На следующий день 12 В-25 из 499-й и 500-й эскадрилий вылетели с острова Биак, совершили промежуточную посадку в Миддлбурге, а затем на рассвете вылетели бомбить аэродром Буаян на Минданао. Капитан Мортенсен вел 500-ю эскадрилью. Один из его бомбардировщиков вернулся назад из-за технической неисправности, но остальные самолеты продолжали держать курс на цель, сопровождаемые одной эскадрильей Р-38. 500-я эскадрилья должна была атаковать автомобильный парк, находившийся в четырех километрах от Буаяна, тогда как в задачу 499-й группы входила бомбардировка самого аэродрома. Шесть В-25 из «BATS OUTA HELL», ведомые капитаном Рашуортом, атаковали восточную часть аэродрома, сбросив 54 «парадемо». Два крытых соломой ангара загорелись. Зенитный огонь, первоначально слабый, внезапно усилился, когда самолеты атаковали цели вдоль шоссе за аэродромом. Заряд шрапнели попал в бомбоотсек самолета «LADY RUTH» 1-го лейтенанта Питера Э. Таранука, а пулеметная очередь прошила правое крыло и хвостовую шайбу. Самолеты 499-й эскадрильи соединились с машинами 500-й эскадрильи, которая делала второй заход на район цели, пытаясь обнаружить автомобильный парк. Цель обнаружить не удалось и «ROUGH RAIDERS» разбомбили несколько зданий, грузовик и то, что походило на бараки.
8 сентября 20 В-25 из 345-й группы атаковали аэродром Галела, бомбя ВПП, стояночные боксы и зенитные батареи. Огнем с земли было повреждено два В-25 — один из 499-й, другой из 500-й эскадрильи. 10 сентября 22 В-25 из 345-й группы забросали «парадемо» и обстреляли из пулеметов город Намлеа на Буру. В-25G из 498-й эскадрильи, пилотированный 1-м лейтенантом Уолтером Д. Гаррисоном получил попадание в левый двигатель и разбился в горах северу от города. Все шесть членов экипажа погибли.
15 сентября самолет-разведчик вернулся с великолепными снимками только что достроенной новой японской авиабазы в Горонтало в северо-западной части Сулавеси. У устья реки Боне стояло несколько складов со снабжением. Это была еще нетронутая цель. Самолеты 345-й группы вылетели на задание с промежуточной посадкой в Миддлбурге. Встреча с истребителями сопровождения прошла по плану. 13 В-25 из 498-й эскадрильи вел капитан Говард Г. Бригхем, заместитель оперативного офицера 345-й группы. Самолеты сделали разворот над горами, потом резко пошли вниз к реке, текущей по узкому каньону. Один из пилотов вспоминал, что спидометр на его самолете показывал скорость 644 км/ ч. Внизу отряд разделился. Лейтенант Фредерик У. Дик на «TONDELAYO» шел за 498-й эскадрильей со своими пятью «крутыми налетчиками». Их 227-кг бомбы вызвали несколько пожаров среди складских зданий. В небо вздымались огненные столбы высотой до 60 м. Пламя начало распространяться. Четыре В-25 из 501-й эскадрильи, ведомые 1-м лейтенантом Робертом Э. Эрскином, довершили работу, сбросив зажигательные бомбы. Густой дым поднимался в небо на высоту до 1200 м. Противник сопротивления не оказал, и все самолеты благополучно возвратились на базу. Разведка, проведенная через три дня, показала, что бомбардировка и последовавшие пожары полностью уничтожили 21 большой склад и пять меньших зданий. Это был тяжелый удар, серьезно осложнивший снабжение японских частей на Сулавеси.
В-25 из 38th BG атакует малый транспорт в Симпсон-Харбор, Рабаул, Новая Британия. На заднем плане виден горящий порт.
18 сентября 20 В-25 из 345-й группы, пролетев 1300 км, забросали «парафрагами» и обстреляли аэродром Лангоан на севере Сулавеси. Пилоты 499-й эскадрильи обстреляли и поразили Ки-21 «Sally», Ки-46 «Dinah» и один самолет неизвестного типа. Еще девять самолетов были повреждены. Один B-25G из 498-й эскадрильи и «JAYHAWK» из 499-й эскадрильи получили повреждения от зенитного огня японцев. На следующий день самолеты 345-й группы атаковали соседний аэродром Сидате, на котором сожгли двухмоторный бомбардировщик и обстреляли другой. 23 сентября 19 «стрейферов» снова атаковали аэродром Сидате с помощью «парадемо» и пулеметов. Во время этого налета удалось сжечь только один японский самолет. В конце месяца экипажи 345-й группы приступили к разведывательным полетам на новых B-25J, которые назывались не иначе как «самые сильно вооруженные самолеты на свете». 498-я и 499-я эскадрильи получили по три новых «стрейфера», но полностью на B-25J 345-я группа перешла лишь в октябре-ноябре 1944 года. Новый самолет отличался не только лучшим бронированием, но и более рационально расположенным вооружением. На B-25J имелся спаренный пулемет в хвостовой огневой точке, два одиночных пулемета в бортовых окнах и спаренный пулемет в турели, установленной близко к центру тяжести, сразу за кабиной пилотов. Кроме того, самолет нес четыре пулемета, установленных в индивидуальных обтекателях по два на левом и правом борту, а также два пулемета в носовом остекленном обтекателе.
