Осенью 1936 г. Михаил Афанасьевич ушел из МХАТа и перешел на службу либреттистом и переводчиком в Большой театр. В последние годы жизни он продолжал работать над романом «Мастер и Маргарита» (начат в 1928 г., позже автор уничтожил черновики и в 1932 г. начал писать роман заново) и «Театральным романом» (начат в 1936 г., не окончен).
Идеологическое давление и хулу на свои сочинения писатель испытывал постоянно. Его сетование на жизнь в 1936 г. один из «друзей дома» передал в НКВД: «Я похож на человека, который лезет по намыленному столбу только для того, чтобы его стаскивали за штаны вниз для потехи почтеннейшей публики. Меня травят так, как никого и никогда не травили: и сверху, и снизу, и с боков… Я поднадзорный, у которого нет только конвойных».
Но уныние лишь мимолетно посещало писателя. Вся его жизнь, поступки и отношения с людьми были подчинены одной цели – писать, писать как можно лучше и честнее. Его первый биограф П.С. Попов, друживший с ним многие годы, в 1940 г. вспоминал: «Порой мнительный в мелких обстоятельствах жизни, раздираемый противоречиями, он в серьезном, в моменты кризиса не терял самообладание и брызжущих из него сил, ирония у него неизменно сливалась с большим чувством, остроты его были метки, порой язвительны и колки, но никогда не коробили. Он презирал не людей, он ненавидел только человеческое высокомерие, тупость, однообразие, повседневность, карьеризм, неискренность и ложь, в чем бы последние не выражались: в поступках, искательстве, словах, даже жестах. Сам он был смел и неуклонно прямолинеен в своих взглядах. Кривда для него никогда не могла стать правдой. Мужественно и самоотверженно шел он по избранному пути».
Но оставаться самим собой с каждым годом становилось труднее. Елена Сергеевна Булгакова 11 июня 1937 г. записывает: «Утром сообщение в «Правде» – прокуратура Союза о предании суду Тухачевского, Уборевича, Корка, Эйдельмана, Путны и Якира по делу об измене родины. М.А. [Булгаков] в Большом театре на репетиции «Под[нятой] целины»… Митинг после репетиции. В резолюции – требование высшей меры наказания для изменников».
В гостеприимном доме Булгаковых продолжают собираться гости, звучит музыка, но темы для беседы выбирают с опаской. Один за другим исчезают из своих квартир соседи-литераторы – Иван Катаев, Сергей Клычков, Бруно Ясенский. Теперь к каждому гостю – настороженное внимание. Но о старых друзьях Булгаков заботится даже в наступившее лихое время. Он 5 февраля 1938 г. отправляет письмо Сталину с просьбой о смягчения участи находящегося в ссылке драматурга Николая Эрдмана, успокаивает других приятелей, приходящих поведать ему об арестах близких.
Михаил Афанасьевич продолжает служить театру, пишет либретто и инсценировки, но главное – переписка начисто и последняя правка рукописи «о дьяволе», позже получившей название «Мастер и Маргарита». Перепечатка начисто романа была закончена 24 июня 1938 г., и сейчас он публикуется по тексту того времени с незначительными изменениями.
В 1939 г. Булгакову все чаще нездоровится. Но он продолжает работать – в этом весь смысл его жизни. Пишет пьесу о Сталине, но постановку ее запретили. Врачи тем временем подтвердили у Михаила Афанасьевича наследственную болезнь отца – гипертонический нефросклероз. Больной понял, что скоро умрет в тяжелых мучениях и вызвал на дом нотариуса – составить завещание о передачи имущества и авторских прав после своей кончины жене.
В конце сентября 1939 г. он пишет старому киевскому приятелю А.П. Гдешинскому: «Вот и настал мой черед. В середине этого месяца я тяжело заболел, у меня болезнь почек, осложнившаяся расстройством зрения. Я лежу, лишенный возможности читать и писать, и глядеть на свет…»
Булгаков скончался 10 марта 1940 г., так и не увидев изданными большинство из своих произведений. Елена Сергеевна писала о смерти мужа его брату Николаю: «Он умирал также мужественно, как и жил… Он мог бы со своим невероятным талантом жить абсолютно легкой жизнью, заслужить общее признание. Пользоваться всеми благами жизни. Но он был настоящий художник – правдивый, честный. Писать он мог только о том, что знал, во что верил. Уважение к нему всех знавших его или хотя бы только его творчество – безмерно. Для многих он был совестью. Утрата его для каждого, кто соприкасался с ним, – невозвратима».
Прошло четверть века с кончины Булгакова, когда его художественное наследие стали издавать на родине, и с годами он становится одном из самых популярных писателей ХХ века.