Траление велось систематически, на всех фарватерах. Оно осуществлялось пятью дивизионами тральщиков, тремя дивизионами катерных тральщиков, дивизионом магнитных тральщиков с постоянным базированием в Кронштадте. Им удавалось поддерживать коммуникации в состоянии, которое позволяло боевым кораблям и судам ходить без происшествий.
В последних числах сентября бои на Ленинградском фронте приняли местный характер. Фашисты выдохлись.
Новый немецкий план, рожденный военными неудачами, заключался в том, чтобы создать двойное кольцо окружения, полностью изолировать Ленинград, задушить его в тисках голода. Положение блокированного Ленинграда, его населения, войск фронта и флота было действительно тяжелым. Подвоз продовольствия, боеприпасов, топлива и сырья для промышленности резко сократился. Имеющиеся в городе запасы подходили к концу. Но никто из руководителей обороны не допускал и мысли о том, что Ленинград может быть уничтожен.
Поздней осенью 1941 года в Смольном собрался партийный актив города. Выступивший с речью А. А. Жданов доложил обстановку. Он говорил, что за частоколом фашистских пушек, обстреливающих Ленинград, видно начало крушения мощи германской армии. Вместе с тем А. А. Жданов предупреждал, что население должно знать о надвигающихся бедствиях, которых в течение некоторого времени не удастся избежать.
Трудящиеся делом отвечали на призыв партийной организации. Несмотря на то что не хватало продовольствия, топлива, жизнеспособность города оставалась высокой. Даже в условиях окружения промышленность Ленинграда изготовила и переправила самолетами на другие фронты тысячи орудий и минометов, огромное количество средств связи.
Не теряя времени, командование фронта принимало энергичные меры для углубления обороны на важнейших направлениях, накапливало резервы. На случай если враг предпримет новый штурм, было принято решение о строительстве оборонительных сооружений и рубежей внутри города.
Флот тоже использовал затишье на фронте. С согласия народного комиссара ВМФ мы создали в Ленинграде военно-морскую базу со всеми ее функциями. Командиром базы был назначен контрадмирал Ю. А. Пантелеев, который неоднократно просил перевести его со штабной работы на командную. И в этой обстановке, когда вся ответственность за выполнение конкретных задач легла на него как на единоначальника, проявились лучшие качества Ю. А. Пантелеева. Начальником штаба флота вместо него был назначен контрадмирал Ю. Ф. Ралль. Юрий Федорович всегда глубоко продумывал задачи флота, объективно оценивал условия, в которых ему приходилось вести боевые действия, и предлагал правильные решения. В короткий срок Ралль сумел перестроить работу штаба, добился от каждого офицера более глубокого понимания создавшейся обстановки и критической оценки положения дел в соединениях и частях.
Начальником штаба Ленинградской военно-морской базы назначили контр-адмирала В. П. Петровского, военкомом - опытного боевого бригадного комиссара А. А. Матушкина, начальником политотдела - полкового комиссара И. М. Малышева. А. А. Матушкин прекрасно показал себя в боях за Таллин, всегда стремился находиться там, где было труднее, и теперь почти все свое время проводил в частях и на кораблях базы. Его можно было видеть на плацдарме у Невской Дубровки, огневых позициях железнодорожных батарей, кораблях у Ивановских порогов.
Командованию базы предстояло прежде всего установить тесную связь с командующими 42, 55 и 8-й армиями, Невской оперативной группой - поддержка этих соединений была ее главной задачей.
Принимались меры по улучшению организации ремонта кораблей. В этот период окончательно оформилось управление начальника артиллерии флота. Оно подчинялось Военному совету флота, на который была возложена ответственность за правильное использование морской артиллерии. Начальником управления оставался контр-адмирал И. И. Грен.
Штаб артиллерии фронта и управление начальника артиллерии флота разработали совместный план борьбы с батареями противника, обстреливавшими город. Между КП артиллерии фронта, флота, армий установили прямую связь. Наличие же оборудованных на топографической основе огневых позиций кораблей и батарей, сети наблюдательно-корректировочных постов, усиление техническими средствами разведки и корректировки огня повышали эффективность стрельб артиллерии флота по наземным целям противника.
