Помимо своих служебных обязанностей Алексеев уделяет внимание и подготовке к поступлению в Академию Генерального Штаба. Из ее стен он вынесет вскоре убеждение, что «область… нашей науки “стратегии” не поддается каким-либо положительным правилам… Могут быть принципы, но и с теми не все согласны…», явственно противоречащее мнению о нем как о кабинетном схоласте. Окончание в 1890 году Академии по первому разряду и причисление к Генеральному Штабу позволили Алексееву, в надеждах на дальнейшее продвижение по службе, подумать и об устройстве личной жизни: он женится на Анне Николаевне Пироцкой, дочери его старшего сослуживца, до конца жизни остававшейся верной и любимой спутницей Михаила Васильевича. Но устройство своего дома и стесненность в средствах для обеспечения семьи (в 1891–1899 годах родилось трое детей) потребовали от Михаила Васильевича еще более напряженной работы – в частности, совмещения службы в Штабе I-го армейского корпуса с преподаванием в двух военных училищах.
Серьезным работником показал себя Михаил Васильевич и в Академии Генерального Штаба, где с 1898 года состоял профессором (этому предшествовали пять лет службы в канцелярии Военно-ученого комитета Главного Штаба). Его курс истории русского военного искусства нельзя отнести к числу удачных, но основательностью он бесспорно отличался, и заслуги Алексеева были оценены его коллегами: в 1904 году он становится заслуженным профессором Академии, а три с половиной года спустя избирается почетным членом ее Конференции (высшего органа, своего рода «ученого совета»).
Но перед этим была еще Русско-Японская война. С 1900 года профессор Алексеев совмещает преподавание со службой в Главном Штабе, а с середины 1904-го даже оставляет ради нее Академию. В это время он уже генерал-майор, а к трем боевым наградам прибавляются четыре ордена мирного времени. Не желая оставаться в Петербурге, Михаил Васильевич добивается назначения в Действующую Армию и в начале ноября 1904 года отправляется в Штаб III-й Маньчжурской Армии на должность генерал-квартирмейстера.
Звучащие в письмах Михаила Васильевича тех месяцев рассуждения о свойствах истинного военачальника очень важны для понимания его личности. «Полководцу нужны: талант, счастье, решимость, – пишет он. – Не говорю про знание, без которого нельзя браться за дело…На войне нужно дерзать и нельзя все рассчитывать». Как это непохоже на «столоначальника», каким обычно представляют Алексеева! В отличие от своих младших соратников по Белому движению – Корнилова, Деникина, Маркова, – он действительно не был человеком порыва, ему не были присущи лихость, отчаянность, азарт, – однако у Михаила Васильевича не отнять и понимания необходимости дерзать, учета морального фактора, вкуса к военному творчеству. Покажет он себя и подлинно боевым генералом, получив за Мукденское сражение Золотое Оружие. Но ценнее любых орденов должен был стать тот боевой опыт, который Алексеев приобрел в условиях современной войны, уже предвосхищавших многое из того, с чем вскоре придется столкнуться на Первой мировой.
По возвращении в Петербург генерал-майор Алексеев получает назначение на должность обер-квартирмейстера Главного управления Генерального Штаба, где и служит в течение двух лет. В конце августа 1908 года он назначается начальником Штаба Киевского военного округа (а вскоре и производится в генерал-лейтенанты), но уезжает к новому месту службы, должно быть, не с легким сердцем: «военный ренессанс», когда на основании опыта прошедшей войны пересматривались многие положения боевой подготовки, тактики и оперативного искусства, активным участником чего был Алексеев, проходил в отнюдь не простой обстановке. Борьба новаторских и консервативных тенденций внутри самого́ военного ведомства осложнялась настойчивыми попытками вмешательства в армейские и флотские дела «общественных деятелей», пытавшихся, противопоставляя себя чиновной бюрократии, играть роль единственных «радетелей о России и русском народе». Напущенный в те годы туман не рассеялся и по сей день, лучшим примером чего могут служить непрекращающиеся обвинения генерала Алексеева в принадлежности к масонству.
Само по себе членство в тайном обществе, тем более – категорически осуждаемом Православной Церковью, действительно было не просто предосудительным, но прямо недопустимым для офицера Российской Императорской Армии; беда лишь в том, что никто из громогласных обвинителей за многие десятилетия не только не привел никаких доказательств, но даже не определил, о чем же, собственно, идет речь. В одну кучу валятся иронически прозванный «младотурками» кружок молодых генштабистов (к которому Алексеев заведомо не относился); армейские деятели, склонные к сотрудничеству с лево-либеральной «общественностью» и Думой (яркий представитель этих кругов – помощник военного министра генерал А. А. Поливанов, которого Михаил Васильевич в письмах называл «дельцом интриги» и никак не мог быть его сотрудником и единомышленником); некая мифическая «Военная Ложа», ни состава, ни характера реальной деятельности которой, однако, не способен аргументированно осветить никто из козыряющих этим страшным термином… Поэтому оставим бездоказательные, если не вообще недоказуемые измышления (равно как и утверждения о якобы исповедуемых Анной Николаевной Алексеевой «левых взглядах») и в дальнейшем будем делать выводы о воззрениях генерала лишь на основании конкретных его поступков.