Джаганнатха дас Бабаджи в течение многих лет совершал бхаджану во Враджа-мандале. Он был известен во всей округе как сиддха-баба (душа, полностью осознавшая свою природу). Известно, что порой он непрерывно повторял святые имена три дня и три ночи подряд, не ложась спать и не принимая пищи. После этого, исполнив обет, он завтракал плоским рисом с йогуртом.
В 1880 году во Вриндаван поклониться лотосоподобным стопам Бабаджи Махараджи приехал Шрила Бхактивинода Тхакур, который получил от Бабаджи Махараджи множество ценных наставлений. В том же 1880 году Парамахамса Бабаджи приехал в округ Бурдван и остановился в деревне Амаладжода. Шри Бхактивинода Тхакур тоже приехал туда якобы по служебным делам и встретился там с Джаганнатхой дасом Бабаджи во второй раз. Бабаджи был очень доволен тем, что Бхактивинода Тхакур страстно стремился проповедовать величие Святого Имени Кришны. После этого Джаганнатха дас Бабаджи одиннадцать дней жил в Бурдване, где он день и ночь совершал непрерывный киртан (повторение святых имен и обсуждение священных писаний). А Шрила Бхактивинода Тхакур основал в деревне Амаладжода прапанна-ашрам (монастырь, в котором человек полностью предавался Кришне).
В 1893 году Джаганнатха дас Бабаджи жил в Кулии, находящейся в Навадвипе, и пришел однажды в Сурабхи-кунджу, место обитания Тхакура Бхактивиноды. Вся роща была словно наэлектризована благодаря его присутствию и казалась необыкновенно красивой. Позже он вместе со своими последователями отправился в Маяпур, где посетил многие святые места, такие как Йогапитха, Шривасангана и др. Когда он пришел к месту (рождения Господа Гауры, которое было обнаружено Бхактивинодой Тхакуром, он начал танцевать в экстазе, хотя был очень стар и, как прежде думали, не мог ходить. Так он установил подлинность этого места. Некоторое время он провел в Йогапитхе вместе с Шрилой Бхактивинодой Тхакуром. Там он чудесным образом излечил одного из сыновей Тхакура от кожного заболевания, велев ему лечь в пыль в месте явления Господа. Большую часть времени он проводил, повторяя Святое Имя на берегу Ганги в Кулии. Его бхаджан-кутир и самадхи существуют до сих пор. В один из дней он попросил Шрилу Бхактивинода Тхакура построить нечто вроде портика, где могли бы найти пристанище те, кто приходил к нему, и Тхакур тотчас же сделал это. Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур уже в двенадцатилетнем возрасте был очень сведущ в астрономии. Услышав об этом, Махараджа позвал его однажды к себе и велел ему составить Вайшнавский календарь, в котором указывались бы дни явления и ухода всех спутников Шри Чайтаньи Махапрабху и Вишну-прии Тхакурани. Бхактисиддханта Сарасвати Тхакур произвел необходимые расчеты и начал издавать “Шри Навадвипа-панчику”.
Жизнью и душой Джаганнатхи даса Бабаджи было повторение Святого Имени и служение Вайшнавам. Он жил на этой земле 135 лет (согласно Таура-паришада-чаритавали”) и нес весть о Святом Имени Шри Чайтаньи Махапрабху. Хотя в старости он согнулся почти пополам, тем не менее во время киртана он распрямлялся и его рост тогда достигал много более 180 см. В этот момент он напоминал танцующего Шри Чайтанью Махапрабху.
Любимым учеником Бабаджи Махараджи был Бхагават дас Бабаджи, получивший от него посвящение в Бабаджи. От Шри-лы Бхагавата даса Бабаджи посвящение в Бабаджи получил Гауракишора дас Бабаджи. Учениками Джаганнатхи даса Бабаджи были также Гаурахари дас Бабаджи, Рамахари дас Бабаджи и Нитьянанда дас Бабаджи, которые были родом из Варшаны, расположенной во Враджа-мандале. Другой его ученик по имени Кришна дас Бабаджи был из Кадамкханди. Личным слугой Шрилы Джаганнатхи даса Бабаджи был его ученик Шри Бихари дас, который был очень крепким и сильным. От старости Бабаджи Махараджа, казалось, не мог ходить, и Шри Бихари дас обычно носил его на спине в бамбуковой корзине. Однажды, когда Бабаджи Махараджа путешествовал таким образом, один богатый человек дал ему одну рупию, и он отдал ее Бихари на хранение. Но после того, как они прошли несколько километров, Шрила Бабаджи Махараджа велел слуге нести его обратно к жертвователю и отдал тому его рупию. При этом он сказал:
— Я знаю, что у тебя очень много денег. Я не смог нести даже такую тяжесть, как одна рупия, как же ты несешь такое бремя?
Бабаджи Махараджа иногда принимал пожертвования, чтобы иметь возможность служить Вайшнавам, но при этом он обнаруживал полнейшую отрешенность, обучая таким образом своим примером, насколько следует быть осторожным, принимая подаяние от богатых людей.
Жители Сурья-кунды, вдохновленные Бихари дасом, построили для Шрилы Джаганнатхи даса Бабаджи Махараджи хижину и небольшой храм. И сиддха-баба велел Бихари дасу установить в этом храме Божества. Получив такое указание, Бихари отправился в деревню Сонарудди, которая находилась в восьми милях от Катоа, и там попросил местного землевладельца дать ему Божества. Получив Божества Гауры-Нитая, он направился в Калькутту и собрал там 5 000 рупий, которые ему пожертвовали Шринатх Раи, члены известных семей Лаха и другие. После этого он вернулся в Сурья-кунду. Божества Шри Шри Гауры-Нитая, которые сверкали, словно золотые, были установлены в храме, и в честь этого события был проведен пышный обряд и устроено большое празднество. Вскоре после этого однажды ночью в храм забралась банда разбойников, которые попытались унести Божества, думая, что они сделаны из золота. Однако им не удалось похитить Золотых Божеств, и, измученные тяжелой работой, они убежали до наступления рассвета, не достигнув своей цели. Этот случай необычайно взволновал Бабаджи Махараджу, и он велел Бихари передать Божества в дар какому-нибудь преданному, живущему во Вриндаване. Бихари поехал во Вриндаван и подарил Божества одному госвами, выходцу из Бенгалии. Этим божествам по сей день поклоняются в храме Дхобигати Гопалбагх, и они носят название Сонар Гаура, что значит “золотой Гаура”. Несколько дней спустя Шрила Бабаджи Махараджа сказал Бихаридасу: