27 ноября генерал Болдырев, по собственному прошению, был освобождён от должности Верховного Главнокомандующего. Колчак предлагал ему на выбор любую должность, кроме Верховного Главнокомандующего, но тот отказался и через несколько дней выехал в Японию. Теперь адмирал окончательно принял на себя и верховное командование войсками.
Достигнутые в декабре 1918 года первые боевые успехи на Урале окрылили омское Правительство и его союзников, вселили надежду на осуществление далеко идущих замыслов. Но оставалась и масса проблем - в первую очередь материально-техническое обеспечение действующих войск и подготовка для них армейских резервов, причём особенно остро ощущалась нехватка патронов и снарядов. Несмотря на старания Нокса, грузы из Европы из-за дальности расстояния продвигались крайне медленно. Колчаковское правительство по дипломатическим каналам обратилось с заказом на снаряды и патроны к Японии. Непростой оказалась и подготовка людских резервов для фронта, необходимость в которых возрастала по мере потери чехословацкими частями боеспособности. Началась ускоренная подготовка офицерских кадров на Русском острове близ Владивостока, в чём немалую помощь оказали английские инструкторы (так называемая «школа Нокса»).
Круг забот Верховного Правителя, конечно, не ограничивался военными проблемами. Гражданское управление ложилось на десять министров, объединённых в Совет во главе с председателем Вологодским (генерал Жанен записывал в дневнике: «Любопытная вещь - перманентность министров: они работали с Директорией, работают с адмиралом, который опрокинул Директорию»). Колчак, однако, не только утверждал все важные постановления Совета министров, но нередко и сам принимал участие в законотворчестве.
В одном из писем Александр Васильевич писал: «Моя цель первая и основная - стереть большевизм и всё с ним связанное с лица России, истребить и уничтожить его. В сущности говоря, всё остальное, что я делаю, подчиняется этому положению». Слова эти подразумевали прежде всего разгром советской системы, коммунистической партии. А сделать это можно было, помимо чисто военных мероприятий, прежде всего путём проведения последовательных реформ, которые позволили бы решить основные внутриполитические вопросы. Как же они решались в период существования Всероссийского Правительства Колчака?
Прежде всего адмирал стремился установить закон и порядок. Были восстановлены и совершенствовались административные и судебные органы, в том числе Правительствующий Сенат. Во главе губерний (областей) стояли управляющие. На Урале был введён институт главных начальников края. Возрождались и местные органы самоуправления - городские думы, их управы, сеть земств, впервые появившихся в Сибири в 1917 году. Но при этом государственные структуры воссоздавались в довоенном, имперском масштабе, а ведь чем более громоздким становился государственный аппарат, тем меньше была его эффективность.
Воссозданы были и внешние атрибуты государства - двуглавый орёл (короны заменили сияющим Крестом, а скипетр - мечом), трёхцветный бело-сине-красный флаг и принятый после Февраля гимн («Коль славен» на музыку Д. С. Бортнянского).
Одним из самых важных хозяйственно-экономических вопросов стал аграрный. От умонастроения крестьянства, составлявшего значительный процент солдат и младшего офицерства армии Верховного Правителя, зависело очень многое. Правительство Колчака отменило принятый Временным Сибирским Правительством закон о возвращении прежним владельцам их имений вместе с инвентарём. С 10 декабря было отменено и постановление о государственном регулировании хлебной, мясной и масляной торговли, разрешена свободная торговля этими продуктами «по вольным ценам». В аграрной политике омское Правительство ориентировалось на использование опыта преобразований П. А. Столыпина, создание крепкого индивидуального хозяйства и ликвидацию помещичьего землевладения. Земли, изъятые у крупных землевладельцев большевиками, подлежали продаже через Земельный банк «трудовому собственнику». 8 апреля 1919 года была опубликована «Грамота Верховного Правителя о земле», в которой кардинальное решение аграрного вопроса предполагалось передать «Национальному Российскому Собранию» после победы над большевиками, пока же устанавливалось, что на всех землях урожай мог собирать и использовать тот, кто обрабатывал и засевал поле.
Не менее важным было и решение рабочего вопроса. Министерство труда, возглавляемое социал-демократом меньшевиком Л. И. Шумиловским, в основном руководствовалось законодательством Временного Правительства. Проводился курс на упорядочение взаимоотношений между рабочими и работодателями - «между трудом и капиталом». Были восстановлены биржи труда, больничные кассы (органы социального страхования рабочих); сохранялись и профессиональные союзы, которых к концу 1918 года насчитывалось 184. Впрочем, взаимоотношения властей и профсоюзов были сложными, последние часто и далеко небезосновательно обвинялись в антиправительственной деятельности. В связи с военной обстановкой уровень жизни населения значительно ухудшился. В городах и рабочих посёлках, ввиду роста цен на продовольственные товары, реальная зарплата стала не успевать за прожиточным минимумом, ухудшились условия труда на заводах, фабриках и в железнодорожных мастерских. Предприниматели, в отсутствие закона о восьмичасовом рабочем дне, при попустительстве властей сами устанавливали режим работы на своих предприятиях, несмотря на существование советов бирж труда, сами решали вопросы найма и увольнения, систематически снижали принятые по закону обязательные отчисления в больничные кассы рабочих.