Рыльский же монастырь находился не только физически в полном запустении, но и духовно был оголен. Перед батюшкой стояла тяжелейшая задача, ставшая его подвигом крестоношения до последнего дня жизни. И крест этот он нес с огромной любовью ко Господу и к людям, которые к нему приходили, по слову Божию: грядущего ко мне не изгоню вон.
Игумен Роман (Архипов) в своих воспоминаниях отмечает, что особенно глубоко отец Ипполит чтил святого преподобного Симеона Нового Богослова. «Дело в том, что преподобному Симеону Новому Богослову удавалось сочетать созерцательное Богопознание и деятельную жизнь. Он выступал против утверждений, что уже невозможно достичь высот святости, как в первые времена христианства. Преподобный Симеон описал свой опыт и показал возможные вершины духовного совершенствования.
Вот и отец Ипполит, будучи исихастом, по возвращении с Афона был поставлен в условия деятельной жизни. Он не мог в России вести отшельническую и безмолвную жизнь, как его старцы-исихасты, валаамские и греческие. Для отца Ипполита преподобный Симеон был примером сочетания деятельной любви и мистического опыта. У нас есть основания полагать, что отец Ипполит прошел путь, подобный описанному преподобным Симеоном.
В Рыльском монастыре батюшка жил по своему афонскому уставу. Келейно он молился в основном ночью, днем после службы — монастырские дела и посетители. Ночью спал очень мало, не более 3-х часов. Когда мы жили рядом, то слышали, как он несколько раз за ночь вставал на молитву. В 3.30–4.00 начинался его день. Молился в полной темноте, лампадку не зажигал. Спать ложился всегда в одежде, внутренне собранным, ручки и ножки складывал благоговейно. Всегда келейно прочитывал очень много записок. Сейчас мы понимаем, что отец Ипполит вместил в себя мощь православия и дух первых веков христианства. От этого немыслимого, неведомого в наши дни сочетания мощи и мягкости любви всякий человек рядом с ним чувствовал себя как ребенок».
Начал духовное восстановление обители отец Ипполит с возобновления богослужебного круга. Уже с 16 октября 1991 года в Георгиевском приделе Никольского храма началось служение литургии. Впоследствии этот храм освятили в честь иконы Божией Матери «Знамение» Курской Коренной.
В 1998 году началось восстановление Николаевского храма, большую помощь в котором оказали работники Курской АЭС. На второй этаж поднялась лестница, новую крышу и купола покрыли медью. Помещение было оштукатурено внутри, а 12 ноября 1998 года на куполе был установлен новый крест. С декабря 1999 года здесь стали совершать богослужения.
В этом же году началось восстановление монастырской ограды, установлены арочные въездные врата в западной ее части, произведен капитальный ремонт братского и игуменского корпусов. В течение последующих лет на территории монастыря построены трапезная с кухней, новая баня, пекарня, гаражи, погреба, сельскохозяйственные помещения. Монастырь создал подсобное хозяйство. На подворье появились козы, коровы и лошади, пчелы. При Свято-Николаевском мужском монастыре на территории Рыльского района были организованы пять скитов. В 2000 году началось возведение нового гостиничного корпуса.
Таковыми были плоды внешнего служения старца как строителя. Но гораздо более тяжелую работу совершал он как духовный пастырь, как наставник монашествующих.
Наставник монашествующих
Отец Ипполит, как отмечают многие, был могучим человеком, исполином духа. Казалось бы, что ему, постигшему тайну умного делания, возлетевшему на духовные высоты, — ему, от юности очистившему сердце свое, нет уже дела до мизерных духовных потуг современного слабого человека. Но утверждать это было бы фатальной ошибкой. Кроме любимого им прп. Симеона, еще одним святым, которого как близкого по духу выделял батюшка, был преподобный Силуан Афонский.
Игумен Роман (Архипов) рассказывает:
«В нашем разговоре о старце Силуане батюшка высказал мысль, что святость вырастает из немощи человеческой. Порой по чтению духовной литературы складывается впечатление, что святые уже рождаются таковыми, свято проводят свою жизнь и умирают святыми. Но батюшка говорил о пути духовного восхождения обычного человека, с его немощами и слабостями, о возможном преображении человеческой природы. Путь духовного совершенствования предложен всем. Батюшка подчеркивал, что путь старца Силуана — это не путь от святости через святость к большей святости. Это опыт преображения обычного человека, но сердце которого жаждет чистоты. Преподобный Силуан был батюшке ближе всех афонских подвижников того периода, и они были похожи.