Инцидент с Гайдой натолкнул Колчака на мысль о необходимости назначения командующего фронтом, который объединил бы действия всех армий, имея всю полноту власти и полноту ответственности. 11 июня он даже попробовал подчинить Гайде Западную Армию в оперативном отношении, но Гайда, желая «подтянуть» своих новых подчинённых, отдал приказ, в котором пригрозил дисциплинарными взысканиями в случае грабежей и рукоприкладства, чем грубо оскорбил офицеров. Это вызвало всеобщее возмущение, и приказ о подчинении Западной Армии Гайде был отменен.
Теперь оскорбился уже Гайда. К сожалению, он, закусив удила, ударился в политику и представил Колчаку меморандум, озаглавленный «Резюме о военном наступлении». Меморандум этот на самом деле был написан начальником информационного отделения Сибирской Армии штабс-капитаном Калашниковым, эсером, впоследствии поднявшим в декабре 1919 года мятеж в Иркутске. Меморандум требовал как можно скорее собрать Сибирский парламент; объявить о немедленной национализации земли и передаче её крестьянам; призвать на военную службу всю интеллигенцию, отменив существующие для них льготы, а для всех, не состоящих в рядах армии, ввести рабочую повинность и взимать с них особый налог на военные нужды. Были и чисто военные требования - ввести должность командующего фронтом, строго расследовать причины неудач и наказать виновных, а также увеличить жалованье военнослужащим и пенсии их семьям.
Как видим, большинство требований были вполне разумными, но эсеры, как водится, настаивали на немедленном проведении их в жизнь, не учитывая всех сложностей, могущих возникнуть при исполнении требований, иные из которых носили откровенно популистский характер. И вот рупором этих политических кругов теперь оказался генерал Гайда, что не могло не возмутить Колчака.
Решительное объяснение между ними произошло 19 июня 1919 года, во время очередного приезда генерала в Омск. По словам Гайды, он не в силах был терпеть далее такое отношение к себе и сам подал прошение об отставке, а Колчак долго не хотел её принимать, но это маловероятно. Известно, что в результате Колчак дал Гайде годичный отпуск с правом отъезда за границу, чтобы, как он выразился, Гайда мог там «вылечиться от эсеровщины».
20 июня адмирал подчинил Сибирскую и Западную Армии генералу М. К. Дитерихсу. Некоторое время Гайда ещё руководил войсками, но 7 июля Колчак вместе с Дитерихсом прибыли в Екатеринбург с тем, чтобы Гайда сдал командование. Тогда же состоялся и последний разговор Гайды с адмиралом Колчаком. Сам Гайда описывал его потом так:
«Я предупредил его, что по моему мнению в силу последнего оперативного приказа Ставки большевики приблизительно через неделю возьмут Екатеринбург. Адмирал прямо-таки дрожал от ярости и объяснял мне о каком-то изменении методов войны, на что я ему ответил: “Могу Вас заверить, что вы не только не удержите большевиков в Екатеринбурге, но потеряете Челябинск, Тюмень, Омск и всю Сибирь, если в корне не измените правительственной системы и политики, которой вы губите, вернее, уже погубили всё то, что было достигнуто с большими жертвами. Армия у Вас распадается, а в тылу господствует произвол и анархия...” Колчак не дал мне договорить: “Я сам хорошо знаю, как мне поступать. Предоставьте мне позаботиться о том, как мне справиться с большевиками и всеми теми, кто против меня. В конце концов, от Вас этого нельзя и требовать, ведь Вы сами знаете, что у Вас нет высшего военного образования для того, чтобы, быть Командующим Армией”. Всё это было сказано в ироническом тоне.
“На это я должен Вам сказать, Ваше Превосходительство, — ответил я, — что если у меня нет высшего военного образования, то зато я практически прошёл ступень за ступенью все должности от солдата и командира взвода до Командующего Армией. Я удивляюсь, что, зная об этом и раньше, Вы всё-таки так упорно настаивали перед генералом Штефанеком на том, чтобы мне было разрешено взять на себя командование Вашей армией. По такому же праву я мог бы сказать, что Ваше образование исключительно морское, а не сухопутное. Следовательно, у Вас тоже нет теоретического образования для командования Армиями и для управления целым Государством, так как между командованием несколькими кораблями и управлением целым государством и армиями - большая разница”.
Адмирал был в исступлении, угрожая мне расстрелом. Я сказал ему, что это не так просто сделать, и что если он меня хочет в чём-либо обвинить, то чтобы он сделал это немедленно, а не тогда, когда я уеду. Он ответил мне: “Можете спокойно уезжать. Я ничего против Вас не имею и ни в чём Вас не обвиняю”».