Напрасным, однако, было бы думать, что переворот был воспринят восторженно всеми, - нашлись, разумеется, и противники. Сразу же после переворота депутатами действовавшего в Екатеринбурге Съезда членов Учредительного Собрания была принята резолюция-воззвание с призывом устранить «кучку заговорщиков»; подобные же заявления были сделаны и в Уфе членами «Совета Управляющих Ведомствами». В итоге Съезд был разогнан, а часть участников арестована, что положило конец идее Учредительного Собрания первоначального состава, избранного осенью 1917 года. Долго не признавал Верховного Правителя и Атаман Семёнов, вообще стремившийся действовать автономно, и этот конфликт в той или иной форме тянулся около полугода.
Правительства стран Антанты на первых порах недооценивали Колчака, считая, что борьбу с большевиками должны возглавлять их собственные представители. В середине декабря 1918 года в Омск прибыл французский генерал М. Жанен, по решению Верховного Совета Антанты назначенный Главнокомандующим русскими и союзными войсками. Однако Александр Васильевич решительно возразил против такого решения, вполне резонно заметив, что в Гражданской войне командование может осуществлять только русский человек. В итоге под верховное командование Жанена перешли лишь чешские и другие союзные войска.
В целом же с приходом к власти Колчака антибольшевицкие формирования на Востоке консолидировались. Он был признан правительством Всевеликого Войска Донского, приславшим в Омск генерала К. И. Сычева. Власть Колчака вскоре признали и руководители Белых формирований на Севере и Северо-Западе России. В конце мая 1919 года его de jure признал и генерал А. И. Деникин, которого Колчак назначил своим заместителем. Но полноценного взаимодействия между силами, непосредственно подчинявшимися адмиралу Колчаку, и войсками других антибольшевицких фронтов так достигнуто и не было.
В конце декабря Колчак получил телеграмму от бывшего министра иностранных дел С. Д. Сазонова, ставшего теперь послом Омска в Париже. От имени «Русского политического совещания» в Париже, объединявшего бывших русских послов, членов «Национального центра» и «Союза возрождения» (коалиционные правоцентристские политические организации), видных представителей политических и деловых кругов дореволюционной России, в ней сообщалось: «Признаем верховную власть, принятую Вашим превосходительством, в уверенности, что Вы солидарны с основными началами политической и военной программы Добровольческой армии».
В первые же дни после своего вступления в должность Верховному Правителю необходимо было решить два вопроса: как наказать участников переворота - казаков - и что делать с арестованными членами Директории. В итоге «переворотчики» были секретным приказом произведены в следующий чин: полковник Волков стал генерал-майором, а войсковые старшины Красильников и Катанаев - полковниками. Назначенный над ними суд, состоявшийся 21 ноября, полностью оправдал их, вскрыв при этом массу неприглядных фактов, связанных с деятельностью Директории. Те же из членов последней, кто не признал власть Колчака, были отправлены под английским конвоем во Владивосток, откуда они затем уехали за границу. Предварительно каждому из них было выдано по 75-100 тысяч рублей.
Отбитый у большевиков чехами и белогвардейцами ещё в августе 1918 года в Казани золотой запас Российской Империи позволял Колчаку осуществлять крупные закупки оружия и военного снаряжения у союзников. Генерал Нокс, руководивший по поручению стран Антанты военным снабжением русских войск в Сибири, в это время находился во Владивостоке, обеспечивая приёмку прибывающих военных грузов и доставку их по назначению. Заботясь о первоочередном снабжении частей Екатеринбургского фронта, Колчак пытался связаться по прямому проводу с Ноксом, чтобы тот ускорил доставку снарядов и патронов. Но связь была прервана, и подозрение пало на Атамана Семёнова, что ещё больше обострило упомянутый выше конфликт (связь, впрочем, вскоре была восстановлена, а вину Атамана так и не смогли доказать даже его недоброжелатели).