Весной 1926 года при Ленинградском губздравотделе был организован Нервно-психиатрический совет, куда вошли руководители всех психиатрических лечебниц губернии. Научно-методическим центром психиатрической службы Ленинграда оставался Психорефлексологический институт, директором которого был Бехтерев, а главным врачом — В. В. Срезневский, в прошлом его ученик. Институт располагал стационаром на 220 коек для больных психиатрического профиля. С 1924 года при нем была развернута амбулатория для лиц, страдающих болезнями нервной системы, душевными болезнями и наркоманией, имеющая собственную лабораторную базу. На одном из первых заседаний Нервно-психиатрический совет по предложению Бехтерева принял решение о реорганизации Психорефлексологического института и его амбулатории. 30 июля 1926 года губздравотдел издал приказ, по которому Психорефлексологический институт преобразовывался в лечебно-научное учреждение, занимающееся в основном изучением и лечением так называемых пограничных состояний, главным образом неврозов. При этом в нем, однако, оставалось и психиатрическое отделение. Институт стал теперь именоваться «Клиническая больница для нервнобольных имени Бехтерева», сохранив при этом и второе название — Патолого-рефлексологический институт. Его амбулатория превратилась в психиатрический диспансер Володарского района Ленинграда — один из первых психиатрических диспансеров в стране, Бехтерев во многом содействовал открытию в 1926 году по инициативе своего ученика Л. Г. Молоткова первого в нашей стране Института хирургической невропатологии (теперь Ленинградский научно-исследовательский институт нейрохирургии имени А. Л. Поленова). Новый институт стал одним из важных звеньев реализации высказанного им еще в 1897 году страстного пожелания о создании самостоятельной нейрохирургической службы.
В опубликованном в 1926 году, уже третьем по счету, издании книги «Общие основы рефлексологии человека» Бехтерев более четко, чем раньше, отмежевался от энергетизма В. Оствальда, отметив при этом, что фактическая замена им понятия материи понятием энергии и неограниченное увеличение числа форм последней «вряд ли может служить на пользу науке». Полемизируя с Оствальдом, Бехтерев писал: «Ум человеческий вообще не может мириться с мыслью, что окружающий нас мир не представляет собой ничего, кроме одной силы в пустоте. В этом отношении, подобно философскому спиритуализму, учение Оствальда наталкивается на ряд непреодолимых препятствий». Сам Бехтерев, ссылаясь на классические законы физики, отстаивал мысль о неотделимости друг от друга материи и энергии. Подчеркивая несомненную материальность мира, он и энергию рассматривает как нечто в сущности своей материальное, допуская, правда, при этом несколько механистическую трактовку такого понятия. Вместе с тем материалистическую сущность своих философских представлений Бехтерев выразил абсолютно однозначно.
Материалистический характер жизненных позиций Бехтерева ярко отражает и его отношение к проблемам религии, причину возникновения которой он видел в «стремлении человека дать объяснение неизвестным по своей природе явлениям окружающего мира… В основе каждой религии, — писал Бехтерев, — лежит одухотворение окружающей природы или окружающего мира, являющееся результатом аналогии с самим собой».
Вопросам религии Бехтерев посвятил статьи «О религии» и «Был ли Христос или нет — безразлично». В опубликованной в 1926 году статье «Культура социального героизма в воспитании детей» Бехтерев подчеркивал, что религия с ее проповедью «смиренномудрия» и «непротивления злу» подавляла в течение веков энергию нашего подрастающего поколения. Педагогу никогда не следует забывать об отравляющем начале, которое вносит религия в детские умы. «Вместо религии, — призывал Бехтерев, — прививайте детям культуру социального героизма, с которым неотъемлемо связывается и то, что обозначается социальным бессмертием».
Под воспитанием «культуры социального героизма» Бехтерев подразумевал приобщение людей с детских лет к идее социальной сущности человеческого общества, к воспитанию у них тенденций к взаимопомощи, к делам для общего блага. Такое воспитание, как считал Бехтерев, должно проводиться в клубах, в детских кружках, в интернатах, в школах. Оно должно отражаться и в подборе игр для детей, и в соответствующей детской литературе, в которую необходимо «влить возможно больше рассказов на социальные темы». В воспитании «социального героизма» Бехтерев придавал большое значение «проработке определенных тем, в отношении жизни и деятельности тех исторических личностей, которые, горя социальной любовью, преодолели в своей жизни большие препятствия в достижении общеполезных целей: таковы, например, Ленин, Линкольн, Спартак и др., а в области науки Колумб, Галилей, Ломоносов и др.». Занятия по воспитанию «культуры социального героизма» регулярно проводились по инициативе Бехтерева и зачастую с его участием в Воспитательном клиническом институте для нервных детей, входившем в состав Психоневрологической академии.