Авторство «Катехизиса» было предметом длительных и ожесточенных споров. При отсутствии решающих доказательств, ученые, враждебно относящиеся к анархистам, обычно приписывали его Бакунину, в то время как другие приписывали его Нечаеву, и, наконец, третьи приписывали его обоим, как результат их сотрудничества в 1869 г. Так, издание «Кропоткинского маяка» называло автором Нечаева, в то время как издания и «Черных пантер» и «Красного памфлета» называли автором Бакунина, а анонимный издатель последнего утверждал, что «миф о том, что его написал Нечаев, был изобретен мелкобуржуазными псевдо-„анархистами“, которые ревизовали Бакунина». Такие выдающиеся ученые, как Макс Неттлау, Э.Х.Карр и Франко Вентури на Западе и Б.П.Козьмин в Советском Союзе, приписывали «Катехизис» Бакунину, потому что имелись признания товарищей Бакунина, З.К.Ралли и Михаила Сажина (Армана Росса), которые утвреждали, что видели копию рукописи «Катехизиса», написанную рукой Бакунина. Некоторые, включая Карра, доказывали, что «Катехизис» напоминает бакунинский стиль, и что катехизис был одной из любимых Бакуниным форм изложения (так, в 1866 г. он опубликовал «Революционный катехизис»). С другой стороны, катехизис, как литературная форма, широко использовался как революционерами в России, так и на Западе в течение всего XIX в. Профессор Конфино, кроме того, утверждает, что сравнение «Катехизиса революционера» с бакунинским, более ранним, «Революционным катехизисом», показывает, что они «сильно отличаются» по стилю и терминологии. Как по форме, так и по содержанию — первый из них, вероятнее всего, появился из среды революционного студенчества внутри России в 1860-е гг., из среды, в которой Бакунин, в отличие от Нечаева, не принимал участия, — нежели чем из среды старшего поколения эмиграции, живущего в Швейцарии.
Важное новое доказательство в решении этого вопроса содержится в письме Бакунина к Нечаеву от 2–9 июня 1870 г., находящееся в Архиве Натальи Герцен в Национальной Библиотеке в Париже и впервые опубликованное Конфино в 1966 г. в «Тетрадях по советской и русской жизни» (Cahiers du Monde Russie et Sovietique). Это письмо длиннейшее и интереснейшее из писем, которое когда-либо написано Бакуниным, писавшееся на протяжении восьми дней и занимающее более тридцати страниц мелко и плотно напечатанного текста. Оно занимает центральное место в трудах и Ленинга и Конфино, а мы подробнее расскажем о нем ниже. В нем Бакунин специально отрекается от того, что он называет «вашим катехизисом», вместе с нечаевской «иезуитской системой» в целом. На основании этого заявления теперь авторство «Катехизиса» должно быть установлено как нечаевское, хотя это не означает определнно того, что Бакунин не играл роли в его написании или доработке. Так как он был написан в период близкого сотрудничества между этими двумя людьми, то, даже если фактическое авторство принадлежит Нечаеву, Бакунин, возможно, помог ему в написании и редактуре. Это, по всей видимости, объясняет встречающуюся в нем изредка бакунинскую фразеологию, также как существующие утверждения о копии, написанной рукой Бакунина. Письмо Бакунина к Нечаеву от 2 июня 1870 г. подтверждает, что он был близко знаком с ним во время написания «Катехизиса» — во время, когда он был в наибольшей степени под влиянием Нечаева — и, что чрезвычайно важно, «Катехизис» не вызывал сколько-нибудь значительного протеста со стороны Бакунина вплоть до его ссоры с Нечаевым, последовавшей годом позже.