На вооружении большинства кораблей в качестве зенитных орудий находились уже устаревшие и малоэффективные 45-мм полуавтоматы. Новые скорострельные 37-мм автоматические пушки только начали поступать на флот. До начала войны их успели установить только на линкоры и на достраивающиеся эсминцы.
На советских кораблях отсутствовали современные приборы обнаружения противника — радиолокационные и гидроакустические станции.
Корабельный состав флота, особенно надводного, являлся весьма молодым. Так, крейсер «Максим Горький» вступил в строй в самом конце 1940 г. Из 14 находившихся в строю новых эсминцев только 5 вступили в строй до 1939 г., из числа остальных 4 — в мае 1941 г., 3 — в июне, 2 — в первые дни войны. К началу войны соединения кораблей только приступили к огневой подготовке и сколачиванию подразделений кораблей для совместных боевых действий.
Имелись пробелы в боевой, тактической и оперативной подготовке флота и отдельных соединений. Были недостаточно отработаны тактическое взаимодействие разнородных сил, новые способы и приемы войны на море. В частности, не практиковалось совместное плавание боевых кораблей с тральщиками, особенно в ночное время. Не изучались способы стрельбы но скоростным и особенно пикирующим самолетам.
Зенитные батареи в своем большинстве имели на вооружении 76-мм орудия образца 1931 г., перед самой войной стали поступать 85-мм обр. 1938 г., имелись пулеметы М-4 (счетверенный «максим»), но эффективность их была незначительна. Не было отработано безошибочное опознавание самолетов, не была освоена стрельба по пикирующим самолетам, хотя этот способ немецкие летчики применяли с самого начала Второй мировой войны — с сентября 1939 г.
Авиация ВВС КБФ базировалась на аэродромах, расположенных от Либавы и Ханко до Новой Ладоги, но в основном в районе Ленинграда. К началу войны на западных аэродромах было сосредоточено около 20 процентов общего состава авиации. Такая вынужденная дислокация ВВС привела к тому, что корабли, действовавшие в Рижском заливе, не имели авиационного прикрытия.
Не было закончено навигационное оборудование театра, особенно в новых районах, прилегающих к территориям Эстонской и Латвийской республик. К примеру, пролив Муху-Вейн, соединяющий Финский залив и Моонзунд, до войны изучен не был, и даже эсминцы до войны там не плавали.
Даже в Главной базе флота не было флагманского командного пункта, из которого можно было бы осуществлять боевое управление флотом, и который имел бы надлежащую живучесть и неуязвимость, мог бы выдержать попадания бомб и тяжелых снарядов.
После начала войны ВВС КБФ начали получать задачи из трех источников: штаба ВВС Северного фронта, командования КБФ и командования 8-й армии. ВВС флота со все возрастающей интенсивностью привлекались для действий на сухопутном фронте.
Обеспеченность КБФ основными видами вооружения и материально-технического снабжения не соответствовало задачам и дислокации флота. Так, наибольшее количество мин оказалось сосредоточено в Риге и Выборге, а не в Таллине, где базировались минные заградители и откуда планировалось создавать основную минно-артиллерийскую позицию. В главной базе совсем отсутствовали новые мины типа КБ.
Запасы топлива на складах флота обеспечивали потребность флота мазутом на 40 суток, соляром — на 50, бензином — 30 — 50, маслом всех марок — 45, углем — 50. Но непродуманное распределение боеприпасов и топлива но пунктам базирования очень затруднило деятельность КБФ в начале войны. Наличие емкостей жидкого топлива в Таллине, Риге, Ханко совершенно не обеспечивало потребностей базировавшихся там кораблей. В самой западной, расположенной возле границы Либаве к началу войны было сосредоточено около 12 тыс. т жидкого топлива и смазочных масел и более 23 тыс. т угля, в то время как в Таллине практически не было соляра. В то же время в Либаве к началу войны имелся только один боекомплект для артиллерии береговой обороны. Почти все запасы, завезенные в Либаву, попали в руки противника.
Летом 1940 г., разгромив Францию, Германия начала подготовку к нападению на СССР. Немецкий Генеральный штаб приступил к разработке плана очередной военной кампании — похода против Советского Союза, 18 декабря 1940 г. Гитлер утвердил директиву № 21, получившую условное название «План Барбаросса».