Удалось ли установить виновников терактов? Правоохранительные органы России считают их организаторами Хаттаба и Абу Умара, тесно связанных с Усамой бен Ладеном и «Аль — Каидой» (организация, запрещенная в РФ). Установлены, осуждены судом или убиты при задержании 17 предполагаемых исполнителей, большинство из которых были этническими карачаевцами, дагестанцами и арабами. Однако Хаттаб и Абу Умар никогда ответственности за взрывы не брали, а доказательства их связи с терактами скорее косвенные: один исполнитель возил в Москву взрывчатку по распоряжению Хаттаба, другой помнит, как в лагерь наемников привезли большое количество аммиачной селитры.
Другая версия утверждает, что взрывы домов организовали… российские спецслужбы. Они якобы работали на изменение общественного мнения, необходимого для начала новой войны в Чечне. Красноярский губернатор Александр Лебедь, подписывавший Хасавюртовский мир в качестве секретаря Совбеза, сказал в интервью: «Желая отомстить, любой из чеченских командиров стал бы взрывать командиров, нанес бы удар по силам МВД или ФСБ, или по армейским складам, или по ядерным центрам. Они не ополчились бы против простых, невинных людей. Искомая цель Кремля — начать массовый террор, дестабилизировать обстановку, сказать в какой — то момент: «Ты не должен идти на избирательный участок, поскольку есть риск быть взорванным вместе с избирательными урнами. Я полагаю, что есть соглашение с Басаевым, тем более что Басаев — бывший информатор КГБ».
Версию о причастности российских властей к взрывам домов отстаивает бывший корреспондент Financial Times в Москве Дэвид Сэттер в своей книге «Тьма на рассвете: взлет российского уголовного государства». Главный научный советник британского правительства Дэвид Кинг отметил и такой момент: «Если бы не взрывы, Путин никоим образом не выиграл бы на выборах. До них рейтинг его поддержки составлял 10 %. После них рейтинг взлетел до 80 %». О причастности спецслужб рассказывали историк Рутгеровского университета Юрий Фельштинский и бывший чекист Александр Литвиненко в книге «ФСБ взрывает Россию».
Однако эта версия вызвала скепсис не только у тех, кто по должности обязан ее отрицать. Либеральная журналистка Юлия Латынина утверждала, что на причастность ФСБ и Путина напирал олигарх Борис Березовский, после того как Путин фактически отстранил его от власти. В начале 2002 г. лишь 6 % россиян, согласно опросу «Левада — центра», верили что взрывы были организованы российскими спецслужбами. Однако еще 37 % полагали, что причастность спецслужб не следует исключать.
Насколько удачно для Москвы складывались военные действия? Извлекли ли уроки из опыта «первой Чечни»? Армия действовала намного профессиональнее, используя полное превосходство в авиации, артиллерии и бронетехнике. К началу ноября 1998 г. федералы окружили Грозный, в начале февраля город был полностью «зачищен». В январе — феврале 2000 г. российские войска захватили Ножай — Юрт, Ведено, Сержень — Юрт, Итум — Кали и Шатой. Однако основные силы чеченцев не были уничтожены, а перешли к партизанской войне в горах.
9 января сепаратисты под командованием Хаттаба захватили Шали и Аргун, в марте 2000 г. отряд Руслана Гелаева взял крупное село Комсомольское. В сентябре 2001 г. чеченцы захватили Гудермес (второй по величине город Чечни), а год спустя вторглись в соседнюю Ингушетию. Во всех этих случаях они не имели никаких шансов долго удерживать захваченные позиции, каждый раз отступая с потерями. Логика обреченности сопротивления в перспективе помогла федералам договориться с рядом влиятельных полевых командиров.
В сентябре — октябре 1999 г. муфтий Чечни Ахмат Кадыров заявил о готовности выступить против ваххабитов с оружием в руках, а братья Ямадаевы объявили Гудермесовский и Курчалоевский районы «территорией, свободной от ваххабизма». Кадыров стал новым президентом Чечни, Руслан Ямадаев — депутатом Госдумы и героем России.
Что с потерями сторон? В начале контртеррористической операции по телевидению передавали неправдоподобные сведения: например, ликвидировано 500 боевиков, у нас двое ранены. Нынешние оценки включают в себя данные за 10 лет, поскольку режим «контртеррористической операции» был официально отменен только в 2009 г., — более 6 тыс. убитых по всем силовым ведомствам (Минобороны, МВД, ФСБ). Тем не менее активная фаза второй чеченской войны завершилась в 2002 г., когда федералы сообщали о 13–15 тыс. уничтоженных боевиков.