Меньше чем через два года после отставки с поста мэра Сантьяго Эмилио снова включился в предвыборную борьбу за эту должность, на сей раз в качестве первого кубинца, который стал бы мэром в результате свободных выборов. В промежутке Эмилио пришел к пониманию того, насколько серьезны политические задачи, вставшие перед его страной. То, как он противился включению условия Платта, лоббировавшего интересы правительства Соединенных Штатов, в конституцию Кубы, показывало, что он по-прежнему кубинский патриот, однако теперь было уже мало твердо отстаивать идею независимости — стране как никогда требовалось ответственное руководство. Испания не оставила Кубе никакой политической культуры, которая легко породила бы репрезентативное правительство, а американская военная администрация на острове была, похоже, скорее склонна принижать местные политические институты, нежели взращивать их. Потому-то в общественной жизни Кубы и появилось столько негодяев.
Осенью 1900 года личный секретарь и переводчик Леонарда Вуда Алехандро Гонсалес написал Эмилио письмо, где предупреждал, что не следует автоматически становиться союзником любого политика, кричащего о своей приверженности линии independentista, и упоминал некоторых делегатов конституционного съезда: Они злоупотребят вашей доверчивостью и убедят вас, будто они такие же патриоты, как и вы, но мне доподлинно известно, что на самом деле их не интересует исключительно собственное благосостояние. Вы — человек чести, потому и считаете, что все остальные такие же. Я работал переводчиком у многих политиков и знаю, о чем говорю… Не защищайте их.
Однако в подобных напоминаниях Эмилио не нуждался. Как мэр и как простой горожанин он регулярно выступал против политиков, которые были в прошлом героями войн за независимость. Деметрио Кастильо и Томас Падро, главные политические враги Эмилио, были генералами повстанческой армии. Падро, которого Вуд назначил преемником Эмилио на посту мэра, увольнял муниципальных служащих, если они отказывались вступить в его политическую партию, и закрыл газету, которая его критиковала.
На выборы мэра в 1901 году Эмилио вышел скорее как реформатор, нежели как пламенный патриот, и лозунгом его кампании стали слова «Мораль и справедливость».
Эмилио было пятьдесят семь лет, и он позиционировал себя как кандидата, который восстановит порядок и прозрачность в городском правительстве после сомнительных делишек администрации Падро. Он выиграл большинством в 61 процент голосов — но лишь после тяжелой и грязной избирательной гонки. Падро, который и сам попал под следствие по обвинению в злоупотреблении служебным положением, распространил клеветнические слухи, будто часть денег, которые Эмилио собрал на Армию Освобождения, осела в его собственном кармане.
Эмилио был человек обидчивый, и подобные нападки привели его в ярость.
Прежде чем заступить на пост, он написал в Гавану Леонарду Вуду: «Доверяете ли вы мне?» Во время первого срока в должности мэра Эмилио обладал не слишком большой властью, поэтому теперь ему нужны были гарантии, что американская военная администрация не назначит одного из его политических противников гражданским губернатором провинции (то есть его начальником) — подобная ситуация, предупреждал Эмилио, будет для него «невозможной». Несколько месяцев спустя его обидчивость проявилась с новой силой — Эмилио составлял черновик завещания, из которого очевидно, что обвинения и контробвинения избирательной кампании еще свежи в его памяти.
Завещание Эмилио завершил кратким обращением «К моим детям, чтобы им никогда не пришлось краснеть за отца».
Все те скверные слова, которые говорили против меня, — не более чем клевета несчастных, убогих людей. Я всю жизнь был человеком чести, даже слишком, если это возможно, — я не украл ни у кого ни единого цента… Более того, самые громогласные из тех, кто чернил мое имя и чернят [до сих пор], с первого до последнего, в долгу у Эмилио Бакарди; и если мне и полагается наказание за что-то, я знаю за собой лишь один грех — я слепо любил свой народ и всех, кто пострадал за него.
Хотя подобная уверенность в собственной правоте способна и раздражать, Эмилио Бакарди и вправду был человеком чести, и сомневаться в этом не приходится. Его приводили в ярость те кубинцы, чей патриотизм казался ему эгоистичным, — именно потому, что он так серьезно относился к собственным убеждениям. Момент наивысшей гордости за весь второй срок на посту мэра он пережил, когда проходила его инаугурация во время Fiesta de la Bandera — «Праздника флага», церемонии, проходившей в канун Нового года и ставшей сантьягской традицией. Ровно в полночь 31 декабря, когда колокола на соборе над громадной толпой, собравшейся на главной площади, прозвонили двенадцать раз, Эмилио поднял над залом городских собраний огромный кубинский флаг в семь с половиной метров длиной. Куба еще не была независимой, и Эмилио пришлось просить у американской военной администрации разрешения провести церемонию.