Тем временем 12 июня из войск Временного Сибирского Правительства было образовано два корпуса: 1-й Средне-Сибирский, под командой подполковника А. Н. Пепеляева, и 2-й Степной Сибирский, под командой полковника П. П. Иванова-Ринова. Средне-Сибирский корпус должен был наступать на восток, совместно с группой Гайды. Его составили добровольческие отряды из Средней Сибири: Томск дал четыре полка, Ново-Николаевск - два, Барнаул и Красноярск по одному. Эти полки насчитывали пока не более чем по 300-400 штыков при нескольких пулемётах, во всём корпусе было всего 8 орудий, но части были сформированы исключительно из добровольцев, и их боевой дух был очень высок. В свою очередь, и Гайда для пополнения своих частей 21 июня объявил по всем лагерям военнопленных на освобождённой территории мобилизацию чехов и словаков.
Перемирие с Центросибирью заканчивалось вечером 15 июня. На следующий же день у Мариинска разгорелся ожесточённый бой. Гайда нанёс удар с фронта и тыла, причём лично возглавил обходную колонну, и красные в панике бежали к Красноярску. Одновременно 16 июня Ушаков наступал на станцию Клюквенная, и это решило судьбу Красноярска. 19-го в городе произошло восстание, местный Совет поспешно бежал на пароходах по Енисею, а на следующий день в город уже вступала с востока ударная рота из отряда Ушакова, а с запада - самодельный бронепоезд Гайды. После соединения отрядов подполковник Ушаков принял должность начальника Штаба в объединённом отряде Гайды. Своими знаниями, энергией и блестящим талантом тактика Ушаков чрезвычайно способствовал всем дальнейшим успехам «Восточного отряда Чехо-войск» вплоть до своей трагической гибели. Гайда очень уважал и любил его.
Между тем войска Центросибири со стороны Иркутска, сосредоточив 5 000 человек, нанесли удар по Нижнеудинску, но в упорном трёхдневном бою 24-26 июня эта группировка была наголову разбита. Красные бежали столь стремительно, что преследование их замедлялось лишь постоянной необходимостью чинить повреждённое полотно железной дороги и взорванные мосты. Центросибирь поспешно переехала в Верхнеудинск, за ней последовали и деморализованные красные отряды. 11 июля войска группы Гайды освободили Иркутск. Там 1-й Средне-Сибирский корпус Пепеляева был разделён на две дивизии, а все русские и чешские войска, оперирующие в этом районе, объединены в Восточный фронт, который возглавил произведённый в полковники Гайда.
Однако борьба ещё далеко не была закончена. Необходимо было как можно скорее, не останавливаясь, захватить тоннели на Круго-Байкальской магистрали и предотвратить подрыв их большевиками. Первые 38 тоннелей удалось спасти, и всё же около 5 часов вечера 19 июля, когда чехо-русские отряды, развивая успех, занимали станцию Слюдянка, невдалеке прогремел мощный взрыв: красные взорвали восточный выход из последнего тоннеля - № 39. Это задержало дальнейшее наступление почти на две недели; лишь 31 июля там можно было начать ремонтные работы. Красные между тем получили уникальную возможность собраться с силами и самим перейти в контрнаступление.
Для предстоящего сражения они сконцентрировали все свои силы. Их руководство старалось пополнять ряды всеми возможными и невозможными способами: так, командир отряда анархистов Лавров вывез из лагерей военнопленных до 1 000 человек немцев и венгров, окружил их пулемётами и предложил на выбор: вступить в Красную Гвардию или быть расстрелянными на месте. Значительные силы были сняты с Забайкальского фронта, оперирующего против Атамана Семёнова. В результате численность красных возросла до 15 000 человек. В ударную группу входило также несколько бронепоездов, а на озере Байкал красные вооружили огромный железнодорожный паром «Байкал» и мощный ледокол «Ангара»; эти корабли господствовали на озере, постоянно обстреливая артиллерийским огнём расположение белых. Все силы, сведённые в Прибайкальский красный фронт, превосходили противника по меньшей мере втрое, поскольку восточнее подорванного тоннеля могли действовать лишь авангардные части чехов и белых с самой незначительной артиллерией, причём снабжение их продовольствием и боеприпасами могло осуществляться лишь по труднодоступным горным тропам. Таким образом, все преимущества были на стороне красных, и те не замедлили ими воспользоваться.
29 июля войска Центросибири перешли в наступление и обрушились на отряд Пепеляева, потеснив его. Стало ясно, что без какого-либо манёвра позиции просто не удержать. Тогда Пепеляев предложил дерзкий план: симулировать отступление, а тем временем четыре полка из его корпуса скрытно оставить в засаде в сопках. Действительно, красная ударная группировка втянулась в приготовленный «мешок», и по установленному сигналу фронтальные части Гайды перешли в наступление, в то время как Сибиряки Пепеляева подорвали железную дорогу и заняли господствующую позицию на путях отхода красных у разъезда Салзан. В течение всего дня 6 августа им пришлось выдерживать бешеный натиск красных, но к 5 часам вечера стало ясно, что враг сломлен. С запада приближались цепи Гайды, и Сибирские добровольцы уже явственно слышали чешские рожки, выпевавшие полковой сигнал 7-го Татранского полка «Поспешим дальше!». Красным пришлось бросить поезда, и они пытались пешком добраться до своих по узкой открытой полосе между железной дорогой и берегом озера, но огонь Сибиряков коеил их массами. Победа была полной: Гайде в качестве трофеев достались два бронепоезда, семь эшелонов, четыре орудия, пятнадцать пулемётов и много другого снаряжения. Пленных было до 2 500 человек, только на полотне железной дороги было подобрано потом до 700 трупов. Общие же потери в отряде Пепеляева и у чехов - чуть более 300 человек. Боевой дух красных был надломлен этим поражением, но одержанную победу надо было ещё закрепить.