На тот момент инцидент удалось уладить миром: арестованные комиссары были освобождены, большая часть оружия возвращена обратно, чехи и местный Совет вступили в переговоры о пропуске эшелонов далее на восток. Но напряжённость осталась.
Между тем, 20 мая в Челябинске открылся Съезд представителей Чешско-Словацкого корпуса. Готовился он уже давно, и теперь на него съехались представители от всех частей корпуса, а среди них и капитан Гайда. Съезд первоначально призван был решить вопросы внутренней реорганизации, но перед лицом надвигающихся событий вопросы эти, несомненно, должны были уступить место другим, куда более насущным и неотложным. И в этот момент пришло известие, что в Москве в ночь на 21 мая арестованы делегированные туда члены Отделения ЧСНС Макса и Чермак. Под давлением большевиков они, находясь под арестом, подписали приказ частям корпуса сдать местным Советам всё оружие «безо всякого исключения».
Этим шагом Совнарком рассчитывал окончательно сломить сопротивление чехов. Но он просчитался. Арестованные делегаты «Отбочки» были известны именно как сторонники компромисса любой ценой. Их арест возмутил всех легионеров, показал, как мало Советское правительство считается с принятыми на себя обязательствами, и укрепил позиции оставшихся на свободе сторонников куда более твёрдого курса. В ответ на окрики и угрозы из Москвы Съезд заявил, что он «лишает Отделение ЧСНС права руководства передвижением армии, находящейся на пути во Владивосток, и передаёт его Временному Исполнительному комитету, избранному и уполномоченному съездом, без ведома которого никто не имеет права отдавать никаких приказов, касающихся передвижения». Было единодушно принято решение ни одного эшелона на Архангельск не поворачивать, оружия не сдавать и в случае необходимости прорываться во Владивосток с боем.
Для руководства действиями чешских войск был избран Временный Исполнительный Комитет под председательством доктора Б. Павлу. В него вошли четыре прежних члена Отделения ЧСНС, четыре рядовых солдата и три командира полков: 4-го – поручик С. Чечек, 3-го - подполковник С. Н. Войцеховский и 7-го - капитан Р. Гайда. Последние три офицера составили «Военную Коллегию», которой съезд поручил разработать планы на случай открытого конфликта с большевиками и, если дело дойдёт до этого, - возглавить борьбу. Делегатам предписывалось немедленно разъехаться по своим частям, чтобы довести до всех решения съезда. На случай новой провокации большевиков предполагалось к 27 мая привести части корпуса в боевую готовность.
На тот момент части Чешско-Словацкого корпуса располагались следующим образом: первые 14 000 человек уже достигли Владивостока; в районе Тамбов - Пенза всё ещё оставалось около 8 000 человек (эта Пензенская группа состояла из 1-го и 4-го полков, 1-го запасного полка и 1-й артиллерийской бригады); вокруг Челябинска находились эшелоны 2-го и 3-го полков, двух батальонов 6-го полка, части запасного полка и одной роты Ударного батальона - всего около 8 800 человек; наконец, около 4 500 человек из состава 6-го, 7-го и 8-го полков, Ударного батальона, 2-го запасного полка и 2-й артиллерийской бригады были растянуты на протяжении около трёх тысяч вёрст между Курганом и Иркутском. Соответственно, съезд поручил Чечеку возглавить Пензенскую группу войск, Войцеховскому - все части, оперирующие вокруг Челябинска, а Гайде - эшелоны, двигающиеся по Сибири от Омска до Иркутска.
Гайда вернулся к своему полку в Ново-Николаевск утром 25 мая, и прямо на станции ему подали перехваченную телеграмму следующего содержания:
«Из Москвы, 25 мая. 23 часа. Самара, ж/д.
Всем совдепам по ж/д линии от Пензы до Омска.
Все Советы под страхом ответственности обязаны немедленно разоружить чехословаков. Каждый чехословак, который будет найден вооружённым по линии железной дороги, должен быть расстрелян на месте, каждый эшелон, в котором окажется хоть один вооружённый, должен быть выгружен из вагонов и отправлен в лагерь для военнопленных. Местные военные комиссары обязуются немедленно выполнить этот приказ, всякое промедление которого равносильно бесчестной измене и обрушит на виновного суровую кару. Одновременно посылаются в тыл чехословакам надёжные части, которым поручено проучить неповинующихся.