При этом те части здания, которые строились в последние годы, отличаются ярко выраженным баженовским стилем, и архитектурные детали имеют наиболее законченный вид.
Расследование масонской деятельности продолжалось. Расправившись с Новиковым, Екатерина продолжала следить за другими «вольными каменщиками», а также интересовалась событиями в Польше и действиями масонов Франции и Пруссии. Ей стало известно, что в 1784 году в Польше был основан «Великий Восток», объединивший 13 больших лож, расположенных в разных городах и областях. Все они приняли единый устав, состоящий из 54 параграфов. В параграфе 52 говорилось, что масоны не признают первого раздела Польши и согласно конституции «Великого Востока» приветствуют то, что ложе — матери «Екатерины под Северной звездой» подчиняются «все земли и края, находившиеся под польским владычеством, а также края и провинции, лежащие за границей». Польшу охватили антирусские настроения. Такая же атмосфера царила и в ложах. В 1789 году ложа «Екатерины под Северной звездой» была переименована в ложу «Станислава-Августа под Северной звездой». После чего польские масоны вошли в тесный контакт с прусскими ложами.
Российскую императрицу не могло сие не тревожить, так как продолжали поступать сведения о том, что цесаревич Павел не прекращает свои тайные связи с берлинскими масонами и, по сути дела, проводит самостоятельную международную политику. Распространились даже слухи, что Павел с помощью масонов готовит план раздела России на зоны орденского влияния. Как показало следствие, в масонство оказались втянутыми не только наиболее богатые люди, но и представители духовенства, а также влиятельные чиновники, в том числе состоящие на службе при дворе, в императорском совете, Государственной коллегии иностранных дел, в тайных экспедициях. Барсков, автор предисловия к книге «Переписка московских масонов XVIII века», оправдывая благие порывы наиболее честных русских масонов, в то же время замечал: «В конце 70-х гг., после Пугачевского бунта, в Москве пошли толки о тайных масонских собраниях с участием знатных вельмож, недовольных правлением императрицы и близких к меньшому двору (Павла). В следующем десятилетии масоны выступили публично с явным стремлением все захватить в свои руки — управление, суд, школу, печать, благотворительность. Правительство и общество насторожились». Далее Барсков замечает: «В эту толпу русских бар, политиков, мечтателей, мистиков, филантропов, педагогов и книголюбцев проникли немецкие «братья» разных «систем» с их политическими и корыстными целями». Барсков внимательно изучил дневник барона Шредера, тайную переписку берлинских розенкрейцеров и пришел к выводу, что русские «братья» «стали жертвами политической интриги, которую затеяли немецкие обскуранты, переодевшись по тогдашней моде в масонский наряд».
В 1792 году 18546 экземпляров книг, найденных Прозоровским на складах московских типографий и у разных книготорговцев, признали вредными. Почти все эти книги по приказу Екатерины были уничтожены, ибо «сеяли колобродства» и направлены «супротив правословия». Втом же году были приняты строгие цензурные меры, чтобы впредь такие книги не выходили. 20 мая 1792 года князь Прозоровский писал Екатерине: «Осмеливаюсь всеподданнейше просить Вашего Величества, чтобы повелеть изволили положить границы книгопродавцам книг иностранных и отнять способы еще на границах и при портах подобный сему книги вывозить, а паче из разстроенной ныне Франции, служащие только к заблуждению и разврату людей, не основанных в правилах честности. Я хотя все меры к этому взял, но довольно способов не достает совершенно сие удержать без генерального учреждения потому, что они (книгопродавцы) таковыя книги продают скрытно, а тем вводят многих более в любопытство их покупать и платить гораздо дороже, как за публично продаваемый книги; и без ошибки сказать можно, что все, какие только во Франции печатаются книги, здесь скрытно купить можно».
Предложения Прозоровского приняты к сведению. Цензурным комитетам вменили в обязанность контролировать ввоз литературы, особенно масонской, и давать удостоверения, чтобы в таких-то «сочинениях или переводах ничего З. Божию, правилам государственным и благонравию противного не находится».
Указ о «генеральном учреждении» цензуры датирован 16 сентября 1796 года. Это последнее распоряжение императрицы.
В том же году, 6 ноября, Екатерина II скончалась.