Увеличение протяженности береговой черты, количество портов и рейдов, удаленность новых ВМБ на большом расстоянии друг от друга (Либава, Таллин, Ханко, Рига) и, в особенности от тыловой базы Кронштадта, для поддержания морских сообщений и рейдовой службы требовали наличия многочисленного вспомогательного флота. Но его не хватало даже до 1940 г., в условиях мирного времени. Например, нефтеналивных судов имелось всего четыре, водоналивных — два. Подавляющее число вспомогательных судов имело за плечами не один десяток лет службы. Нехватка вспомогательного флота приводила к перебоям в своевременном подвозе необходимых видов снабжения и ставила готовность соединений КБФ в зависимость от наличия свободного тоннажа. Между тем слабо развитая промышленность Прибалтийских республик, недостаточно развитая железнодорожная сеть, а также отсутствие возможности создавать в базах необходимые запасы (из-за отсутствия складов), начатое большое оборонительное строительство требовало постоянного и весьма оживленного морского сообщения между новыми базами и тылом КБФ.
ВМБ Ханко, но существу, имела связь с остальными базами только морским путем, т.к. железнодорожная связь была обусловлена специальным договором с Финляндией, и перевозки секретными быть не могли.
Большое увеличение протяженности морской границы требовало развертывания береговой обороны в новых районах базирования флота. Такие пункты, как Либава, Виндава, Ирбенский пролив, острова Моонзундского архипелага, Ханко, Биорке, совершенно не имели обороны с моря.
К началу войны программа строительства береговой обороны не была закончена. Ряд батарей заканчивался строительством в ходе войны. Круговая оборона островов и батарей, которая понадобилась во время войны, не была предусмотрена.
Важнейшим был вопрос о создании сухопутной обороны. Таким образом, хотя флот и получил выгодные позиции на Балтийском море и Финском заливе, эти позиции для действий флота оборудовать не успели.
По предвоенным документам оборона военно-морских баз с суши возлагалась на армию, а флот должен был решать эту задачу с моря и воздуха. Ни одна из военно-морских баз КБФ, кроме Ханко, не имела заранее подготовленной сухопутной обороны.
Сухопутная оборона района Либава — Рига была возложена Генеральным штабом на Прибалтийский особый военный округ. Но к началу войны у Либавы ничего реально создано не было. К строительству сухопутной обороны на островах Эзель и Даго ПрибОВО приступил только перед началом войны, но с началом ее было свернуто вследствие ухода частей ПрибОВО.
К летней кампании 1941 г. работа в указанных направлениях была в полном разгаре, но для завершения ее требовалось время — около двух лет. Таким образом, начало войны, даже без внезапного нападения противника, неизбежно ставило КБФ в невыгодные для него условия.
К началу Великой Отечественной войны КБФ являлся самым сильным из флотов Советского Союза Командующим КБФ в течение всей войны был вице-адмирал В.Ф. Трибуц; членами Военного совета дивизионный комиссар М.Г. Яковенко, Н.К. Смирнов, А.Д. Вербицкий; начальником штаба — контр-адмирал Ю.А. Пантелеев, с 29.9.41 — вице-адмирал Ю.Ф. Ралль.
В составе флота находились 2 линкора, 2 крейсера, 2 лидера, 19 эсминцев, 7 сторожевых кораблей, 34 тральщика, 4 надводных заградителя, 2 канонерские лодки, 63 торпедных катера, 65 подводных лодок, 26 малых охотников, 4 бронекатера, 9 катеров-тральщиков, 11 посыльных судов, 133 вспомогательных плавсредств.
Организационно в эти силы входили: эскадра кораблей (командующий контр-адмирал Д.А. Вдовиченко), включавшая линкоры «Марат», «Октябрьская Революция», 3-й, 4-й, 5-й дивизионы эсминцев, дивизион сторожевых кораблей;
Отряд легких сил (командир контр-адмирал В.П. Дрозд) в составе крейсеров «Киров» и «Максим Горький», 1-го, 2-го дивизиона эсминцев.
1-я бригада подводных лодок (капитан 1-го ранга Н.П. Египко) в составе 1, 2, 3 и 4-го дивизионов; 2-я бригада подводных лодок (капитан 2-го ранга А.Е. Орел) в составе 6, 7 и 8-го дивизионов; учебная бригада подводных лодок (контр-адмирал А.Т. Заостровцев); 1-я бригада торпедных катеров (капитан 2-го ранга B.C. Чероков) в составе 1-го и 2-го дивизионов, 2-я бригада торпедных катеров (капитан 2-го ранга В.А. Саламатин) в составе 3-го и 4-го дивизионов; шхерный отряд кораблей; отряд минных заградителей; отдельный учебный дивизион подводных лодок; отряд вновь строящихся кораблей.
Тральные силы КБФ — 1-й и 2-й дивизионы БТЩ, 3-й и 5-й дивизионы ТЩ, 2-й дивизион КАТЩ. 25 июля была сформирована бригада траления.