На переходе в пролив Хари-Курк сигнальщики «Максима Горького» трижды обнаруживали подводные лодки. Каждый раз корабль выполнял маневр уклонения от возможных атак и открывал огонь из 100-мм и 45-мм орудий. В 8.30 корабль, сопровождаемый эсминцем «Стерегущий», подошел к юго-западной оконечности острова Вормси в проливе Хари-Курк. Но крейсер не мог встать на якорь, т.к. становые затонули вместе с носовой оконечностью, а кормовой стоп-анкер был потерян в результате сотрясения от взрыва. Чтобы корабль не вынесло течением на камни, его приткнули носом к мели и приняли балласт в носовые отсеки. Корабль сел на грунт носовой частью, с таким расчетом, чтобы винты и руль оставались на глубине, даже если корабль развернет течением
В 12.40 к поврежденному крейсеру подошел лидер «Минск» под флагом командующего эскадрой. Д.Д. Вдовиченко осмотрел повреждения крейсера. Выяснив его состояние и определив необходимые мероприятия для его дальнейшего перехода, контр-адмирал убыл в Таллин. Лидер «Ленинград» в это время в маневрировал в дозоре в районе Штапельботонского буя, а затем присоединился к «Минску». По приказанию комфлота для оказания помощи крейсеру был сформирован отряд кораблей под командованием командира ОВРа главной базы капитана 2-го ранга А.А. Милешкина (флаг на Т-208 «Шкив»): дивизион БТЩ («Шкив», «Штаг», «Крамбол» и Т-218), эсминцы «Артем» и «Володарский», пять катеров МО, спасательное судно «Нептун» и гидрографическое судно «Лоод».
В 21.15 сигнальщики крейсера обнаружили подводную лодку, и правая 100-мм батарея дала по ней два залпа. В 21.35 из Таллина пришли дивизион БТЩ, буксир «Зарница» и вспомогательное судно «Кама». На «Каму» выгрузили 1200 180-мм полузарядов из погребов 1-й и 2-й башен и шесть боевых зарядных отделений торпед.
В 7.35 24 июня пришли эсминцы «Артем» и «Володарский». К 8 часам на разрушенную часть носовой оконечности крейсера был надет пластырь. Перед переборкой 61-го шп. сооружен деревянный барьер для защиты ее от ударов волн. Из бревен, пластыря и парусины был сооружен фальшнос для уменьшения сопротивления. В 9.00 подошло спасательное судно «Нептун» и приняло буксирный трос с кормы крейсера, а буксир «Зарница» — носовой буксирный трос. Из носовых отсеков откачали воду и, в 9.44 корабль сошел с мели. В 9.53 крейсер отдал кормовой буксир, а в 10.09 начал движение своим ходом. Весь караван двинулся в путь, головным шел Т-208, за ним строем уступа влево еще три БТЩ, затем «Стерегущий», «Артем», «Володарский», концевыми шли крейсер и спасательное судно.
В 11.58 у банки Лайне головной Т-208 подорвался на магнитной мине и быстро затонул. На нем погибли командир ОВРа, командир дивизиона БТЩ и все документы на переход. После гибели тральщика крейсер отработал назад и начал разворачиваться на обратный курс при помощи своих машин. В 14.20 отряд вернулся к острову Вормси. Чтобы крейсер держался в проливе, с него подали буксир на спасательное судно «Нептун», которое встало на якорь.
Однако оставаться там тоже было нельзя, т.к. над кораблями летали вражеские разведчики. В 18.00 при помощи спасательного судна «Максим Горький» начал разворачиваться для выхода из пролива, в 18.12 он отдал буксир и пошел самостоятельно. И.Г. Святов повел крейсер не по фарватеру, а вблизи берега по малым глубинам, имея под килем не более 1,5 м воды. Головным шел Т-218, за ним остальные тральщики, за тральщиками «Артем», в кильватер ему «Максим Горький», справа от крейсера — «Стерегущий», три ТКЛ и два МО, слева — «Володарский», а также три ТКА и два МО.
25 июня в 1.50 отряд прибыл на Таллинский рейд. Три буксира повели крейсер в Купеческую гавань, и он ошвартовался у Северного мола. После тщательного обследования повреждений офицеры техотдела флота подтвердили, что крейсер может идти в Кронштадт. Было решено вести его по прибрежному фарватеру. 27 июня в 2.16 крейсер в охранении трех эсминцев и катеров МО вышел за тралами шести БТЩ, шедших в строю двойного уступа. На переходе тральщики подсекли 4 мины, из Нарвского залива в Лужскую губу отряд прошел через сложный пролив Хайлода, где до войны не проходил ни один крупный корабль.
В 18.30 «Максим Горький» пришел на Большой кронштадтский рейд. При переходе из Таллина в Кронштадт он развивал до 13 — 14 узлов, с большей скоростью идти было опасно, так как от напора воды могла разрушиться переборка 61-го шп.
В тот же день корабль поставили в док. На Балтийском заводе, где строился крейсер, срочно изготовили новую носовую оконечность, которую затем присоединили к корпусу. Весь ремонт занял 43 дня вместо трех месяцев. Одновременно было значительно усилено зенитное вооружение корабля.
Между тем минные постановки продолжались. 25 июня из Таллина вышли «Марти», «Урал», «Ленинград», «Минск», «Карл Маркс», сторожевой корабль «Буря» в сопровождении трех БТЩ, торпедных катеров и малых охотников, с воздуха прикрывали МБР-2. Эсминец «Суровый» под флагом командующего эскадрой шел в дозоре впереди отряда. Корабли продолжили минную линию, выставленную 23 июня.