1 и 4 октября 345-я группа провела два налета на верфь Булангуки на северо-востоке Сулавеси. Вместе с верфью сгорели и все находившиеся там деревянные транспорты. В ходе второго налета В-25G-1 из 499-й эскадрильи лейтенанта Клиффорда Аллансона был поврежден огнем зенитной артиллерии и на обратном пути разбился, совершая вынужденную посадку в Биаке. 4 октября «стрейферы» охотились на японские самолеты, стоявшие на аэродроме Сидате. Через два дня целью 345-й группы стал аэродром Амахи, расположенный на небольшом островке к северу от Серама. Там удалось повредить на земле один истребитель. 7 и 11 октября 345-я группа участвовала в налетах на Сулавеси. «Стрейферы» бомбили склады и здания в Томпосо и Кунанданге, уничтожив некоторые из них.
16 октября 498-я эскадрилья первой из частей 345-й группы полностью перешла на B-25J. 500-я эскадрилья к тому времени успела получить четыре B-25J, а полностью перевооружение удалось закончить лишь в середине ноября. Новые самолеты проходили небольшую модификацию силами полевой мастерской. Носы самолетов усиливали дополнительными металлическими листами, чтобы защитить борта от действия пороховых газов. Новые самолеты получили новые элементы быстрой идентификации. В 498-й эскадрилье самолеты теперь отличались белыми оконцовками крыльев вместо применявшихся прежде знаков на хвостовом оперении. Вскоре на B-25J во всех эскадрильях на шайбах руля изобразили голову индейца. Это была эмблема 345-й группы.
23 октября 1944 года воздушная разведка обнаружила оживленное судоходство вдоль северного побережья Борнео. Поскольку остров лежал за пределами досягаемости баз на острове Биак, 17 В-25 из четырех эскадрилий сначала прибыли на остров Моротай возле Хальмахеры. На следующий день самолеты вылетели на задание. Под руководством 310-го бомбардировочного крыла 17 В-25D, G и J из 345-й группы совершили налет на порт Сандакан, столицу северного Борнео. Истребительное сопровождение обеспечивали две эскадрильи: одна Р-38 и одна Р-47. Три «стрейфера» вернулись из-за технических неисправностей, а остальные 14 В-25 под командованием подполковника Колторпа вышли к цели спустя четыре часа после взлета. «Catalina», кружившая в районе цели всю ночь, доложила о плотном зенитном огне над портом. Было решено действовать над целью быстро, чтобы свести контакт с противником к минимуму. Другими словами, предполагалось сделать всего по одному боевому заходу. Колторп повел бомбардировщики на порт. Попавшийся по курсу люгер подполковник пустил на дно одной бомбой. Потом он сбросил три бомбы на 989-тонный транспорт «Таймей-Мару», но все три легли мимо. Следом транспорт атаковала 499-я эскадрилья, ведомая лейтенантом Фоксом. По меньшей мере одна из четырех бомб, сброшенных лейтенантом Милтоном Дж. Опайем попала прямо в транспорт. Судно в последний раз видели полыхавшим как бочка с бензином, поэтому его посчитали потопленным наверняка. 499-я эскадрилья также потопила 500-тонный транспорт, а капитан Уэнделл Д. Деккер потопил 50-тонный люгер. Оперативный офицер 500-й эскадрильи лейтенант Дик атаковал большой транспорт, шедший в пяти километрах от порта Сандакан. Первая бомба прошла мимо, но вторая попала в борт на уровне ватерлинии. В образовавшуюся пробоину хлынула вода, и транспорт быстро пошел на дно. Но B-25J Дика получил повреждения над портом — из строя вышла гидравлика, но лейтенант не вышел из боя и продолжал вести второй эшелон. Его правофланговый ведомый лейтенант Дин Расмуссен сбросил две бомбы на другой малый транспорт и доложил прямое попадание и затопление судна. Многие пилоты сбрасывали бомбы на портовые строения. Зенитный огонь оказался на удивление слабым, поэтому Колторп сделал еще два боевых захода, обстреляв порт и город из пулеметов.