В контракте не было оговорено, что Бах должен обеспечивать музыкальное сопровождение университетских празднеств и церемоний в церкви Святого Павла, но оказалось, что в силу привычки кантор церкви Святого Фомы ведёт у Святого Павла «старый культ», а «новым культом» руководит музик-директор и получает за это плату. В 1725 году ректор предоставил Баху половину жалованья музыкального руководителя — шесть гульденов. Но в сентябре этого же года Бах написал прошение курфюрсту саксонскому и королю Польши Августу Сильному, под властью которого находился Лейпциг, чтобы его восстановили в правах, позволив вести оба культа и получать соответствующее вознаграждение. Невзирая на его жалобу, совет университета просил отказать Баху в его просьбе. Король прислушался к мнению университета. Сильное разочарование для Баха, у которого было такое чувство, что его считают кем-то заурядным.
Два года спустя, в 1727-м, Иоганн Себастьян Бах взял реванш: после смерти Кристианы Эбер-гардины Бранденбург-Байрейтской, супруги-лютеранки католического короля Августа II Сильного (кстати, большого бабника), именно ему поручат сочинить «Траурную оду» на слова Готшеда — к большой досаде его соперника Тёрнера. Всё-таки его гений получил кое-какое признание.
Ещё один повод для конфликта — пресловутый курс латыни, который кантор не ведёт сам, а передоверил заместителю за кругленькую сумму в 50 талеров. Это сильная головная боль для Баха, поскольку заместитель часто находится в отлучке. Уже в феврале 1724 года он пожаловался на это магистратам. В результате Баху часто приходится брать эту работу на себя и помимо надзора, обучения музыке и религии самому давать уроки. Потенциальные соперники, должно быть, радовались, что на кантора, чьему таланту они завидовали, есть повод жаловаться. Дело с замещением так и не уладилось и накаляло атмосферу до такой степени, что в 1730 году на Баха посыпались наказания. Его прямо обвинили в том, что он не восполнил отсутствие своего заместителя. Настоящая головомойка, свидетельствующая о крайне напряжённой обстановке. Вот избранные пассажи из протокола заседания:
«Пусть занимается с одним из младших классов». «Он [Бах] ведёт себя не так, как надлежало бы, это надобно поставить ему на вид и как следует увещевать его».
«Без предварительного уведомления господина бургомистра послал хор учеников в провинцию. Уехал сам, не испросив отпуска».
Господин советник Ланге: «Правда всё то, что было сказано против кантора: его следует увещевать и заменить М. Кригелем».
Господин надворный советник Штегер: «Кантор не только ничего не делает, но и не желает на сей счёт давать объяснений, не проводит уроков пения, к чему присовокупляются и другие жалобы; в изменениях надобность есть, нужно [этому] положить конец».
Чёрт, такое впечатление, что вновь наступил период Арнштадта, когда Бах уехал в Любек, не предупредив, что вернётся только через четыре месяца, или когда его надо было поставить на место, потому что он позволял себе вольности с органом или привёл на хоры девицу.
Опять местечковые дрязги, нелепые в своей мелочности… То выбрал не ту церковь для «Страстей по Иоанну», то не те гимны для вечерни. Вопреки мнению Баха, выбирать, что петь после проповеди, поручили иподиакону церкви Святого Николая Готлибу Гаутлицу. Недовольный этим решением, кантор в очередной раз не позволил спустить ситуацию на тормозах. В сентябре 1728 года он перешёл в наступление и написал магистрату. В самом начале кантор напоминает, что ему по должности полагается подбирать гимны, а главное — не вводить никаких новшеств в богослужение. А иподиакон как раз нарушил это правило, введя новые песнопения, гораздо более длинные, на взгляд кантора, который хотел бы, чтобы и в этот раз последнее слово осталось за ним.
Конечно, всё это мелочи, но когда их много, прощай, покой.
Несмотря на придирки, которые сегодня назвали бы преследованием, Бах сохранил способность и даже свободу путешествовать, чтобы развеяться. «Уехал сам, не испросив отпуска!» — возмущался совет, однако так было не всегда. Баху попросту требовалось заработать масло к куску хлеба, чем-то дополнить своё скудное жалованье, перехватив денег на «акциденциях»: похоронах, свадьбах или юбилеях. И конечно, он не забывал о своих дорогих органах: в ноябре 1723 года он в Штёрмтале — исследует инструмент, который соорудил мастер Гильдебрандт. В июне следующего года осматривает органы в церквях Спасителя и Святого Иоанна в Гере — творения мастера Финке.