Фактически эта база начала формироваться с середины июня 1941 г. В состав Прибалтийской военно-морской базы должны были войти Либавская ВМБ и Береговая оборона Рижского залива. Таким образом, Прибалтийская ВМБ включала порты Лиепаю и Вентспилс, Рижский залив, южную часть Моонзунда и остров Сарема.
Приказ о создании Прибалтийской ВМБ был подписан народным комиссаром ВМФ 21 июня, т.е. за один день до начала войны. Поэтому с началом войны она оказалась не в состоянии обеспечить базирование на нее кораблей передового отряда КБФ и управление авиацией и береговой артиллерией.
До начала войны из Либавы в Усть-Двинск были переведены: отряд легких сил в составе крейсеров «Киров», «Максим Горький» и двух дивизионов эскадренных миноносцев: «Гневный», «Гордый», «Грозящий», «Стерегущий» и «Сметливый» — 1-й дивизион; «Стойкий», «Сильный», «Сердитый» и «Сторожевой» — 2-й дивизион.
1 -я бригада подводных лодок в составе двух дивизионов (семь лодок тина «С»), эсминца «Энгельс» и плавучих баз «Иртыш» и «Смольный». Остальные 15 лодок бригады находились в Либаве.
Отряд торпедных катеров (6 единиц). Три тихоходных тральщика (бывших латвийских — «Вирсайтис», «Вистурс» и «Иманта»).
В распоряжении командира Прибалтийской военно-морской базы не было быстроходных тральщиков, столь необходимых для обеспечения деятельности ОЛСа, сторожевых кораблей и малых охотников, а также вспомогательных кораблей.
Большая часть кораблей отряда легких сил перешла в Рижский залив, не имея полного запаса топлива. Прием топлива мог производиться только в Риге в гавани Мильгравис, которая не была полностью для этого оборудована, и в ней могли одновременно принимать топливо не более двух эсминцев.
Для прикрытия кораблей в Усть-Двинске и островов Моонзундского архипелага необходимо было создать сильную противовоздушную оборону Рижского залива и Моонзунда. Острова Сарема и Хиума занимают очень выгодную позицию для эшелонированного расположения средств ПВО и базирования истребителей. Планировалось к 1942 г. иметь на островах три полка зенитной артиллерии.
К началу войны на островах и побережье Рижского залива было установлено всего 10 зенитных батарей, из них в Усть-Двинске — две. Такое число зенитных батарей не обеспечивало противовоздушной обороны кораблей. К началу войны в Риге и Либаве базировались отдельные эскадрильи гидросамолетов. Часть самолетов-истребителей 13-го и 71-го авиаполков базировались на аэродромах Таллина и Ханко. На аэродроме в Пярну находились бомбардировщики 73-го полка
Таким образом, Прибалтийская и Либавская военно-морские базы, а также корабли, действующие в Балтийском море, Рижском заливе и в районе островов Моонзундского архипелага, не имели истребительного прикрытия.
Острова Моондзундского архипелага — Сарема (Эзель), Хиума (Даго), Муху (Моон) и Вормси и большое число мелких островов — расположены у западного побережья Эстонии на стыке вод центральной части Балтийского моря с водами Финского и Рижского заливов.
Выгодное военно-географическое положение Моонзундских островов определяет их значение для обороны входов в Финский и Рижский заливы и обеспечения активных действий в Балтийском море. Поэтому после начала Первой мировой войны Моонзунд использовался как район базирования миноносцев и подводных лодок. Именно здесь, в Моонзундс и Рижском заливе, развернулись самые ожесточенные бои между русским и германским флотом в годы Первой мировой войны.
Командованием КБФ район Моонзундских островов предполагалось использовать как базу для легких сил флота, он был удобен для базирования кораблей до крейсеров включительно. С этой целью в Рохукюля было начато строительство маневренной базы. В феврале 1941 г. был произведен промер и обвеховывание Моонзунда и написано наставление для плавания проливами Соэла-Вяйн и Муху-Вяйн, а также намечены дноуглубительные работы. В качестве маневренных баз могли быть использованы также порты Пярну и Курессааре. Силы, базирующиеся па порты Моонзундского архипелага и Рижского залива, могли выходить в Балтийское море через проливы Ирбенский и Соэла-Вяйн.
Однако до начала войны ничего сделано не было. Если бы часть средств, вложенных в Либаву и Ригу, были направлены в Моонзунд, события в Рижском заливе могли развиваться по другому сценарию
Береговая оборона Моонзундских островов и Рижского залива строилась с расчетом на взаимодействие с береговой обороной военно-морских баз Ханко и Либава и прикрытие минных рубежей в устье Финского залива и в Ирбенском проливе.