SB-29
Шестнадцать В-29 переделали в поисково-спасательные самолеты, которые применялись в составе соответствующей службы, подчинявшейся командованию военно-транспортной авиации. Самолетам присвоили обозначение SB-29. У них антенну радара AN/APQ-13 перенесли из стандартного положения между бомбовыми отсеками на место передней нижней турели. Место радиста перенесли из передней в заднюю гермокабину. Экипаж SB-29 состоял из 11 летчиков: двух пилотов, штурмана, двух бортмехаников, оператора радара и трех наблюдателей (двое в бортовых блистерах и один вместо хвостового стрелка).
Самолет приспособили для переноса и при необходимости сброса большой спасательной лодки типа А-3, выпускавшейся фирмой «Эдо Корпорейшн» из Колледж-Пойнт, остров Лонг-Айленд, штат Нью-Йорк. Корпус лодки алюминиевый, собирался с применением авиационных технологий. Длина лодки 9,07 м. Внутри лодки имелось 20 герметичных воздушных камер. Еще две камеры, закрытые прорезиненной тканью имелись на носу и корме. Во время сброса камеры наполнялись воздухом. Лодка оснащалась бензиновым мотором, вращавшим одиночный винт. Запаса топлива, имевшегося в лодке, хватало на 900 км пути.
Лодка подвешивалась под фюзеляжем кормой вперед. Для сброса использовался механический привод, включавшийся с места бомбардира. Лодка падала носом вперед под углом 50 гр. От быстрого разгона лодку предохранял парашют диаметром 30,48 м.
Самолеты SB-29 использовались поисково-спасательной службой в 1947-55 гг. Их применяли во время Корейской войны для поиска экипажей сбитых над морем В-29. Для ночного поиска под крыльями самолеты SB-29 оборудовались ракетницами, стрелявшими пусковыми ракетами.
WB-29
Самолеты В-29, модифицированные для проведения метеоразведки, получили обозначение WB-29. Вооружение на них отсутствовало, все турели демонтированы, а отверстия для них в фюзеляже закрыты заглушками. Перед местом передней верхней турели установили астро-навигационную башенку. Экипаж 10 человек: двое пилотов, бортмеханика, наблюдателя-метеоролога, штурмана, радиста, левого наблюдателя (оператора сбрасываемого зонда), оператора радиозонда, правого наблюдателя. На некоторых самолетах еще один наблюдатель помещался в хвостовой установке.
Самолет WB-29 оснащался большим количеством метеорологической аппаратуры, в том числе психрометром ML-313/AM, измерителем удельной влажности ID/AMQ-2, радиоальтиметр SCR-718, радар-альтиметр AN/APN-1 и радиозонд AN/АМТ-3, сбрасываемый на парашюте. Самолеты WВ-29 использовались для взятия проб воздуха после наземных испытаний авиабомб. При этом самолет оснащался дополнительным воздушным фильтром на месте верхней задней турели.
Самолеты WB-29 применялись ВВС США до марта 1960 года.
ЕВ-29
Один B-29-96-BW (45-21800) выпустили под обозначением ЕВ-29 и использовали в программе развития самолетов с ракетными двигателями. С самолета сняли крышки бомбового отсека. Под фюзеляжем смонтировали специальную платформу для подвески самолета, а так-же дренажи аварийного сброса ракетного топлива. Самолет ЕВ-29 участвовал в испытаниях самолетов-ракет Х-1, Х-2А, Х-2В, Х-1С, Х-ГО, Х-1Е. 14 октября 1947 года ЕВ-29 поднял в воздух ракетоплан Х-1. Управлял самолет экипаж Чарльза Йегера. После отделения от самолета ракетоплан преодолел звуковой барьер.
Другим самолетом-носителем, обозначенным ЕВ-29, стал В-29-60-ВА (44-48111). Этот самолет применялся для испытаний экспериментальных истребителей «Макдоннелл ХР-85 Гоблин». Предполагалось использовать эти истребители в качестве носимых истребителей, подвешиваемых к стратегическим бомбардировщикам В-36 «Конвейр» и сбрасываемых в районе цели для прикрытия бом-бардировщиков во время бомбометания. По завершению операции истребители могли снова вернуться на бомбардировщики благодаря специальному механизму подвески. ЕВ-29 нес ХР-85 в заднем бомбовом отсеке, с которого сняли крышки. Внутри смонтировали специальную раскладную конструкцию, предназначенную для выведения истребителя из бомбоотсека и перехвата его при возвращении.
QB-29
После 1954 года часть снятых с вооружения В-29 переделали в дистанционно управляемые самолеты-цели. Им присвоили обозначение QB-29.
DB-29
В-29, предназначенные для дистанционного управления самолетами-целями, обозначались DB-29.
СВ-29К
В 1949 году один B-29-БW переделали в транспортный самолет, обозначив его СВ-29К. Самолет летал до 1956 года.
VB-29
Один В-29 использовался командованием стратегической авиации в качестве пассажирского, для перевозки особо важных персон. Самолету присвоили обозначение УБ-29.