С первых же дней войны «Аметист» был возвращен флоту и активно включился в боевые действия на Балтике, эскортируя минно-заградительные операции и занимаясь проводкой транспортов. К этому времени корабль был вооружён тремя 45-мм орудиями, мог принимать на палубу мины и глубинные бомбы.
25 июня 1941 года, получив сообщение с поста СНиС на мысе Юминда об обнаружении неизвестной подводной лодки, находящийся неподалеку «Аметист» направился полным ходом в указанный район. Около половины третьего ночи сигнальщик сторожевика Куимов заметил перископ на курсовом угле 30 градусов левого борта. Капитан-лейтенант Сукач повел корабль в атаку. По команде с мостика старшина 1-й статьи Косарев и матрос Пашкевич сбросили большую серию глубинных бомб. На поверхности моря образовались воздушные пузыри и всасывающая воронка. Находившиеся на мостике слышали характерный металлический звук подводного удара. Развернувшись «Аметист» сбросил ещё серию глубинных бомб. На воде появились маслянистые и ржавые пятна. В течение пяти часов сторожевик патрулировал в этом районе сначала один, а потом вместе с вызванным на подмогу катером «МО-229», но никаких новых признаков наличия в этом районе подводной лодки обнаружить не удалось.
Затем «Аметист» участвовал в сложных и опасных операциях, сопровождая знаменитый колесный минный заградитель «Суроп», ставивший мины в устье Финского залива и к югу от о. Бенгтшер, обстреливал занятое противником побережье и отчаянно сражался с призраками немецких подводных лодок, когда искусственно раздутая противолодочная истерия заставляла принимать за перископ любое плавающее бревно или бочку.
23 августа «Аметист» получил задание снять личный состав поста СНиС и погранзаставу в районе мыса Ихасамуниеми, которые уже были отрезаны противником. Немцы встретили «Аметист» на подходе к берегу пулемётным огнем. Ответным огнем своих трёх «сорокапяток» «Аметист» уничтожил три пулемётных точки противника на берегу, снял людей и поспешил обратно в Таллинн. Изношенные машины старого немецкого миноносца с трудом развивали скорость 18 узлов. На отходе «Аметист» настигла авиация противника. Тройка «юнкерсов» не поленилась сбросить на маленький сторожевик 8 тяжёлых бомб, одна из которых взорвалась в каких-нибудь 10 метрах от борта. «Аметист» подбросило в воде и положило на борт, засыпав осколками. При этом вышла из строя половина антикварного набора питательных и циркуляционных насосов, обслуживающих старую немецкую турбину.
Доковыляв до Таллинна, капитан-лейтенант Сукач узнал, что ему предстоит эскортировать 1-й конвой, а до этого ещё ставить перед уходом мины во внутренних гаванях Таллинна. Механики, вдохновляемые военкомом с замечательной для его профессии фамилией Комиссаров, делали всё, чтобы старая машина позволила сторожевику сражаться со своими бывшими создателями — немцами.
Сменивший за четверть века службы три флага — немецкий, эстонский и советский — и три имени, сторожевик «Аметист» готовился к прорыву в Кронштадт.
Франтоватый, насмешливый и энергичный капитан-лейтенант Александр Сукач, перешедший в КБФ вместе с «Аметистом» из морской погранохраны, привык к своему старому сторожевику и был уверен в нём.
Беспокоила машина, но она беспокоила его с первых дней войны. Главным образом, из-за отсутствия антикварных запчастей. Каждую гайку приходилось вытачивать по индивидуальному заказу.
02:55
Капитан 2-го ранга Цобель — командир сетевого заградителя «Азимут» — также находился со своим судном ещё в Минной гавани.
Капитан 2-го ранга Цобель был старым, опытным и образованным моряком. Был он даже капитаном 1-го ранга, занимая командные должности в штабе флота и эскадры, одно время считаясь кандидатом в адмиралы.
Цобеля губило, как и многих, пристрастие к спиртному. На флоте трудно найти вообще непьющего человека. Сама сущность морской службы, требующая особенно от комсостава постоянного нервного напряжения, диктует необходимость какого-то средства, позволяющего расслабиться в редкие минуты досуга. На всех флотах мира этим средством являлось спиртное, будь то ром, шнапс, саке или водка. Знаменитая дореволюционная чарка была отменена после 1917 года, но не только не улучшила положения с потреблением спиртного на флоте, но ещё больше это положение усугубила. Однако и в царское, и в советское время с одинаковой строгостью действовало одно и то же правило: пристрастие к спиртному никак не должно было влиять на выполнение моряком положенных ему обязанностей. Если это правило соблюдалось, то на эту «слабость» почти всегда смотрели сквозь пальцы, если же нет, то, естественно, принимались меры карательного характера.