Неудача, как записал Гордон, «сильно огорчила Государя и произвела неописуемый ужас в войске, потерявшем после того всякую доверенность к иностранцам». В журнале читаем: «Взорвало наш подкоп, подведен был под турецкий вал; и после был окрик великий и стрельба с обеих сторон. День был тих, а в ночи был дождь».
С этого времени дожди пошли часто, 18-го — дождь с градом. Все траншеи заполнились водой.
В журнале все это время — дожди и мешающие татары: «В 19 день. Ничего не было. Той ночи был дождь… В 20 день. С полдень был дождь, и ту ночь был мороз… В 21 день. День был красный и был бой перед вечером: конница наша с татары, у нижних городков, стоящих у каланчей… В 22 день. Татары конница приезжали к нашему обозу поутру рано; в вечеру татары ж прибегали к нижним же городкам и был бой жестокий. День был тихий. В ночи в вечеру турки стали наш вал портить и была стрельба от нас. Той ночи был дождь…».
23 сентября Гордон, противясь штурму, все же доложил царю, что два подкопа с его стороны готовы и мины заложены.
Второй генеральный штурм, назначенный на 25 сентября, стали планировать с двух сторон — в пролом, который образуется от взрыва мины, и с речной стороны. Отсюда должны были подплыть на лодках с высокими бортами преображенцы и семеновцы.
Гордон обращал внимание военного совета, что через реку трудно успеть вовремя, и действия двух колонн после взрыва мин будут разновременными. Он указывал на укрепленность прибрежной части Азова, значительность здесь турецких сил «из опасения казаков». И, наконец, в случае неудачи отступать по мелководью и садиться в суда с высокими бортами будет трудно. «Возражения Гордона оставлены без внимания; ему отвечали темными надеждами; план атаки не изменен и штурм назначен 25 сентября в среду, в день св. Сергия, покровителя Придонских стран». Более того, Лефорт и Головин «даже дали понять Гордону, что его сомнения и опасения вызваны как будто нежеланием взять крепость».
Конечно же, когда на войне все решается консилиумом, порядка не будет. Лучше один плохой командующий, чем одновременно несколько хороших. Понятно, что царь сам хотел всем руководить, но трезво оценивал свою молодость и неопытность, потому и прикрылся тремя советниками, которые формально ему не подчинялись (как генералы не подчиняются бомбардирам). Из советников Гордон был опытнее, но царь больше доверял Лефорту, который одинаково легко соглашался быть и генералом, и адмиралом и т. д. и т. п.
Нападение планировали начать в два часа пополудни. После трех сигнальных пушечных выстрелов люди, стоявшие близ подкопов, должны были отступить, потом через четверть часа подожгут мины — 95 пудов пороха каждая, — и тогда войскам Гордона наступать в пролом, а Лефорту отвлекать турок, напав на ближайший к его лагерю бастион.
Задачей дивизии Головина значилось «поддерживать казаков, стоявших у реки на оконечности правого фланга». То есть, здесь ударную силу составляли казаки.
Преображенцы и семеновцы должны ударить через Дон. Сам царь наблюдал за их действиями оттуда, с правого берега Дона, с Каланчинского острова.
Участвовала в штурме 25 сентября только тысяча казаков. Остальные были оставлены для охраны солдатских и стрелецких лагерей, ввиду вероятности нападения татар, о чем предупредили перебежчики. Устрялов это считает ошибкой. «В лагерях осталось довольно войск для их защиты; между тем храбрые донцы, наиболее опасные неприятелю своею неукротимою отвагою, не приняли участия в штурме, за исключением 1000 человек, не самых лучших, выбранных для приступа по жребию».
В 3 пополудни, удостоверившись, что все готово, Гордон дал сигнал…
Мина взорвалась. Взлетевшие на воздух камни рухнули, как и прежде, на русские апроши и задавили полковника Бана, несколько офицеров и много солдат, человек 100 получили ранения. Однако часть стены и фас бастиона оказались проломленными, и в этот пролом шириною в 20 сажен устремились русские войска. Пройдя пролом, они уперлись в неодолимый палисадник…
Преображенский и Семеновский полки с тысячью донских казаков под командованием П. М. Апраксина, перебравшись через Дон, ворвались в город с северной стороны. Царь с противоположного высокого берега видел каждый их шаг. Бой меж разрушенными азовскими домами проходил у него на глазах.