В конце 1901 года он был арестован, но бежал из тюрьмы, перепилив оконную решетку. Не зная ни одного иностранного языка, сумел добраться до Лондона, где в то время находилась редакция «Искры». Там после шестилетнего перерыва снова встретился с Лениным.
«Много переговорено было там, много вопросов обсуждено совместно», — вспоминал Ленин лондонские встречи с Бабушкиным.
Из Лондона Бабушкин как агент «Искры» поехал в Россию, работал в Петербурге. Был арестован и после длительного тюремного заключения сослан на крайний север Якутии, в Верхоянск.
В 1905 году он был освобожден из ссылки и хотел уехать в Центральную Россию. Но в Сибири в это время кипела борьба. Бабушкин остался в Иркутске, с головой ушел в работу, выступал на собраниях, вел агитацию, участвовал в подготовке вооруженного восстания.
Сведения о работе Бабушкина в Сибири доходили до партии, до Ленина. А потом всякая связь оборвалась. Бабушкин пропал без вести.
В течение долгого времени ни жена, ни мать, ни самые близкие товарищи не знали, жив ли он и что с ним. И лишь пять лет спустя стала известна его трагическая судьба.
В ночь на 1 января 1906 года был арестован весь комитет Иркутской большевистской организации. Узнав об этом, Иван Васильевич Бабушкин, который был тогда в Чите, решил немедленно поехать в Иркутск, чтоб восстановить разгромленную партийную организацию. С ним было пять товарищей. На станции Слюдянка, Кругобайкальской железной дороги, они были настигнуты карательной экспедицией генерала Рененкампфа, направленной в Сибирь на подавление революции. Тут же все шестеро без суда были расстреляны на краю наскоро вырытой могилы. Бабушкин и его товарищи отказались назвать свои имена и сошли в могилу как «неизвестные». Очевидцы расстрела — солдаты и железнодорожники — потом рассказывали, что все они умерли как герои.
В глубоко прочувствованном некрологе, посвященном памяти Ивана Васильевича Бабушкина, Ленин писал:
«Без таких людей русский народ остался бы навсегда народом рабов, народом холопов. С такими людьми русский народ завоюет себе полное освобождение от всякой эксплуатации».
Таков был один из молодой рати «искровцев», которая, несмотря на громадные провалы и аресты, со все большей энергией и размахом разворачивала работу по завоеванию масс и подготовке II съезда партии.
Неравный бой выиграл не Лопухин, а Ленин, не царизм, а революция…
Никто не помог Лопухину: ни жандармы и охранка, ни шпики и провокаторы, ни «внешние наблюдатели» и «внутренние осведомители».
По тщательно продуманному Лениным плану большинство делегатов съезда переходило границу нелегально. Департамент полиции так и не уследил за тем, как несколько десятков крупных партийных работников, большей частью находившихся на учете охранного отделения, уехали за границу. Не сумел департамент полиции проследить, как таким же контрабандным порядком они после съезда вернулись в Россию.
На протяжении каких-нибудь двух лет работа, начатая отдельными ручейками, вопреки всем препятствиям, поставленным на ее пути силами царского самодержавия, постепенно приобрела единый, централизованный характер.
II съезд партии был созван. Он состоялся в 1903 году. На нем была создана большевистская партия.
Партия рождалась в тяжелых муках, в боях, в идейной борьбе. Во время II съезда произошло несколько отколов и расколов.
Большинство съезда было с Лениным. «Душой съезда являлся Ульянов, — сообщали Лопухину его осведомители. — Он выработал порядок занятий съезда, новый устав партии и вообще имел решающее влияние в принимавшихся резолюциях».
Те, кто остались на съезде в меньшинстве, отныне стали называться меньшевиками, а «твердые искровцы» — большевиками.
В сонете, обращенном к Ленину, Г. М. Кржижановский писал:
На другой день после закрытия II съезда партии делегаты съезда — большевики пошли вместе с Лениным и Плехановым на Хайгетское кладбище, чтобы возложить цветы на могилу Карла Маркса.