Высокая стоимость транспортировки, особенно таких крупногабаритных товаров, как зерно, служила серьезным препятствием для торговли. Данные конца XVI в. показывают, что перевозка бочки зерна из Москвы в Архангельск, на расстояние в 1000 км, обходилась в 75 процентов от покупной стоимости товара. В 1596–1597 гг. представители Спасо-Прилуцкого монастыря закупили в Вологде 4100 четвертей зерна, переправили его за 1000 км на север, в Холмогоры, и продали там с валовой прибылью в 228 рублей. Но транспортировка обошлась настолько дорого, что монастырь получил чистым доходом всего в 125–150 рублей. Такие чрезмерные расходы были связаны не только с фактическими транспортными издержками, но и с высокими тарифами и сборами, которые приходилось платить в пути.
Во внешней торговле оживление, начавшееся в XV в., во многом стимулировалось территориальной экспансией XVI в. Присоединение южных и восточных земель предоставили России контроль над Доном и Волгой и укрепили торговые связи с Востоком. Возвращение Смоленска в 1514 г. распахнуло двери для торговли с Литвой, Польшей и Германией, а завоевание во время Ливонской войны в 1558 г. балтийского порта Нарвы, хотя и сохранявшегося лишь до 1581 г., способствовало дальнейшему развитию торговли с Западом. Весь водный путь между Россией и приатлантическими государствами был открыт в 1553 г., когда английские мореплаватели в поисках северо-восточного прохода в Индию проплыли выше Скандинавии в Белое море и достигли устья Северной Двины. Начался оживленный англо-русский обмен товарами, и вскоре голландские корабли также отправились в опасное путешествие. В 1584 г. был основан порт Архангельск. Его гавань была открыта только в течение трех летних месяцев, к тому же она находилась далеко от главных русских торговых центров, но преимущества морского пути перевесили все затруднения, поскольку частые политические разногласия России с ее западными соседями препятствовали потоку товаров по более доступным и прямым маршрутам. К тому же пошлины и другие расходы, которые приходилось платить при наземном транспорте, увеличили стоимость доставки товаров. Поэтому Архангельск стал узловым пунктом торговли России с Западной Европой. Каждый год здесь устраивалась большая ярмарка, сначала только раз в августе, но в 1663 г., по просьбе иноземных купцов, она была продлена с 1 июня до 1 сентября. Первоначально самыми важными иноземцами в этой торговле были англичане, но в начале XVII в. лидерство перешло к голландцам.
В торговле с Западом Россия обменивала сырье и полуфабрикаты на готовые изделия. Ее главным экспортным товаром служили овощи и продукты животного происхождения, такие как веревки из конопли, лен, смола, поташ, меха, щетина, шкуры, солонина, жир, воск и мазут. Зерно, основной экспорт современной Польши и Восточной Германии, не имело большого значения во внешней торговле России. В XVI в. на вывоз зерна из страны требовалось специальное разрешение царя, а в следующем столетии позволялось экспортировать лишь ограниченное количество зерна, несмотря на усилия западноевропейских правительств добиться разрешения на увеличение поставок русского зерна. Российский импорт с Запада включал в себя в основном предметы роскоши, но также и более прозаические товары, например цветные металлы, военное снаряжение и химикаты.
Восточная торговля, вероятно, имела для России большее значение, чем ее торговля с Западом. Безусловно, русские иностранные торговцы играли в ней гораздо более активную роль, чем в обмене с Европой. Продолжалась практика сопровождения купцами дипломатических миссий к правителям Востока, а иногда и сами купцы выполняли функции царских посланников. Развилась целая сеть маршрутов, но основная часть торговли шла по Волге и Дону. В отличие от торговли с Западом, большую часть российского экспорта на Восток составляли промышленные товары. Самыми главными считались изделия из металла, текстильные изделия, изделия из кожи, оружие и доспехи. Среди сырьевого экспорта наибольшее значение имели меха. За границу отправлялось лишь небольшое количество сельскохозяйственной продукции. Русские купцы также реэкспортировали западные товары на восточные рынки, хотя эта деятельность, по-видимому, не имела большого значения в XVI в. С Востока Россия ввозила предметы роскоши, а также более дешевые товары, такие как хлопчатобумажные ткани. Завозилось большое количество лошадей и овец, главным образом татарами Ногайской Орды, чьи лошади высоко ценились русскими за резвость и выносливость.