Строительство батарей на Моонзундских островах началось с весны 1940 г., и было рассчитано до 1944 г. и шло усиленными темпами. Так, например, 180-мм башенная батарея на полуострове Сырве (мыс Церель), защищавшая вход в Ирбенский пролив, была построена менее чем за год.
Вся береговая оборона Моонзундских островов и острова Осмуссар входила в одно соединение — Береговую оборону Балтийского района (БОБР).
За полтора года КБФ сумел создать значительную по силе систему береговой обороны в устье Финского залива, на Моонзундских островах и в Ирбенском проливе.
Предполагалось также в 1942 г. на островах Сарема и Хиума оборудовать аэродромы для базирования торпедоносной, бомбардировочной и истребительной авиации. Выгодное стратегическое расположение островов на театре позволяло тяжелой минно-торпедной авиации действовать с их аэродромов на всем Балтийском море вплоть до проливной зоны. К началу войны строительство аэродромов находилось в полном разгаре
Сухопутная оборона островов периодически переходила из ведения НКВМФ в ведение НКО. Такое неопределенное положение мешало созданию обороны, вносило неясность в вопросы управления и организации взаимодействия. С декабря 1940 г. оборона островов Хиума и Вормси была возложена на Ленинградский военный округ, а Сарема и Муху — на Прибалтийский. К строительству инженерных сооружений на островах части Красной Армии приступили только в мае 1941 г.
Ожидая нападения немецких надводных кораблей на Либаву и побережье, с утра 22 июня на подходах к базе были развернуты на позициях четыре подводные лодки — М-79, М-81, М-83 и Л-3, к Клайпеде была выслана С-4. Для действий в южной и средней части Балтийского моря 23 июня были направлены подводные лодки С-6, С-10, Щ-309,Щ-310иЩ-311.
В Ирбенском проливе были выставлены два дозора. К западу от линии полуостров Сырве — маяк Овиши несла дозор подводная лодка С-7, к востоку от этой линии — эсминец «Грозящий».
В 14 часов 22 июня была начата постановка мин у Либавы, БТЩ «фугас» поставил в 10 милях к западу от Либавы 206 мин.
Военно-морская база Либава (командир капитан 1-го ранга М.С. Клевенский), расположенная близко от границы, первая приняла на себя удар немецко-фашистских войск. Приморская группировка войск противника — усиленная 291-я дивизия, имеющая в своем распоряжении значительное количество артиллерии и танков, и поддерживаемая авиационной группой, наступавшая из района Клайпеды вдоль побережья на Либаву, около 8 часов заняла Палашу и к 12 часам 22 июня подошла к Руцава (40 км к югу от Либавы), где занимала оборону 67-я стрелковая дивизия. Па этом рубеже все атаки немцев были отбиты и продвижение их на север было остановлено. Ночью противник пытался прорваться в город с юго-востока, но был отбит.
Ввиду того, что противник подошел к Либаве, командующий флотом вечером 22 июня приказал командиру Либавской ВМБ все корабли, не участвовавшие в боевых действиях, направить в порты Рижского залива. До 24 июня в Усть-Двинск и Пярну были отправлены шесть подводных лодок, пять транспортов и танкер «Железнодорожник», загруженный топливом. В Виндаву ушел БТЩ «Фугас». Переходы транспортов и боевых кораблей из-за отсутствия сил охранения совершались в одиночку без охранения. Подводные лодки С-3 и М-78 на переходе погибли. В Ригу ушла 18-я отдельная железнодорожная батарея.
Потерпев неудачу на южных подступах к Либаве, немецко-фашистские войска начали обходить город с востока и к вечеру 23 июня перерезали железную дорогу Либава — Рига.
Значительные потери в личном составе вынудили командира 67-й стрелковой дивизии сократить фронт обороны и отступить к городу, заняв внутренний рубеж обороны. Таким образом, 24 июня гарнизон Либавы оказался отрезанным от своих войск, но продолжал героически защищать город и базу.
Из состава гарнизона ВМБ были сформированы отряды моряков, которые приняли участие в боях за город. 24 июня отряды моряков несколько раз контратаковали противника в районе Гробиня. Эсминец «Ленин», подводные лодки С-1, М-71, М-80, «Ронис», «Спидола» стояли в ремонте на заводе «Тосмаре». Корабли не могли выйти в море. 24 июня около 18.00 противник начал атаку на восточном участке фронта, наши войска стали отходить к заводу «Тосмаре», возникла угроза захвата кораблей. Тогда командир «Ленина» капитан-лейтенант Ю.М. Афанасьев, как старший группы ремонтирующихся кораблей, приказал взорвать эсминец и подводные лодки. На них подняли сигнал «Погибаю, но не сдаюсь!». В ночь на 25 июня корабли были подорваны. Их экипажи влились в ряды защитников Либавы. Впоследствии за этот приказ, отданный без согласования с командиром базы М.С. Клевенским, Ю.М. Афанасьева расстреляли, обвинив в паникерстве.