освоение черноморских побережий. Порта, опираясь на поддержку Франции и Англии, готовилась к возвращению Крыма, Северного Причерноморья и Приазовья. Турцию и ее покровителей особенно встревожило создание Черноморского флота, официальной датой рождения которого считается 2 мая 1783 года. В этот день в Ахтиарскую (Севастопольскую) бухту, где с 17 ноября 1782 года стояли фрегаты «Осторожный» и «Храбрый», прибыл отряд кораблей г. составе грех 44-пушечных фрегатов «Крым», «Победа», «Поспешный», 2 донских 16-пушечных кораблей «Азов» и «Хотин», 3 шхун, 2 полак и 1 бота. Эскадру возглавлял вице-адмирал Ф. Л. Клокачев, который 11 января 1783 года, будучи начальником Херсонской верфи, был назначен командующим «флотом, заводимом на Черном и Азовском морях». Вскоре сюда прибыл отряд из 17 судов Днепровской флотилии. Эти 30 кораблей составили ядро Черноморского флота.