С формированием частей белой и красной армий расширялся масштаб военных операций. В 1918 г. они велись преимущественно вдоль линий железных дорог и сводились к захвату крупных узловых станций и населенных пунктов. Этот период получил название «эшелонная война». Весной 1918 г. произошло выступление частей Чехословацкого корпуса, сформированного из военнопленных. Расположенный в эшелонах по линии Транссибирской железной дороги от Пензы до Владивостока, корпус подчинялся французскому военному командованию и направлялся через Дальний Восток на Западный фронт. В ответ на требования советского командования о разоружении корпус восстал и в течение мая – июня 1918 г. сверг советскую власть в Омске, Томске, Новониколаевске, Красноярске, Владивостоке – фактически на всей прилегающей к Транссибирской магистрали территории Сибири.
Летом – осенью 1918 г., во время 2-го Кубанского похода, взятием Добровольческой армией узловых станций Тихорецкой, Торговой, городов Армавира и Ставрополя фактически завершилось наступление Деникина на Северном Кавказе.
В начальный период гражданской войны в ряде крупных городов России действовали подпольные центры Белого движения, связанные с бывшими структурами военных округов и воинских частей, а также с подпольными организациями монархистов, кадетов и эсеров. Весной 1918 г., накануне выступления Чехословацкого корпуса, в Петропавловске и Омске действовало офицерское подполье под руководством полковника П. П. Иванова-Ринова, в Томске – подполковника А. Н. Пепеляева, в Новониколаевске – полковника А. Н. Гришина-Алмазова. Летом 1918 г. генерал Алексеев утвердил секретное положение о центрах Добровольческой армии, созданных в Киеве, Харькове, Одессе, Таганроге. Они передавали развединформацию, отправляли офицеров через линию фронта, а также должны были выступать против советской власти в момент приближения к городу частей белой армии. Так, при содействии местной офицерской организации был проведен десант под Одессой в августе 1919 г. Подобные организации становились основой для формирования воинских частей белой армии. Например, «Союз фронтовиков» стал базой для формирования рабочих дивизий в гг. Ижевске и Воткинске.
К началу 1919 г. завершается формирование белых армий. 15 советским армиям противостояли 4 армии Восточного фронта, объединенные под Верховным командованием адмирала А. В. Колчака: Сибирская (генерал-лейтенант Р. Гайда), Западная (генерал от артиллерии М. В. Ханжин), Южная (генерал-майор П. А. Белов) и Оренбургская (генерал-лейтенант А. И. Дутов), 3 армии Южного фронта под командованием Главнокомандующего Вооруженными Силами Юга России генерал-лейтенанта А. И. Деникина (ему подчинялись Добровольческая (генерал-лейтенант В. 3. Май-Маевский), Донская (генерал-лейтенант В. И. Сидорин) и Кавказская (генерал-лейтенант П.Н. Врангель) армии). В общем направлении на Петроград действовали войска Главнокомандующего Северо-Западным фронтом генерала от инфантерии Н. Н. Юденича и Главнокомандующего войсками Северной области генерал-лейтенанта Е. К. Миллера.
С весны 1919 г. начались попытки комбинированных ударов белых фронтов. С этого времени боевые действия носили характер полномасштабных операций на широком фронте, с использованием всех родов войск (пехоты, конницы, артиллерии), при активном содействии бронепоездов, танков и авиации. В марте – мае 1919 г. началось наступление Восточного фронта, наносившего удар по расходящимся направлениям: на Вятку – Котлас, на соединение с Северным фронтом, и на Волгу – на соединение с армиями генерала Деникина. Однако войска советского Восточного фронта к началу июня остановили наступление белых армий, нанеся встречные контрудары на Южном Урале и в Прикамье.
Летом 1919 г. началось наступление ВСЮР на Харьков, Екатеринослав и Царицын. После занятия последнего армией генерала Врангеля 3 июля Деникин подписал директиву о «походе на Москву». В течение июля – октября войска ВСЮР заняли большую часть Украины и губерний Черноземного центра России, выйдя на линию Киев – Брянск – Орел – Воронеж – Царицын. Почти одновременно с наступлением ВСЮР на Москву шло наступление Северо-Западной армии генерала Юденича на Петроград.