К лету 1768 года Баженов закончил работу над эскизами, приступил к самому проекту реконструкции, к созданию большой модели Кремлевского дворца. Началась также подготовка к строительству. В июле была уже учреждена специальная экспедиция по сооружению дворца. Во главе ее — генерал-поручик Измайлов. Главным архитектором был назначен Баженов с жалованьем 600 рублей в год. Василий Иванович привлек к работе талантливых архитекторов и мастеровых, главным образом бывших воспитанников Ухтомского. Так он создал свою «архитекторскую команду», которая постепенно должна была разрастаться и состоять как минимум из 78 человек. Баженов хлопотал, чтобы для них была учреждена особая форма, составленная по его рисункам. В альбоме Каржавина есть краткое описание этой формы: «Архитекторский мундир: кирпич и раствор; кафтан серого цвета с отворотами и обшлагами и с воротником кирпичного цвета; камзол и штаны кирпичного цвета. Темляк и эполет золотой».
Большое значение Баженов придавал изготовлению модели, ибо считал, что это позволяет судить о достоинствах здания, его недостатках, а посему «почитается уже половиною практики». Кроме того, он видел в этом большое воспитательное значение: работа над моделью приучает людей к аккуратности, позволяет глубже понять замысел автора, учит высокому строительному мастерству.
Василий Иванович добился, чтобы на изготовление модели пошли ценные породы древесины от разобранного по ветхости Коломенского дворца.
После тщательного обследования кремлевских строений и детальной разработки планов строительства члены экспедиции приступили к составлению сметы. По предварительным подсчетам, должно было потребоваться 20 или в крайнем случае 30 миллионов рублей. Архитектор Кампорези, которому затем было доверено перепроверить эти данные, утверждал, что строительство обойдется почти вдвое дороже, что только одна парадная лестница будет стоить не менее 5 миллионов. Это было удивительно. Сметы обычно завышают, а не занижают… Баженов этого не сделал. Он понимал, что строительство и без того обойдется недешево, а посему где можно экономил, сводил стоимость работ к теоретически возможному минимуму. При рассмотрении сметы специалисты и чиновники обвиняли Баженова в идеализме, отсутствии опыта. Но, как бы там ни было, работы продолжались. Казной были скуплены несколько частных кирпичных заводов. У Андреевского монастыря близ Воробьевых гор и на Калитниковском поле начали вырабатывать специально для кремлевского строительства черепицу и отличный кирпич. Разведали и взяли на учет прекрасный строительный камень на берегах Оки и Осетра, недалеко от Зарайска. Завезли камень из Люберец и села Хорошова. Архитектор Казаков выехал в Серпуховской уезд для осмотра имеющегося там мрамора. О мраморе «больших мер» послали запросы в другие места.
Была составлена «Инструкция Экспедиции кремлевского строения». Ее разработал в основном Баженов. Строки документа интересны тем, что они проливают некоторый свет на архитектурные принципы Баженова:
«1. Стараться вам всячески надлежит, чтобы новым строением не повреждено было строение старое, а именно: 1. Собор Успенской. 2. Собор Архангельской. 3. Собор Благовещенской. 4. Грановитая палата. 5. Красное крыльцо. 6. Теремы или старый летний дворец. 7. Стретенский собор. 8. Покои, построенные покойною императрицею Елисавет Петровною. 9. Ивановская колокольня и особливо того наблюдать, чтоб сих строений фундаменты отнюдь ничем тронуты не были. Сие примечено уже в Италии, что старинные строения и оттого иногда упадали, когда новые строилися в расстоянии двадцати и более саженей от строений старых».
В следующих пунктах инструкции внимание обращено на качество материалов и самого строительства. Есть и конкретные указания, профессиональные советы: «Известь обыкновенно бывает вязче и лучше к строению, если она по заморений долго лежала, и потому надобно заготовлять ее ныне сколько можно более и заморя беречь в ямах». И далее: «…как возможно стараться чтоб с самого фундамента основывать новые строения крепче», «чтоб кирпичи не инако были сделаны как из такой глины, из которой чрез несколько уже лет, а не в один год сырость была выжата морозом, а кирпичи делать по задаваемым от архитектора образцам».