Улучшили также управление железнодорожной артиллерией. В начале войны на флоте было пять отдельных мощных железнодорожных батарей, созданных советской промышленностью и обладавших маневренностью и высокими тактико-техническими данными, значительно превосходящими подобные образцы иностранных установок.
С началом боевых действий на дальних подступах к Ленинграду интенсивно действовали новые отдельные железнодорожные батареи, к осени их было в составе флота несколько десятков. Остро встал вопрос об их подчинении единому командованию.
В конце 1941 года все железнодорожные батареи вывели из подчинения общевойсковых командиров. Приказом народного комиссара ВМФ было создано крупное соединение флота - 101-я морская железнодорожная артиллерийская бригада. Ее командиром стал опытный артиллерист, участник боев на Ханко генерал-майор Иван Николаевич Дмитриев, военкомом - полковой комиссар Григорий Макарович Яичников, начальником штаба - подполковник Н. С. Кузьмин, начальником артиллерии - майор С. С. Кобец. В составе бригады было 28 батарей из 63 орудий, их свели в семь артиллерийских дивизионов.
В тяжелых боях соединение железнодорожной артиллерии флота показало свою мощь. Десятки тысяч снарядов крупного калибра были посланы на головы фашистов. Некоторые организационные мероприятия были проведены в отношении флотской авиации. Генерала М. И. Самохина оперативно подчинили командующему авиацией фронта генералу С. Д. Рыбальченко. В Новой Ладоге создали оборудованный командный пункт авиации, на который возложили прикрытие коммуникаций на Ладоге и пунктов разгрузки в Гостинополье. Для ударов по кораблям в море была создана специальная группа самолетов-бомбардировщиков под командованием полковника Е. Н. Преображенского. Это был резерв командующего флотом на случай появления кораблей противника в море.
Несмотря на признаки затухания наступления вражеских войск, никто из нас не думал, что противник откажется хотя бы временно от захвата города.
Именно в эти дни командующий фронтом генерал армии Г. К. Жуков решил организовать наступление 42-й и 8-й армий в направлении Урицк, Новый Петергоф с одновременной высадкой тактических десантов на южное побережье Невской губы. Приказ готовить десанты был отдан как раз в это время. Ударив по тылам, они должны были нарушить управление вражескими войсками и тем самым содействовать нашим армиям в изгнании противника с южного побережья Невской губы.
В конце сентября начальник штаба флота контр-адмирал Ю. Ф. Ралль был вызван к Г. К. Жукову для доклада о возможности высадки десанта в районе Петергофа. Ю. Ф. Ралль высказался за высадку десанта только при поддержке артиллерии. Командующий фронтом не согласился с ним, мотивируя тем, что предварительная обработка плацдарма высадки демаскирует десант.
Через несколько дней командующий войсками фронта генерал Г. К. Жуков вызвал командира Ленинградской военно-морской базы контр-адмирала Ю. А. Пантелеева и приказал ему высадить внезапно в тыл врага роту морских пехотинцев из 6-й бригады, занимавшей участок под Урицком. Рота должна была нанести удар по тылам врага, поддержав наступление войск 42-й армии. Мы немедля приступили к выполнению поставленной комфронтом задачи, начали срочно готовить людей и высадочные средства. Но так как войска 42-й и особенно 8-й армии, находящейся на ораниенбаумском плацдарме, были сильно обескровлены, то наступление успеха не имело. Высаженные в Петергофе и Стрельне десантники с малыми потерями продвигались в глубину прибрежной полосы, пытаясь развить наступление, однако, не получив поддержки сухопутных войск, попали в тяжелое положение.
В ночь на 3 октября катера охраны водного района Ленинградской военно-морской базы под руководством контр-адмирала Ю. А. Пантелеева высадили восточнее стрельнинского завода "Пишмаш" усиленную роту из состава той же 6-й бригады морской пехоты. Десант благополучно был доставлен на вражеский берег, углубился на захваченную территорию; позже он попал в окружение, часть десантников погибла.