Все фотокамеры монтировались в задней гермокабине. Съемка проводилась через иллюминаторы, закрытые стеклом толщиной 3/4 дюйма (1,9 см). В носовой части самолета стоял измеритель сноса В-3, обслуживаемый фотоштурманом. В 1947 году название самолетов изменили с F-13A на RB-29.
ТВ-29
Самолеты В-29 в учебно-тренировочном варианте обозначались ТВ-29. Они оснащались дополнительными креслами для инструкторов-наблюдателей. Часть самолетов ТВ-29 была приспособлена для буксировки воздушных целей. В этой роли они активно применялись в 1951-57 гг. На ТВ-29 отсутствовали пулеметы, но бомбардировочное оборудование имелось. В бомбовых отсеках стояли бобины с буксировочным тросом, поэтому устанавливать там дополнительные бензобаки было невозможно.
Оборудование для буксировки воздушных целей состояло из электрических и гидравлических приводов бобин с тросом, роликов и трубчатых направляющих, электрогидравлических отсекателей троса, собственно воздушных целей и управляющего приборного щитка.
ХВ-39
Первый YB-29 (41-36954) получил новую двигательную установку, состоявшую из четырех 24-цилиндровых рядных двигателей «Аллисон V-3420-11». При этом обозначение самолета изменили на ХВ-39, а также присвоили ему название «Spirit of Lincoln». Двигатель V-3420-11 был заказан военными еще в 1937 году. По сути он представлял собой спарку двух 12-цилиндровых V-1710 с общим картером и двумя коленвалами, работающими на один винт. Можно сказать, что двигатель V-3420 был W-образным.
Каждый двигатель развивал мощность 3000 л.с./2206 кВт. На испытаниях самолет развил скорость 652 км/ч на высоте 7620 м. Практический потолок составлял 10668 м, скороподъемность у земли 3962 м/мин. Потолок 9144 м (30000 футов) самолет набирал за 29,3 минуты. Максимальная дальность полета с запасом топлива 12617 л составляла 10121 км. Сухая масса самолета 34037 кг была всего на три тонны больше, чем у В-29В. Максимальная взлетная масса 47628 кг. Несмотря на то, что с новыми двигателями самолет заметно поправил свои характеристики, в серию данная модификация не пошла.
ХВ-44
В сентябре 1943 года фирма «Пратт-энд-Уитни» предложила установить вместо штатных двигателей «Райт R-3350» свои более мощные двигатели «Пратт-энд-Уитни R-4660-33 Уосп-Мейджер» мощностью 3000 л.с./2206 кВт. В июле 1944 года был подписан контракт на пе-ределку одного В-29 под новые двигатели. Выпущенный в Рентоне B-29A-5-BN (4293845) с новыми моторами обозначили как ХВ-44. Первый полет прототип совершил в мае 1945 года. ХВ-44 не имел вооружения кроме двух пулеметов в хвосте. Сухая масса 34036 кг, максимальная взлетная масса 47628 кг. Самолет мог брать до 35204 л топлива. На испытаниях ХВ-44 развил максимальную скорость 631 км/ч. Экономическим ходом со скоростью 454 км/ч самолет имел радиус действия 3862 км. Благодаря турбонаддуву потолок составлял 10838 м. Время набора высоты 30000 футов (9144 м) при максимальной взлетной массе 35 минут.
Опыт, полученный при создании ХВ-44, позднее пригодился при создании бомбардировщиков В-50, также оснащенных двигателями R-4360.
Проект S68
В 1944 году исследовательский цент на базе Эглин-Филд во Флориде разработал альтернативную систему вооружения, состоявшую из обслуживаемых стрелками турелей с системой управления «Дженерал Электрик». На месте двух автоматических турелей на верхней стороне фюзеляжа установили две турели «Мартин А-3», как на В-24. Переднюю нижнюю турель заменили сферической турелью «Сперри А-2», а заднюю — убирающейся в фюзеляж турелью «Сперри А-3». В каждой из верхних и нижних турелей разместили по два 12,7-мм пулемета. Кроме того, по бортам фюзеляжа установили по одной дистанционно управляемой турели «Эммерсон 136» с одним 12,7-мм пулеметов в каждой. На месте бортовых огневых точек в гнездах типа К-6 установили еще по одному 12,7-мм пулемету. Конструкцию хвостовой огневой точки оставили без изменения.
Хотя испытания показали, что огонь непосредственно управляемых человеком турелей эффективнее огня турелей с дистанционным управлением, на практике такую систему вооружения не применяли. Иначе пришлось бы отказаться от размещения экипажа в гермокабинах. Как оказалось, решение было принято верное. В конце войны тяжелым бомбардировщикам достаточно редко приходилось вступать в бой с истребителями противника.