На следующий день, 1-го апреля 1894 года, при свидетелях, в присутствии консула С.В. Арсеньева, отец Антонин высказал присутствующим свои предсмертные пожелания… Синоду он передавал все земельные имущества и печатные книги своей библиотеки. Миссии – музей древности. Эрмитажу – найденный им при раскопках бюст Ирода Великого (копия ее хранится в Музее). Киевской Академии – телескоп Секретана, а другой, меньший, брату Михаилу Ивановичу, жившему в Перми и также большому любителю астрономии. В Далматовский монастырь – наперстный крест. Святому Гробу – панагию с сибирскими камнями. Кафедральному собору в Перми – другую панагию. Публичной библиотеке в Петербурге – собрание рукописей греческих и южно-славянских, но с условием, чтобы за них было выплачено 5000 р. Русскому Посольству в Константинополе с тем, чтобы оно их обратило на постройку церкви муч. Антонина в Ангоре (Анкира), где он и пострадал. Свою «повесть временных лет» – 19 больших тетрадей в четвертную долю листа его дневников, изо дня в день ведомых с 1841 года, он завещал Синоду, но с тем, чтобы для печати ими воспользоваться можно было только через 40 лет после его смерти, т.е. в 1934 году. Присутствующие обещали отцу Антонину все в точности исполнить. Он слабо улыбнулся, откинул голову на подушку и закрыл глаза. Все осторожно и почтительно вышли из кельи.
Еще пять дней отец Антонин провел в этом мире. Он лежал на постели, вздыхал, постанывал. Ничего не ел. Принимал только немного святой воды. Молился. Телесные силы его таяли. Душа готовилась к переходу в вечность…
6-го апреля, в 2 часа дня, игумен Вениамин, старший член Миссии, видя тяжелое состояние отца Антонина, слыша его прерывистое дыхание, принялся читать канон на исход души. Читал, волновался. Слезный комок подкатывал к горлу.
Вдруг до слуха отца Антонина донеслись звонкие удары колоколов. Он встрепенулся, открыл глаза, тихо прошептал: «К чему звонят?» Ему ответили, что начинается праздничная вечерня – Благовещение Пресвятой Богородицы. «Днесь спасения нашего главизна…» Отец Антонин улыбнулся, закрыл глаза. Дыхание его становилось все реже и реже. Наконец он вздохнул в последний раз и его светлая душа вышла из тела, чтобы идти, сопровождаемая Ангелами, на поклонение Господу.
Раздался тяжелый, протяжный колокольный звон. Он возвещал, что труженик на ниве Божией архимандрит Антонин (Капустин) почил от трудов праведных и его душа начала сорокадневное странствие в мире ином, готовясь вступить в селения праведных.
Отец Антонин сподобился торжественных проводов в мир иной. О его упокоении служили панихиды греческие иерархи – от Архиепископа до Патриарха. Тело архимандрита Антонина (Капустина) предали земле в храме Вознесения Господня на горе Елеон. Вечная память. Царство Небесное.
…Глядя на округу, затянутую снежной пеленой, я подумал: «Да, так было в Иерусалиме сто двадцать лет назад. Сто двадцать лет минуло с дня его успения, а память о нем живет. Больше, конечно, его помнят на Святой Земле, в Иерусалиме, где находится его могилка. Но и в России постепенно память о нем начинает возрождаться. О нем, о роде Капустиных. Конечно же, промыслительно, что тело отца Антонина предали земле не в России, не в селе Батурино, а в далеком и славном городе Иерусалиме. Там он покоится, лежит не тревожен в гробу. Поминают батюшку Антонина молитвенно на проскомидии, вынимают частицы о его упокоении в селениях праведных, поют над его гробом панихиды, желают Царствия Небесного.
А совсем рядом, в храме во имя равноапостольной Марии Магдалины – небесной покровительницы Венценосной Государыни Марии Александровны, супруги Царя Александра Второго, матери Александра Третьего и Beликого Князя Сергея Александровича, в раке находятся мощи пренодобномученицы Великой Княгини Елизаветы Федоровны Романовой – супруги Сергея Александровича и сестры Царицы Александры Федоровны.
Когда Елизавета Федоровна вместе с супругом впервые приехала на Святую Землю, будучи еще не православной, то увидев красоту окружающей природы, великолепие храма Марии Магдалины, она невольно вздохнула и сказала, что после своей смерти, она хотела бы покоиться здесь, под сенью этого прекрасного храма. Господь исполнил желание Beликой Княгини. Она в своих мощах покоится на Святой Земле, в храме во имя равноапостольной Марии Магдалины.
А если бы отца Антонина похоронили в селе Батурино, напротив алтаря Преображенского храма, рядом со своими родственниками, то вряд ли бы мы знали теперь место захоронения батюшки. Переустроители жизни на новый лад снесли бы могилочку иерусалимского архимандрита с лица земли, заровняли бы место упокоения, распахали бы плугом. Но не допустил Господь этого. В Иерусалиме остался батюшка Антонин. Там его, дорогая верующему сердцу, могилочка. И слава Богу!»