«Extra Seco» дона Факундо получил первый приз в своем классе, хотя ему пришлось соревноваться с тремя другими кубинскими винокуренными заводами, а также с несколькими североамериканскими и карибскими сортами рома. Год спустя этот же ром получил золотую медаль на Всемирной выставке в Мадриде.
На благо компании послужило одно важное обстоятельство. В конце 1860 годов французские виноградники поразило нашествие опаснейших насекомых — филлоксеры.
Производства вина и бренди упало практически до нуля, и французские потребители были вынуждены искать крепкие напитки за границей. Новые сорта рома, появившиеся на рынке, немедленно завоевали во Франции необыкновенную популярность, а в отсутствие вина и бренди продажи рома взлетели до небес. Продвижение рома Бакарди на внешний рынок стало себя оправдывать. Филлоксера медленно мигрировала на юг, и вскоре пострадала и винодельная промышленность Каталонии. Каталонское вино было одним из главных конкурентов рома на Кубе, и его возникший дефицит открыл для рома новые участки рынка.
В 1877 году, довольный тем, что компания окончательно встала на ноги, дон Факундо решил отойти от дел и оставить производство рома в руках сыновей. Младший, двадцатилетний Хосе, занимался продажами. Факундо-младший, проработавший бок о бок с отцом много лет, заведовал производством и стал первым «мастером купажа» в компании. Однако президентом дон Факундо назвал тридцатитрехлетнего Эмилио. Быть старшим сыном на Кубе много значило. За год до этого Эмилио женился на Марии Лай Берлюшо — она была santiaguera французского происхождения, как и донья Амалия.
Примерно тогда же, когда Эмилио стал президентом компании, Мария родила сына, которого в честь отца назвали Эмилио, но всю жизнь называли Эмилито.
Теперь, когда Эмилио должен был исполнять столько обязанностей — и семейных, и деловых, — он очень изменился. Это был уже не двадцатилетний непоседа, пытавшийся учинить мятеж на площади, а уважаемый деловой человек в костюме, галстуке и белой соломенной шляпе. Однако от сотрудничества с движением за независимость он не отказался. Высокое положение в семейной компании после ухода дона Факундо стало лишь более удачным прикрытием для подпольной деятельности. Эмилио много ездил по делам на местные сахарные плантации — и заодно контактировал там с представителями повстанцев. Ему приходилось бывать и в окрестностях Сантьяго, и даже за рубежом, и там он регулярно встречался со сторонниками и покровителями мятежников.
Когда Эмилио встал у руля семейной компании, фамилия Бакарди имела в Сантьяго двойное значение. «Bacardi & Compañía» была процветающим коммерческим предприятием с международными связями. Ром «Бакарди» стоял выше политики, его одинаково любили и voluntarios, сражавшиеся на стороне испанцев, и кубинские патриоты, и компания вела дела со всеми, кто хотел купить ром, везде, где представлялась такая возможность — от Гаваны до Мадрида. Однако сыновья Бакарди были кубинскими патриотами и горячими поборниками независимости, и Эмилио считал себя врагом испанских властей. Подобное смешение капиталистических и патриотических принципов стало определяющей чертой семейного предприятия, и то, как «Bacardi & Compañía» совмещала в себе эти роли, отличало ее от конкурентов и при жизни грядущих поколений.
Эмилио принял бразды правления отцовской компанией в последние месяцы кубинской войны за независимость. Карлос Мануэль де Сеспедес был убит в 1874 году, когда испанские войска захватили его на ферме, где он прятался. Антонио Масео, блестящий юный генерал-мулат, в практически ежедневных боях с превосходящими силами испанцев демонстрировал поразительное тактическое мастерство и отвагу, однако консерваторы снова заговорили о том, что он-де натравливает чернокожее население Кубы на белых и собирается учредить «негритянскую республику», и это существенно подорвало его авторитет.
В феврале 1878 года, когда война длилась уже почти десять лет, «комиссионеры» революционной Кубинской Республики встретились с главнокомандующим испанской армией в деревне Занхон и договорились о прекращении военных действий. По Занхонскому договору Куба приобретала ту же степень политической автономии, что и Пуэрто-Рико на тот момент, а те рабы, которые были в рядах повстанцев, получали свободу. Однако главные цели революции — ни независимость, ни запрет рабовладения, — достигнуты не были, и на встрече в Барагуа Антонио Масео заявил испанскому главнокомандующему, что не согласен с договором. Несколько месяцев спустя он все же был вынужден принять условия перемирия, однако «протест в Барагуа» стал напоследок эффектным героическим жестом.