1 ноября 1941 года на мине погибла подводная лодка «Калев» капитан-лейтенанта Нырова. Это был первый поход лодки после Таллиннского перехода.
14 ноября 1941 года при переходе на Ханко подорвалась на мине и погибла подводная лодка «М-98» капитан-лейтенанта Беззубикова.
15 июня 1942 года у острова Гогланд на мине погибла подводная лодка «М-95» капитан-лейтенанта Фёдорова.
27 октября 1942 года торпедой с финской подводной лодки «Ику-Турсо» была потоплена в районе острова Уте возвращающаяся из боевого похода подводная лодка «Щ-308» капитан-лейтенанта Маркелова.
В ночь с 6 на 7 января 1945 года немецкий миноносец «Т-33» таранил и потопил в Данцигской бухте подводную лодку «С-4» капитан-лейтенанта Абросимова.
Подводная лодка «Лембит», которой позднее командовал капитан-лейтенант Матиясевич, была сохранена в Таллинне как корабль-памятник (ныне Эстонского флота). Капитан 1-го ранга в отставке Матиясевич, автор интересных мемуаров, умер в 1994 году.
Пережили войну подводные лодки «М-79» и «М-102» и были разобраны вскоре после войны.
Наибольшей военной славы достигла подводная лодка «Щ-307» капитан-лейтенанта Петрова. В дополнение к потопленной ещё 10 августа 1941 года немецкой подводной лодке «U-144» «Щ-307», в ходе войны потопила пять транспортов и один танкер противника. 6 марта 1945 года лодка стала Краснознамённой. При разборке лодки в Кронштадте в 1960 году с неё была снята рубка и установлена в качестве мемориала (вместе с рубкой подводной лодки «Л-3») у штаба бригады подводных лодок в Либаве. После распада СССР эти мемориалы были перевезены в Кронштадт.
Коротка оказалась жизнь и тральщика «Патрон» (Т-203), который возил авиабомбы на остров Эзель и столь активно участвовал в Таллиннском переходе. 25 октября 1941 года он погиб, подорвавшись на мине.
Но его доблестный командир старший лейтенант Ефимов уцелел в войне и недавно ушёл из жизни, будучи капитаном 1-го ранга в отставке.
Но что символично, уцелел в войне тральщик «Шпиль» (Т-207), шедший впереди всех в Таллиннском переходе. Он находился в строю до 1956 года. Пережил войну и его командир старший лейтенант Дебелов, ныне тоже уже, к сожалению, ушедший из жизни.
Из оставшихся тральщиков, принимавших участие в прорыве, наиболее известны «Гафель» и «Гак». Первый — своими военными достижениями, второй — своей необычной судьбой.
«Гафель» только за первые шесть месяцев войны совершил 70 боевых походов, пройдя 11 670 миль, вытралив 30 мин. При эвакуации Ханко он перевез 2815 человек (из них 1040 было снято с погибающих кораблей и судов). 3 апреля 1942 года получил гвардейское звание.
«Гак» известен тем, что три раза подрывался на минах, тонул, но неизменно возвращался в строй, служа в составе флота до 1961 года.
Что касается главного объекта Таллиннского перехода крейсера «Киров», на спасение которого были привлечены основные силы флота и половина имеющихся в наличии тральщиков, то его судьба общеизвестна. Всю войну «Киров», как впрочем и все остальные крупные корабли КБФ, простоял в Неве, притыкаясь то к правому берегу, то к левому, иногда выше, иногда ниже моста Лейтенанта Шмидта.
Корабль использовался в режиме плавбатареи. В апреле 1942 года «Киров» был тяжело повреждён авиацией противника (погибло более семидесяти человек). В конце войны прошёл капремонт, после которого первый раз вышел в море и подорвался на мине.
Пока происходили все эти события, неугомонный комиссар Лебедев состряпал дело «О попытке сдать крейсер «Киров» в руки немцев». По этому делу были арестованы в декабре 1941 года военком «Кирова» капитан 3-го ранга Столяров и редактор корабельной многотиражки Абрамович-Блэк. Видимо, подоплёкой дела послужило то, что оба осмелились вслух протестовать против намерения командования взорвать крейсер и убеждали себя и других, что можно совершить попытку прорыва в Швецию. В результате Абрамович-Блэк был расстрелян, а Столяров освобождён. Заросший бородой он появился у трапа «Кирова» весной 1942 года.
Новый военком крейсера капитан 3-го ранга Воспитанный приказал не пускать Столярова на борт. Столяров упросил, чтобы его пустили на корабль постричься и побриться. Это ему было позволено, после чего бывший комиссар был направлен в распоряжение Управления кадров ВМФ в Москве. Там его повстречал военный корреспондент Рудный, записавший в своём дневнике:
«В гостинице встретил Володю Столярова, облысевшего и исхудавшего до неузнаваемости. Рассказывает: «Сидел пятьдесят шесть дней на арестантском пайке. Реабилитирован. От обязанностей военкома крейсера «Киров» освобожден. За что пострадал? За Абрамовича-Блэка. Писатель делал крейсерскую газету. В ноябре запил, дезертировал, был обнаружен и отдан под трибунал. Выгораживая себя, топил меня. Сочинял невероятное, вплоть до того, что будто бы я готовился сдать корабль немцам. Началось следствие. Правда восторжествовала. Абрамовича нет. Я буду воевать.»