В одном из своих опубликованных романов под названием «Vía crucis» («Крестный путь») Эмилио рассказывает историю кубинской семьи, в которой были приняты противоречивые представления о рабстве, отражающие смешанные чувства, царившие в его собственном семействе. С мировоззренческой точки зрения в этой семье рабства не одобряют, однако некоторые выведенные в книге рабовладельцы представлены как добрые, хорошие люди, и рабы их обожают. Один бывший раб по имени Хуан примыкает к повстанческой армии вместе со своим бывшим хозяином Паблито, и они вместе сражаются за независимость Кубы. На поле битвы они равны, но когда Паблито погибает в бою и его хоронят под скалой, бывший раб в слезах бросается на импровизированное надгробье. «Там он и остался, — написал Эмилио, — словно верный пес на могиле хозяина».
Подобные литературные образы показывают, что Эмилио Бакарди был пленником собственного социально-экономического происхождения и жизненного опыта. Однако не приходится сомневаться в том, что он был готов поплатиться свободой и даже жизнью за дело всеобщей социальной революции на Кубе, главной целью которой было установление на острове справедливости и равенства рас.
К 1892 году на Кубе полным ходом шла подготовка к очередной войне. Хосе Марти бросил журналистику и взялся за организацию новой Кубинской революционной партии, в которую входили изгнанники, жившие во Флориде и в Нью-Йорке; по его мысли, вокруг этого костяка должно было сложиться демократическое движение. Когда Марти решил, что партия готова к делу, то отправился в Санто-Доминго, где жил тогда Максимо Гомес, а затем в Коста-Рику — разыскать Антонио Масео. Оба они с готовностью согласились возобновить революционную борьбу. К осени 1894 года ветераны-вожаки повстанцев стали понемногу собираться в сельской местности и запасаться оружием.
В Сантьяго революционное брожение началось еще с визита Антонио Масео в 1890 году. Эмилио, Федерико Перес Карбо и горстка других santiagueros тайно собирались и составляли заговор. Хотя Эмилио в глазах колониальных властей оставался неблагонадежным, статус уважаемого и преуспевающего сантьягского дельца в некоторой степени служил ему защитой. С 1894 года и до повторного ареста в 1896 году Эмилио был главой подпольной революционной сети в Сантьяго и ее главным казначеем. Эмилио даже ездил в Нью-Йорк к Марти под предлогом коммерческих дел. (Хотя Марти заболел и не смог встретиться с Эмилио, он прислал ему письмо с извинениями, где называл его «дорогим другом»). Когда вождям повстанцев необходимо было выехать за пределы Кубы, Эмилио организовывал их перевозку. Естественно, подобные занятия держались в тайне; примерно в это же время Эмилио стал одним из директоров сантьягской торговой палаты, где отвечал за «индустрию».
В 1894 году торговые переговоры между Соединенными Штатами и Испанией, которые велись через голову кубинцев, привели к тому, что Испания ввела пошлины на ввозимые на Кубу товары из Соединенных Штатов, а Соединенные Штаты резко повысили тарифы на кубинские товары, ввозимые к ним. Плантаторы, торговцы и коммерсанты, которые успели перенаправить свои интересы от Испании в сторону Соединенных Штатов, были разорены. Хуже того, испанские власти предъявили Кубе счет за убытки в ходе Десятилетней войны. Ежегодные проценты по военным долгам стоили острову чуть ли не половины валового национального дохода; еще двенадцать миллионов долларов уходили на оплату испанского гарнизона на Кубе, в результате всего на все другие государственные нужды, включая образование, оставалось всего 2,5 миллиона. Экономический кризис подлил масла в огонь — кубинцы были в ярости из-за того, что их лишили остатков политической власти, и революционные настроения вспыхнули даже среди некоторых представителей высшего общества. К началу 1895 года стало ясно, что вот-вот начнется новое вооруженное восстание. В доме, расположенном на той же улице Марина-Баха, что и контора Бакарди, Эмилио тайно встретился с горсткой единомышленников, чтобы организовать коммерческое предприятие, у которого были бы отделения и в Сантьяго, и в Нью-Йорке и которое служило бы каналом для передачи военных фондов и связи между революционным штабом в Нью-Йорке и полевыми командирами в восточной Кубе.