Вместе с Дроздовским или на год-два раньше или позже в Академии Генерального Штаба учились офицеры, сыгравшие впоследствии видную роль в Гражданской войне. Назовем некоторых из них. Начальник Штаба Дроздовской дивизии полковник Ф. Э. Бредов. Главнокомандующий Вооруженными Силами Советской Республики И. И. Вацетис. Главнокомандующий Русской Армией генерал-лейтенант барон П. Н. Врангель. Помощник начальника Алексеевской дивизии генерал-майор М. М. Зинкевич. Главнокомандующий Вооруженными Силами Республики С. С. Каменев. Начальник Штаба Донской Армии генерал-лейтенант А. К. Келчевский. Начальник Штабов Южного, Юго-Западного и Западного фронтов РККА Н. Н. Петин (впоследствии комкор). Командующий Донской Армией генерал-лейтенант В. И. Сидорин. Начальник Оперативного управления Полевого Штаба РВСР Б. М. Шапошников (впоследствии начальник Генерального Штаба, Маршал Советского Союза). Одновременно с Дроздовским в Академии учился будущий начальник Штаба Кавказской Армии, а затем и всей Русской Армии генерала Врангеля, будущий генерал-от-кавалерии П. Н. Шатилов.
Дополнительный курс Михаил Гордеевич окончил успешно и за отличные успехи был произведен в штабс-капитаны. 23 мая 1908 года, после представления в числе прочих выпускников Императору Николаю II, он был причислен к Генеральному Штабу и направлен на лагерные сборы в Штаб Варшавского военного округа, где прикомандирован к управлению 49-й пехотной резервной бригады. Затем, получив пособие на обзаведение лошадью со всем необходимым (300 рублей), после двухнедельного отпуска прибыл Лейб-Гвардии в Волынский полк. Там с 12 сентября 1908 года по 4 ноября 1910 года Дроздовский в соответствии с требованиями ценза командовал ротой.
26 ноября 1910 года началась долгожданная служба по Генеральному Штабу: Дроздовский получил назначение обер-офицером для поручений при Штабе Приамурского военного округа и отбыл к новому месту службы. Академия «расширила теоретический кругозор, напитала знаниями, которые нужно было как следует еще переварить, а самое главное, найти им применение в жизни»; молодой генштабист помнил напутственные слова генерала Данилова: «…Настоящая учеба начнется после окончания Академии, и тот, кто остановится на тех знаниях, которые он вынес из Академии, безвозвратно отстанет». Служба в Харбине как раз и стала «практической школой». Как участник Русско-Японской войны, Дроздовский с повышенным интересом и вниманием относился к работе на Дальнем Востоке; в то же время мелочная канцелярская рутина не давала полного удовлетворения.
Приобретя опыт и хорошо зарекомендовав себя, уже через год, 26 ноября 1911 года, он был назначен старшим адъютантом Штаба Варшавского военного округа и произведен в капитаны со старшинством со 2 мая 1908 года. По воспоминаниям сослуживца, «офицеры Генерального Штаба в Варшавском военном округе жили сплоченной семьей. Этому способствовало наличие единственного в армии особого собрания офицеров Генерального Штаба, где происходили доклады, военные игры, товарищеские ужины и обеды. Здесь генерал по-дружески говорил с капитаном и обменивался взглядами по военным вопросам». Корпоративный дух способствовал деловой обстановке. Энергичный, собранный капитан Дроздовский, бывший и помощником начальника отчетного отделения, запоминался даже мельком видевшим его почему-то прежде всего холодным и твердым взглядом своих голубых глаз. Признанием отличной его работы стал орден Святой Анны III-й степени, полученный 6 декабря 1911 года. Ввиду ухудшения отношений с австро-германским блоком деятельность Штаба округа становилась все активнее и требовала все большего напряжения сил.
Во время Балканской войны 1912 года Дроздовский буквально рвался принять в ней участие, но командование категорически запретило поездки туда всем офицерам без исключения. К этому времени относится и написание Михаилом Гордеевичем «большого труда по стратегии, о будущей русско-германской войне», неизбежность которой была для него очевидной; к сожалению, рукопись не увидела света и не сохранилась. С 13 июня по 3 октября 1913 года Дроздовский, отлично понимавший значение военной техники и необходимость ее развития, прошел курс летчика-наблюдателя в Севастопольской Офицерской Школе Авиации Отдела воздушного флота. В его послужном списке появилась запись: «Совершил 12 полетов вне аэродрома, каждый полет продолжительностью не менее 30 минут, а всего был в воздухе 12 часов 32 минуты».