Везде были видны следы боев. Один из заводов был сильно поврежден, но оборудование Ново-Тульского металлургического завода было своевременно эвакуировано. Попутно Иван Павлович побывал в Ясной Поляне. Его глубоко возмутило, как надругались фашисты над национальной святыней — разграбили Дом-музей Толстого, разрушили усадьбу.
Прибавилось Бардину дел и на Востоке. Урал вовсю разворачивал промышленность, ковал оружие для победы. Были пущены еще две домны на Магнитке и в Тагиле, заработали броневые станы, начали усиленно разрабатываться рудные месторождения. В апреле 1942 года Президиум Академии наук решил расширить границы деятельности Комиссии по мобилизации ресурсов Урала на районы Западной Сибири и Казахстана. В связи с этим она стала называться Комиссией Академии наук по мобилизации ресурсов Урала, Западной Сибири и Казахстана на нужды обороны.
На имя В. Л. Комарова была прислана телеграмма Председателя Совнаркома, в которой, в частности, говорилось: «Правительство с удовлетворением принимает Ваши предложения о всемерном развертывании деятельности научных учреждений Академии наук, ее действительных членов и членов-корреспондентов, направленной на укрепление военной мощи Советского Союза…»
Так начался новый этап в деятельности комиссии. 7 мая 1942 года в Свердловске состоялось общее собрание Академии наук. На нем с докладами о неотложных задачах советской науки по мобилизации природных ресурсов восточных районов страны для обороны выступили крупные ученые. Главные направления предстоящей работы — расширение запасов нефти, угля, марганца, железа, цветных и редких металлов. Собрание избрало состав комиссии во главе с бюро. Председателем бюро стал В. Л. Комаров, одним из заместителей — И. П. Бардин.
На этом собрании Ивану Павловичу была оказана большая честь — его избрали первым вице-президентом Академии наук СССР. На столь трудном и почетном посту он проработал до своей смерти, восемнадцать лет.
Шел 1942 год — год летнего прорыва гитлеровцев на юге страны, год невиданного в истории подвига защитников Сталинграда, год начала победы Советской Армии над ударной группировкой фашистов. Иван Павлович все это время трудился в наркомате. Он работает буквально сутками, часто выезжает на заводы, рудники.
Предложения комиссии по развитию угледобычи в Караганде, добыче цветных металлов, развитию черной металлургии, по энергетике, химии, добыче нефти, развитию транспорта Иван Павлович в ноябре 1942 года доложил правительству. Представленные материалы послужили основой для развития народного хозяйства Казахстана. А 16 ноября, несмотря на войну и сложное положение на фронтах, состоялась юбилейная сессия Академии наук СССР, посвященная 25-летию Великого Октября, и Бардин сделал на ней обстоятельный доклад: «Техника горного дела и металлургия за 25 лет Советской власти».
1943 год для Ивана Павловича начался участием в пуске первой домны на Челябинском металлургическом заводе. Для выяснения возможности восстановления заводов в освобожденных районах в это время создается специальная комиссия Наркомата черной металлургии. И Бардин в начале февраля выехал в составе этой комиссии в Сталинград и Луганск.
В пути всюду — страшные следы войны. Изможденные люди, разрушенные мосты, поселки, города, разбитая боевая техника. Заводы были разрушены совершенно. Их, по существу, надо было строить заново. Иван Павлович смотрел на это с горьким чувством человека, всю жизнь создававшего материальные ценности. Лежали в развалинах металлургические печи — его любимые детища!
В эту поездку Иван Павлович впервые был почти у самой передовой, часто попадал под бомбежки, видел артиллерийский обстрел.
И. П. Бардин и другие члены комиссии дали свои заключения о мерах по восстановлению Сталинградского завода. По мнению Бардина, работы предстояли огромные, но осуществить их можно было довольно быстро. Свои предложения он обсудил непосредственно на заводе на специальном совещании, и они легли в основу возрождения металлургии в героическом городе.
После боев на Курской дуге пришли радостные известия об освобождении Донбасса. И опять Бардин в составе комиссии едет к фронту, чтобы определить состояние столь близко ему знакомых металлургических заводов. И снова жестокие бомбежки на прифронтовых станциях. На этот раз пришлось долго — целых два месяца — путешествовать, в основном на автомобилях.
Везде комиссия Наркомчермета сталкивалась с одним и тем же: советские люди добились того, что фашисты не сумели на оккупированной территории пустить в ход ни один металлургический завод. Самоотверженность и героизм наших патриотов восхищали Ивана Павловича.