Срок обучения Баженов считал примерно в пять лет, но предупреждал, что ученики, "которые через три месяца первого года не окажут никаких способностей и надежды к изучению художеств", должны быть отчислены из школы.
Замечательна мысль, которой Баженов заключал свое прошение. Он говорит о необходимости открытия в Москве художественной галереи - первого публичного музея: "Ежели кто из патриотической любви к распространению художеств желает учинить ему (Баженову - М. И.) пособие в постройке галереи и в пополнении ее художественными произведениями, в каком доселе сия столица имеет еще недостаток, то он таковое предложение принимает с величайшей готовностью и приложит все свое старание к удовлетворению такого похвального и любовь к обществу знаменующего предначертания".
Такая свободная организация школы Баженова ярко обрисовывает его широкие демократические идеалы в области воспитания будущих деятелей искусств. Эти идеалы и принципы находились в полном противоречии с той рутиной и казенщиной, которая насаждалась Бецким в Академии художеств.
Особенно характерно для Баженова следующее место его прошения: "...бедных и неимущих родителей дети могут приходить к нему обучаться без всякой платы, лишь бы только имели они нужные способности и были бы добронравны и неиспорченного какого-либо поведения". Это глубоко человечное отношение к бедным и обездоленным красной нитью проходит через всю жизнь великого мастера. В своем завещании он наказывал своим детям: "Всячески старайтесь, чтобы крестьян излишне не отягощать работами... всегда помните, что они наши братья".
Эти взгляды Баженова были воспитаны в нем средой московских просвещенных деятелей второй половины XVIII века, в первую очередь - кружком Новикова. Университетская типография была очагом не только широкой издательской деятельности Новикова, но и русского просвещения, науки и культуры. Баженов, живой и отзывчивый, часто встречаясь с Новиковым и его друзьями, быстро воспринимал передовые идеи русского общества.
Баженову удалось открыть школу и издать "в пользу обучающегося архитектуре юношества" первый выпуск трактата Витрувия, переведенного когда-то Каржавиным при "модельном доме", где изготовлялась модель и чертежи Кремлевского дворца.
Но неожиданные события прервали развернувшуюся деятельность Баженова. Еще в 1774 году Баженов вступил в масонское "Дружное ученое общество". Задачей масонов было "внутреннее обновление" человечества, "самосовершенствование" на основе христианского мировоззрения. В 80-х и 90-х годах деятельность масонов приобрела политическую окраску. Французская революция 1789 года усилила этот политический характер русских масонских лож. Екатерина с тревогой следила за их деятельностью. Малейшее "неудовольствие" подданых она считала крамолой и "революцией".
Наконец, Екатерина решила покончить с просветительной деятельностью Новикова. Он был арестован и сослан. Одно из обвинений против Новикова состояло в "улавлении в свою секту известной особы", т. е. наследника престола Павла. Ведь Новикова и его друзей подозревали в тайном намерении свергнуть Екатерину и посадить на престол Павла. Грозные тучи нависли над Баженовым - Новиков не раз передавал через него книги для Павла.
Павел на допросе отрицал свою связь с масонами. Новиков в своих показаниях о последней поездке Баженова в Петербург в 1792 году в связи с заказом ему проекта дворца также по возможности выгораживал зодчего. Следствие в отношении Баженова не получило хода. Павел же, чтобы показать, что он всегда видел в Баженове только художника, назначил его главным архитектором своего двора в Гатчине.
Баженов еще раньше, в 1784 году, делал для Павла проект больницы. В этом новом общественном здании отчетливо звучат мотивы проекта здания Московского университета. В то же время несколько дворцовый характер последнего здесь совершенно преодолен Баженовым. Теперь с новой работой и назначением он покидает Москву и переезжает в Петербург. Здесь он разрабатывает порученный ему проект дворца. Но к постройке он приступил лишь спустя четыре года, когда умерла Екатерина и на престол вступил Павел.