Местные жители собрали деньги, чтобы заплатить одному портному за изготовление гигантского полотнища — такого большого флага горожане еще не видели. Флаг трепетал на ночном ветру, и в красном треугольнике у древка виднелась на фоне неба одинокая белая звезда, а рядом — синие и белые полосы. Городской оркестр сыграл национальный гимн. С последней нотой по всей площади раздались приветственные крики, свист и возгласы: «¡Viva Cuba Libre! ¡Viva!» Жители Сантьяго впервые видели, как над зданием их городского совета развевается кубинский флаг.
Над старой крепостью в Гаване кубинский флаг подняли только 20 мая 1902 года, когда Соединенные Штаты отказались от присутствия на Кубе и признала ее относительную независимость. Леонард Вуд и прочие американские военачальники отплыли домой, в Соединенные Штаты, позволив наконец кубинцам управлять своей страной — через почти четыре года после окончания войны с Испанией. Новым президентом стал Томас Эстрада Пальма, избранный за четыре месяца до этого, когда его единственный противник, бывший генерал Бартоломе Масо, прекратил предвыборную борьбу в знак протеста против назначения комиссии по наблюдению над выборами, явно настроенной против него. Эстрада Пальма более двадцати лет провел в Нью-Йорке и, естественно, стоял за постоянные связи с Соединенными Штатами. Американские власти не скрывали, что он нравится им куда больше, чем Масо, ярый противник Поправки Платта.
Между тем в Сантьяго Эмилио Бакарди проводил на посту мэра свой пятилетний срок и служил примером образцового градоначальника. Во время своего правления он впервые создал муниципальные рабочие места для женщин, отдавая предпочтения вдовам погибших на войне повстанцев, и расширил программу медицинской помощи беднякам.
Понимая, что после открытия Панамского канала движение судов станет оживленнее, он за счет городских фондов углубил гавань и улучшил инфраструктуру порта. Он принял крутые меры против нелегальных петушиных боев, развернул непримиримую кампанию по борьбе с проституцией, беспощадно увольнял муниципальных служащих, уличенных в должностных преступлениях. Он пытался добиться от Гаваны дополнительных средств для развития санитарных систем в Сантьяго, причем не постеснялся упомянуть, что если это не будет сделано, возможна новая американская интервенция, ведь согласно Поправке Платта кубинцы обязаны содержать свои города в чистоте. Наконец, не проходило и недели, чтобы Эмилио не выступил на собрании в честь какой-нибудь военной годовщины, не посетил похороны ветерана-повстанца, не навестил вдов и сирот и не нашел других способов внести свой вклад в борьбу за независимость, которой посвятил большую часть своей жизни.
В то же время Эмилио поддерживал личные отношения с влиятельными американцами, начиная с Леонарда Вуда. Кроме того, он дружил и с Теодором Рузвельтом, единомышленником Вуда, вместе с ним пережившим военные приключения.
Когда в ноябре 1904 года Рузвельт был избран президентом, Эмилио послал ему лаконичную телеграмму:
ВАШИНГТОН. ПРЕЗИДЕНТУ РУЗВЕЛЬТУ.
КОГДА-ТО САНТЬЯГО ЧЕСТВОВАЛ ПОБЕДОНОСНОГО ВОЖАКА «МУЖЕСТВЕННЫХ ВСАДНИКОВ».
СЕГОДНЯ — ИЗБРАННОГО ПРЕЗИДЕНТА.
БАКАРДИ, МЭР.
Весной 1906 года, когда в Сантьяго с визитом приехала двадцатидвухлетняя дочь Рузвельта Элис, Рузвельт попросил Эмилио опекать ее. Эмилио с Эльвирой — один сантьягский репортер назвал их «личными друзьями» Рузвельта — так тепло принимали Элис все время, которое она пробыла в Сантьяго, что она отплыла домой «очарованная».
К тому времени Эмилио был самым популярным общественным деятелем в Сантьяго — казалось, политических противников у него нет. Друзья и единомышленники предложили ему баллотироваться на пост губернатора провинции. Однако Эмилио рассудил иначе и, готовый наконец сосредоточиться на вопросах национальной политики, решил избираться в Сенат. С каждым годом кубинская политика становилась все грязнее, в любой предвыборной компании все участники шли на политическое мошенничество, в самом правительстве процветали взятки. Эмилио присоединился к Партии Умеренных, которая поддерживала избрание на пост президента Томаса Эстрады Пальмы. Для Эмилио главной проблемой на Кубе была коррупция, а хотя как президент Эстрада Пальма был откровенно слаб, в его честности никто не сомневался. Однако другие члены правительства Эстрады Пальмы не отличались его щепетильностью. Осенью 1905 года министр внутренних дел Фернандо Фрейре де Андраде начал увольнять государственных служащих, даже школьных учителей, если они отдавали предпочтение оппозиционной Либеральной партии и ее кандидата в президенты Хосе Мигуэлю Гомесу. Кампания стала агрессивной, то и дело происходили стычки между группами приверженцев разных партий, и кандидаты и их сторонники перестали выходить из дома без оружия.