Колчаку приходилось теперь и присутствовать на заседаниях Совета министров, где у него вызывали раздражение два факта: «вмешательство чехов в наши внутренние дела» и то, что в Совете вместо нормальной работы больше всего занимались политической борьбой. После одного из заседаний Александр Васильевич решил снять с себя министерские полномочия, и Авксентьеву удалось уговорить его остаться, лишь пообещав немедленно пересмотреть функции военного и морского министра. На решение Колчака остаться в занимаемой должности повлияло также известие о смерти 8 октября в Екатеринодаре генерала М. В. Алексеева. Кабинет министров Директории был окончательно сформирован лишь 3 ноября.
Вскоре адмирал подготовил обстоятельное письмо генералу А. И. Деникину. В письме он дал характеристику только что образованных Директории и её Совета министров. 8 ноября Колчак выехал на фронт. Его сопровождал только что прибывший в Омск английский Мидлсекский батальон под командованием полковника Дж. Уорда. С военным министром следовали капитан А. А. Пушкин, имевший поручение доставить письмо Деникину и связаться с семьёй Александра Васильевича в Севастополе, и представители союзников. 9 ноября Колчак прибыл в Екатеринбург, где состоялся парад войск, а на другой день посетил штаб Сибирской Армии. Командующий армией генерал Р. Гайда и чешский командующий генерал Я. Сыровой ознакомили его с обстановкой на фронте.
После осеннего наступления Красной Армии русские и чешские войска оказались далеко отброшенными от Волги на восток. На северном участке линия фронта проходила восточнее Перми и Кунгура, на среднем участке - между Уфой и Бугульмой, на южном - западнее Оренбурга и Уральска. В штабе разрабатывалось наступление Сибирской Армии на Пермь, которое являлось частью стратегического плана прорыва красного фронта в направлении Пермь - Вятка - Котлас, на соединение с Белыми и союзными войсками на Севере России. Сторонниками этой идеи были англичане, стремившиеся заменить протяжённый путь снабжения сибирских войск через Владивосток более короткой северной коммуникацией через Архангельск.
Затем Колчак отправился в армейскую группировку генерала А.Н. Пепеляева. Адмирал объезжал прифронтовые части, беседовал с командирами полков, выяснял их потребности в людских резервах, вооружении, снарядах, патронах, охотно поддерживал разговоры офицеров о внутриполитическом положении Сибири и России вообще. При этом большая часть офицеров, в том числе и сам Пепеляев, высказывали недоверие к Директории и мысль о том, что власть должна принадлежать военным. Александр Васильевич побывал на передовых позициях, после чего, оставшись довольным Сибирской Армией, выехал в Челябинск.
В челябинском штабе генерал Сыровой познакомил адмирала со своим начальником штаба, русским генералом М. К. Дитерихсом. Здесь же Колчак нанёс визиты членам Чешского Национального Совета, а затем отправился на фронт под Уфу, находившуюся под угрозой удара войск советской 5-й армии.
Встретившись между Курганом и Петропавловском с поездом генерала Болдырева, Колчак узнал тревожные новости о событиях в Омске. После отъезда адмирала на фронт в городе получила хождение прокламация, содержащая призыв эсеровского ЦК создавать вооружённые партийные отряды на случай необходимости противостоять монархически настроенному офицерству. Призыв, автором которого был один из лидеров социал-революционеров В. М. Чернов, вызвал бурю возмущения у офицеров фронта и тыла, и Болдырев даже собирался арестовать Чернова. Арест отсрочил Авксентьев, понимавший, однако, опасность провокационного призыва. Серьёзно одёрнул эсеров и Нокс, предупредивший, что при такой их тактике Англия откажет им в помощи. Ещё более шатким стало положение Директории, на которую было направлено основное раздражение офицерства. Не прибавил стабильности и инцидент, произошедший 13 ноября в омском гарнизонном собрании. Во время банкета в честь прибывшего французского батальона русские офицеры заказали музыкантам национальный гимн - «Боже, Царя храни». Но в зале нашлось немало людей, протестовавших против его исполнения. Вспыхнул скандал, и войсковой старшина Красильников даже направил на одного из протестующих револьвер, после чего французский посол покинул зал.
15 ноября начальник омской милиции Роговский доложил председателю Совета министров о том, что в городе готовится свержение Директории. Вологодский поставил об этом в известность Главнокомандующего. Болдырев торопился на фронт и не мог обстоятельно разобраться в обстановке, но полагал, что нарушители общественного спокойствия - казаки, а в отношении Красильникова и его собутыльников приказал провести расследование.