Вечером 3 марта отрекшийся Император возвратился в Ставку. Алексеев, по словам одного из его сотрудников, «решил обставить встречу Государя так, чтобы хотя бы здесь, в бывшем своем штабе, не почувствовал он ослиного копыта». По-прежнему утром 4-го он прибыл для своего обычного доклада, хотя Государь уже не являлся Верховным Главнокомандующим (на эту должность Им вновь был назначен Великий Князь Николай Николаевич, приезд которого ожидался в ближайшие дни). Доклады повторялись, вызывая резкое недовольство Алексеевым со стороны новой власти; а утром 9-го, в день отъезда Николая II в Царское Село (где Он уже должен был находиться под стражей), и тоже вопреки желаниям петроградских «правителей», Михаилом Васильевичем были собраны все, кто хотел бы попрощаться со своим Государем.
...Никто не знает и не узнает никогда, что было на душе у Императора Николая Александровича в те дни, когда Он принимал столь значимое для России решение. «Сердце Царево в руце Божией», и Государь, человек глубоко религиозный, именно так смотревший на Свое призвание и расценивавший долг правителя как тяжкий крест, возложенный на Него Творцом, должен был пережить глубочайшую внутреннюю драму - екатеринбургской Голгофе предшествовала псковская Гефсимания. Открывалась ли Помазаннику Божьему трагическая судьба Его страны? Вымолил ли Он покров Божией Матери над Россией, свидетельством чего стало в дни отречения чудесное явление иконы Богородицы «Державная», на которой Заступница предстает восседающей на троне, со скипетром и державою в руках? Это ли была единственная смена на том посту, где часовыми столетия стояли Русские Цари?
На всех надвигается что-то страшное, и теперь знание об этом Государя передается окружающим Его. «Никогда не наблюдал я такой глубокой, полной, такой мертвой тишины в помещении, где было собрано несколько сот человек», -напишет потом очевидец, но вскоре эта тишина нарушится и, разлетевшись на куски, как прозрачная стеклянная стена, исчезнет, когда Государь начнет обход выстроившихся чинов Ставки, Конвоя и Георгиевского батальона.
Зала оглашается рыданиями. Плачут, бьются в истерике боевые офицеры. Падают в обморок здоровяки-конвойцы. Государь пытается улыбаться, но вместо улыбки выходит «какая-то гримаса, оскаливавшая ему зубы и искажавшая лицо»; не окончив обхода, Он направляется к выходу, всхлипывания и истерические вскрики не прекращаются, и среди них теряются растерянные и взволнованные слова генерала Алексеева - «А теперь, Ваше Величество, позвольте мне пожелать Вам благополучного путешествия и дальнейшей, сколько возможно, счастливой жизни»...
Это уже стадо, потерявшее Пастыря; но, наверное, и в эти минуты никто еще не понимал со всею отчетливостью, что именно сейчас Россия начинает свой путь к Гражданской войне.
Генерал Алексеев занял по отношению ко Временному Правительству абсолютно лояльную позицию. Так, он не передал в столицу телеграмму Государя, в которой, во изменение акта 2 марта, изъявлялось согласие на вступление на Престол Цесаревича Алексея; более того, именно начальнику Штаба Верховного выпало объявить Николаю II распоряжение из Петрограда о взятии Его под стражу. Организовав рассылку по войсковым соединениям, до командиров корпусов, прощального приказа бывшего Верховного Главнокомандующего, Михаил Васильевич не смог и воспротивиться остановке его дальнейшего распространения новым военным министром Гучковым, очевидно обеспокоенным обаянием Царственного Страстотерпца, которое пронизывало документ, призывавший Действующую Армию к продолжению борьбы с внешним врагом во имя Веры и Отечества... Нет оснований, однако, считать эти действия следствием какого-либо глубокого исповедания Алексеевым республиканских убеждений или программы новой власти, тем более что последней фактически еще не было сформулировано; речь шла скорее о внутреннем ощущении, что произошедшее с Россией уже необратимо и теперь следует думать о том, как жить в новых условиях и можно ли овладеть выходящей из-под контроля ситуацией. Пожелания же «благополучного путешествия и счастливой жизни» отрекшемуся Монарху в устах генерала были следствием доверия к телеграмме главы Временного Правительства КНЯЗЯ Львова, обещавшей Николаю II беспрепятственный проезд на Мурман, как предполагалось - для дальнейшего следования в Англию, где жизнь Его и Его Семьи была бы в безопасности. Лишь со временем стало известно, что предательская позиция Короля Георга V по отношению к своему родственнику и раболепие Временного Правительства перед радикально настроенными левыми элементами исключили эту возможность спасения Государя.